在当时的情况下，每个诸候国或许其他东西少之又少，但人才却是相当的多。因为当时没有户籍制度，所以这些人才可以四处奔走希望能将自己所学卖于赏识自己的国君。巧的是，商鞅就在这个时候来到了秦国，把自己的“刑名”之学倾情授于秦孝公。两人一拍即合，开始对秦国实施大手术。
在政治上，商鞅彻底废除了旧的世卿世禄制，建立新的封建专制主义中央集权制。主要内容有如下三点：
第一，制定二十级爵。制定二十级爵的做法，意味着废除旧世卿世禄制，今后根据人们的军功大小授予爵位，官吏从有军功爵的人中选用。二十级爵：一级曰公士，二级曰上造，第十九级曰关内侯，二十级曰彻侯。各级爵位均规定有占田宅、奴婢的数量标准和衣服等次。又制定了“奖励军功，严惩私斗”的办法。奖励军功的做法是：将卒在战争中斩敌首一个，授爵一级，可为五十石之官；斩敌首二个，授爵二级，可为百石之官。“首级”一词就是从这里来的。另外，还规定，宗室贵族无军功的，不得授爵位。有功劳的，可享受荣华富贵；无功劳的，虽家富，不得铺张。严惩私斗的做法是：为私斗的，各以情节轻重，处以刑罚。
第二，实行县制，废除分封制，以县为地方政区单位。他把秦国分为四十一县，县设令以主县政，设丞以副县令，设尉以掌军事。县下辖若干都乡邑聚。后来秦在新占地区设郡，郡的范围较大，又有边防军管性质，因之郡的长官称守。后来郡内形势稳定，转向以民政管理为主，于是郡下设若干县，形成秦的郡县制度。
第三，实行什伍制度。秦国之都乡邑聚原来都是自然形成的大小居民点。到了商鞅这里，均作为基层行政单位。居民登记于户籍，分五家为一伍，两伍为什，近似于后来的保甲制度。为了加强管理和统治广大居民，规定什伍之内各家互相纠察，“不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首同赏，匿奸者与降敌同罚”。
其政治方面的措施有利处，但也有不利处，就是刑罚的严酷。
在经济方面，商鞅废除了井田制，实行土地私有制。他的确在这方面开创了一个先例。因为在当时的各国，没有一个国家敢于用国家政治和法令手段在全国范围内改变土地所有制。主要内容有如下三点：
第一，废井田，开阡陌。在全国范围废除井田制度，实行土地私有制度。废止“田里不粥（鬻）”的原则，准许民间买卖田地。此后秦国政府虽仍拥有一些国有土地，如无主荒田、山林川泽及新占他国土地等，但后来又陆续转向私有。
第二，重农抑商政策。秦国当时“据崤函，拥广雍州之地”，占尽了地利。所以，他必须要重农抑商。奖励耕织，凡努力耕织、生产多的，免除徭役。凡从事工商及因懒惰而贫穷的，全家没入官府，罚为官奴。
第三，统一度量衡。统一斗、桶、权、衡、丈、尺，并颁行了标准度量衡器，全国都要严格执行，如有违犯要重罚。
在社会方面，主要推行小家庭政策，以利于增殖人口、征发徭役和户口税等。具体规定为：凡一户有两个儿子以上到立户年龄而不分居的，加倍征收户口税。禁止父子兄弟（成年者）同室居住。
现在谈商鞅的这一系列改革似乎很轻松，也很有激情。其改革方案头头是道，让人不得不佩服商鞅的治术，但这一系列改革却是在血与泪中完成的。
“令行而禁止，法出而奸息”是当时秦国社会一现象，没有人不怕死，商鞅在变法中酷用严刑，甚至把脏东西倒在路上都要受刑罚，他后来的死也就不言而明了。
贾谊说，“商鞅遗礼义，弃仁恩，一心于进取”，两年后，秦国的社会风俗便败坏了。本来秦国就是一蛮夷，因为礼仪关系而不被中原各国认可，商鞅的大变革更是雪上加霜。而同时，因为商鞅的变法让六国感觉到了危机。他们再也不像从前那样只是对秦国嗤之以鼻了，他们决定联合起来向秦国进攻。
历史往往是这样，当所有人都把礼仪当回事，并坚持礼仪的时候，一个不坚持礼仪、不把礼仪当回事的人就能把这些人击败。
秦国即是如此，野蛮的国家往往会取得暂时的大胜利，因为它一门心思只在进取上。至于仁恩礼仪，与它毫无关系。
或许也正是屡屡挫败六国的胜利现象，让秦国从秦孝公以后的各个君主都认为仁义纯粹是扯淡。只要有强大的土地、人民和军队做后盾就可以了，那些形而上的东西，就让它尘封吧。
从
秦始皇灭六国开始，秦国君主的思维里仍旧存留着这种思想。秦始皇用法家代表人李斯，时时处处听他的意见并采纳之就是明证。
在开创时期，用法家之术当然是明智之举。可当帝国已成，犹不知礼义廉耻为何物，犹不知仁义之厚，还相信“民之畏死，当以死惧之”的荒唐理论，岂不哀哉？
后人评价说，秦孝公“东并河西，北收上郡，国富兵强，长雄诸侯，周室归籍，四方来贺，为战国霸君，秦遂以强，六世而并诸侯，亦皆商君之谋也”。商鞅的确谋了上述之功绩，但他同时也为秦国谋划了“以刑治国，一千年不变”的治国思想。
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