朱赓对于郑振先指责他十二大罪非常不服，上疏辩解：“振先数臣十二大罪，不言第一庸臣，而言第一权奸，似非实录，俱不敢承”，口气很不理直气壮。然而万历皇帝还是为他撑腰，谴责郑振先：“捏无影之事，污蔑辅臣，倾害忠良，以自固位荣身”，下旨将郑振先降三级调极边方（万历三十九年，当权者义借“辛亥京察”之机，把郑振先革职，使这位颇有政治抱负的官员无所事事地在家乡闲居至死）。
郑振先上疏弹劾内阁人臣，本是官场寻常事，却被好事之徒与党争挂起钩来，使事情趋于复杂化－－虚拟为东林向浙党的进攻。把柄是似是而非的，其中之一就是，郑振先的儿子郑鄤在天启年间被王绍徽列入黑名单《东林点将录》中，这份黑名单是王绍徽秉承魏忠贤的旨意为打击异己而炮制的，他仿照水浒一百零八将的名号，点了东林一百零八将，为首的是：“开山元帅托塔天王南京户部尚书李三才”和“天魁星及时雨大学士叶向高”，加给郑鄤的帽子是“地异星白面郎君翰林院庶吉士郑鄤”。他们的逻辑是，既然儿子是：东林分子，那么父亲必然也是东林分子。另一个把柄则是，当时正在东林书院讲学的顾宪成称赞郑振先这一奏疏是对当权者的“顶门一针”，“吾辈于林壑间复增一畏友”。他们的逻辑是，顾宪成是与李三才齐名的东林魁首（由于他在万历四十年去世，王绍徽无法把他列入黑名单《东林点将录》之中），既然得到东林魁首称赞，肯定是东林分子无疑。
其实大谬而不然。即使按照当时人的观点来看，与其说郑振先接近于东林，还不如说更接近于昆党。他是被称为昆党头面人物左春坊左渝德顾天埈的挚友，不仅政见相同，而且几乎知无不言言无不尽。郑振先在上《直发古今第一权奸疏》之前，与顾天埈进行了推心置腹的磋商。顾天埈后来回顾此事时，这样说：“毗陵太初郑公（按：指郑振先）自邑令擢主曹政，不肖与之聚京师友善。窃观朝政一切寝阁，间有朝奏而夕报者，因密探微嗳互参情势。久之，我两人大悟，握手叹曰：异哉，今之执政也，天下以庸人病执政，岂知执政以庸人欺天下，外冒庸人之名，阴操威福大柄，更巧于昔权臣千万矣……是时执政盖四明（按：指沈一贯）也，及四明既去，山阴（按：指朱赓）继之复然。太初（按：郑振先字太初）曰：吾不能忍矣，空言何为？毅然抗疏，详列奸状。”如此知根知底，如此慷慨陈辞，可见两人关系之密切非同一般。所以后来南京户科给事中段然弹劾顾天埈时，顾天埈一面声辩，一面毫不掩饰他们两人的密切关系：“自去年郑振先有直发权奸疏，害振先者欲阴构之，臣与振先同乡有交，并构及臣，臣知祸已兆于此矣。”郑振先与顾天埈二位一体的关系于此呼之欲出。
无怪乎日本学者城井隆志的论文《万历三十年代沈一贯的政治和党争》（九州大学文学部《史渊》第122辑），在实证研究的基础上，把郑振先列入“昆党”之中，作为顾天埈的同志来看待。按照以往传统的观点，顾天埈的昆党是以东林的反对派而著称的。这其实是后来的结局，起先并非如此。城井隆志的另一篇论文《关于明末的一个反东林派势力－－围绕顾天埈》，发前人所未发，以大量事实表明，顾天埈的昆党并不是一开始就与东林对立的。给人启示多多，其中之一就是，万历朝的所谓党争，大多围绕政府权力争夺展开，并无明显的营垒观念，分化改组时时进行，并非一成不变。当时的内阁首辅叶向高，亦即王绍徽《东三林点将录》的第二号人物也认为，郑振先抨击朱赓、李廷机，并非“结党”，实为自己升官－－“旦夕望大拜”，“皆自为计”。这对于喜欢把一切都纳入“党争”的人，不啻一帖清醒剂。
大启二年，郑振先之子郑鄤进士及第，同科状元则是他的好友文震孟。这两位少年才子初登政坛，立即展示出锋芒毕露的风采。当年十月，翰林院修撰文震孟，以少年新进的锐气，呈进《勤政讲学疏》，批评天启皇帝不“勤政”，上朝有如应付官样文章，“第如傀儡登场，了无生意”；并且一针见血地指出，日前朝廷颁布禁止讲学的文告，实际上企图重演南宋当权者诬陷朱熹“伪学逆党”的一幕，“詈道学以逐名贤，有甚伪学之禁”。明眼人一看便知，这些话表面上似乎在批评皇帝，实际上是在抨击魏忠贤擅权。当时的司礼监太监魏忠贤，利用天启皇帝醉心于泥水木匠等雕虫小技而不理朝政之机，专擅朝政，每当上朝之时，魏忠贤站在皇帝身后，颇有僭越嫌疑地接受人臣对皇帝的跪拜，而且对帝耳提面命，天启皇帝鹦鹉学舌般回答大臣的请示。因此文震孟要说皇帝上朝“第如傀儡登场，了无生意”。魏忠贤当然不能容忍有人对他的擅权有所非议，抓住文震盂奏疏中“第如傀儡登场”一句，在皇帝面前挑唆：“文状元疏中以偶人比万岁。”激起皇帝的不满情绪，终于导致文震孟的罢官。这种处理方式过于简单粗暴，而且明显出于魏忠贤之手，舆论哗然。
与文震孟同科的翰林院庶吉士郑鄤仗义执言，呈进《谏留中疏》，从大臣奏疏屡屡留中不发谈起，抨击魏忠贤的擅权。他说，大臣的奏疏不经皇上御览而留中，“必有伏戎援奥之奸”，这“壅遏不通”为奸臣提供了“窃弄之机”。结果是可想而知的，郑鄤以“党护同乡”罪遭到降职处分，从中央放逐外地，郑鄤拒绝赴外任，愤然回归故乡常州武进。当时的内阁首辅门叶向高极力挽回，向皇帝上疏为文震孟与郑鄤开脱，说这是“书生泥古之过”，郑鄤这位三吴名士，与文震孟同时罢去，非常可惜。但是已经于事无补了。
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