这时殷仲堪、桓玄和殷仲堪的司马、堂邑太守杨佺期率军在湓口（湓水入江之处，在江西九江县西）击败江州刺史王愉，王愉逃到临川（今江西抚州）。殷仲堪继续进军到牛渚（今安徽省马鞍山采石矶），正遇到庾楷和司马尚之大战，殷军助战，司马尚之大败，逃回石头城。
殷军和庾军联兵来到石头城下。这时传来消息，刘牢之阵前反戈，已经击败王恭军队。司马元显也带兵回到石头城，刘牢之正率北府兵驰援京师，已经进军到新亭（江苏省南京市江宁县南）。桓玄和杨佺期都有些担心。这时桓冲的儿子，左卫将军桓修向司马道子献计，请司马道子再封赏桓玄和杨佺期二人，让二人退兵。司马道子于是上表后任命桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史。两个人一下子成了封疆大吏，都很高兴，不愿意再冒风险，于是劝说殷仲堪罢兵。殷仲堪见王恭败了，桓、杨二军也要回去，他也只得带兵退回江陵。桓玄、杨佺期则分别带兵分赴武昌、襄阳上任。庾楷则被降为武昌太守。庾楷虽然心里很不服气，但现在只剩下了自己一支队伍，如果继续打下去肯定会败，也只得罢兵，听任安排。
司马元显因军功被升为中领军（掌管所有的禁卫军，算是京城卫戍部队总司令）。司马道子身体有病，又不愿意管理朝政，而且两次兵变都是由他而起，加上这个人贪污腐化，所以很不得人心。司马元显趁此机会向白痴皇上的亲弟弟司马德文请求接替父亲，并向朝臣们施加压力，最终如愿得到了父亲司马道子的职务，并担任扬州刺史，司马德文为司徒。司马道子虽然很恋权，但由于政声太坏，没有威望，权力尽失，也只好由儿子去了。
司马元显在朝廷中安插亲信，并重用会稽张法顺。张法顺向司马元显建议说：“现在荆州兵、北府兵都很厉害，人家只要来打，凭京师这点儿禁军肯定打不过人家。一旦再有王恭这样的人反叛，我们还是要吃亏。应当招募新军，扩大你手中的兵力。”司马元显于是在三吴八郡强制征兵。
在王恭第二次进军京师的时候，“五斗米道”创始人杜子恭的徒弟孙泰，以替朝廷征讨王恭为名，私下里招兵买马，储备钱粮，准备造反。司马元显后来将计就计，以征讨王恭有功要封赏孙泰的名义把孙泰诱入京中，斩首示众，并把孙泰的六个儿子全杀掉。孙泰的徒弟孙恩、卢循率一百多个死党东逃入海，藏在海岛中。等司马元显在三吴征兵的时候，孙恩和卢循趁着人心骚动，对征兵不满，上岸后招集了五斗米道的八千信徒，攻入上虞，杀死上虞令，然后声讨司马元显父子的罪行。这一号召颇得人心，一心投奔来的老百姓达到十多万。
孙恩又带兵攻打会稽。会稽内史是王凝之，他是王羲之的二儿子，这个人没什么本事，孙恩来攻的时候，他竟然作法请天兵天将。结果会稽很快被攻破，王凝之连逃都来不及，被孙恩的士兵杀死在法坛之上。很快孙恩占领了会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳、新安等三吴八郡，聚兵二十多万，官军望风而逃。孙恩遂于会稽自称征东将军，号义军为“长生人”。
孙恩的势力发展得这么快是因为他得到了大量士族豪强的私下支持。朝廷征“免奴为客”者（指本身或父祖是奴隶，但已放免为佃客的壮丁）当兵，这些人很不愿意应征当兵。而征这部分人，对其佃主也是损失，从而引起世家大族对政府的不满。所以一时“东土嚣然，人不堪命”。豪强士族们都想给朝廷一个狠狠的教训，所以孙恩率五斗米道众取得一两次小胜利后，便立刻在经济上和兵源上得到迅速补充。
司马元显急忙派卫将军谢琰、镇北将军刘牢之率兵镇压。刘牢之的北府兵战斗力极强，一路连胜，一直杀到钱塘。在钱塘为寻找敌军主力，刘牢之派参军刘裕率几十名骑兵去侦察敌情。刘裕在侦察完毕回来时和孙恩的三千军队遭遇。再逃已经是来不及了，刘裕干脆大喝道：“贼众我寡，逃是逃不走了，不如死战！”遂第一个举起长刀，杀入敌阵，随行骑兵一齐冲杀，大多战死。刘裕在战斗中跌到河中，孙恩的士兵下河去捉，刘裕站在河中举刀反抗，竟然又力劈数人，敌人不能走近。这时刘牢之的儿子刘敬宣带兵赶来，见刘裕一人独斗千军，不由赞叹道：“真是神将啊。”刘敬宣带兵击败敌军，将刘裕救回。刘裕把敌方的情报讲得清清楚楚，又听儿子刘敬宣叙述刘裕刚才的英勇，刘牢之不由对此人刮目相看。
刘裕，字德舆，小名叫做寄奴。他是汉高祖刘邦的弟弟楚王刘交的第二十一世孙。刘交被刘邦封为楚王后，以彭城为都，因此刘交的子孙后裔都在彭城及周围繁衍生息。到刘裕曾祖刘混的时候，因为西晋永嘉之乱（即永嘉五年，公元311年，汉国匈奴兵攻陷西晋京师洛阳，俘虏晋怀帝，烧洛阳城，杀王公士民三万余人），刘混带全家人南迁至丹徒京口里。刘裕的祖父刘靖曾做过东安太守，他的父亲刘翘只做到郡功曹（就是郡守手下的办事人员）。刘裕出生的时候母亲难产而死，刘翘认为此儿不祥，又因为家里穷得叮当响，便想把刘裕给扔了，但刘裕的姨母断了儿子刘怀敬的奶，收养了刘裕，刘裕才活下来。刘翘后来娶兰陵萧氏为继室，又生了两个儿子分别是刘道规与刘道怜。不久，刘翘病死，家里更穷，三兄弟全部由萧氏拉扯大。刘裕长大后不喜欢读书，随便认识几个字，却十分喜欢武艺，骑马射箭使刀都玩得很好，力气也很大，但这些都不能当饭吃，他平时便以种地为生，农闲时则卖鞋。
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