这个时候，慕容垂的一万骑兵从后路发动了攻击，漫山遍野向晋军杀来。晋兵抵挡不住，溃散南逃，在南边又遭到慕容德的伏击。仅此一战，晋军死三万人，伤两万，逃散者不计其数。桓温来时所带的八万大军，连轻伤士兵在内现在不到两万。
桓温向南来到谯郡（今安徽蒙城县西北三里），正遇上秦将苟池、邓羌的军队。桓军的败军哪里打得过，又大败而逃，一直逃到山阳以南才敢停下，再检点人马，仅余三千。
慕容垂击败桓温，威名大震，成为燕国最有威信的人。太傅慕容评更加嫉妒慕容垂。慕容垂为将士请功，慕容评认为他是邀买人心，压着不办；慕容垂请求边境安排几员重将，慕容评认为他是安插亲信，也不答应。慕容垂本来是个好脾气，此时也对慕容评有了很深的看法，便找慕容评论理，并利用自己的威信和人缘给慕容评施加压力。
慕容评发觉慕容垂已经不好控制了，并且朝廷内外都心向慕容垂，于是向可足浑氏建议除去慕容垂。可足浑氏早有此意，于是二人开始寻找慕容垂的所谓罪行。
慕容恪的儿子慕容楷，慕容垂的舅舅兰建得到消息，急忙找到慕容垂，劝他先发制人，除去二人，掌握朝权。慕容垂道：“我不忍骨肉相残，并成为乱臣。宁愿死，不忍为。”
两个人苦劝慕容垂，慕容垂最后道：“这样吧，我离开京城远走他乡，其他的办法，你们就不要提了。”兰建只好道：“就算是走，也应当早走。否则等慕容评向你下手的时候，你就是想走也走不了了！”
于是慕容垂带着老婆段氏，四个儿子慕容令、慕容宝、慕容农、慕容隆，两个侄子慕容楷、慕容绍，舅舅兰建，郎中令高弼等人，以外出打猎为名，离开京城，一出京城就直奔辽东的旧都龙城。
慕容评得知后立刻派西平公慕容强率一百名快马骑兵去追。慕容强在范阳将慕容垂等人追上。
慕容垂呵斥慕容强，让他回去。慕容强敬畏慕容垂，不敢捕他，但回去也无法复命，只好道：“我奉太傅之命来请您回去，不敢违令。”
慕容垂的世子慕容令大怒，拿着铁枪就刺慕容强。慕容强不敢反抗，带着人撤走。
慕容令对父亲道：“太后和慕容评已经知道咱们要去龙城，一定还要派兵来追。燕国是不能待了，不如投奔秦国。”
慕容垂也苦于天下之大，无处容身，叹道：“只能这样了。”于是把马蹄和车辙印都抹掉，改穿老百姓的衣服，从小路悄悄南下。路过邺城，再到河阳（今孟州市）。在河阳过河的时候，因没有通关文牒被守军拦住，慕容垂没办法，只得亮出身份。这些官兵都很敬佩慕容垂，遂让慕容垂渡河。但消息很快传到了邺城，慕容评急忙派吴归来追。
吴归在阌乡（今河南省西部灵宝市）追到慕容垂。吴归本是慕容垂的老部下，有心放老领导一马，于是假装去捉慕容垂，却暗示慕容垂砍他一槊。慕容垂于是打了吴归几下，吴归假装不敌败逃。慕容垂遂进入秦国境内。
苻坚听说慕容垂来投，急忙派邓羌去接，把慕容垂迎入陕城，给他们换了衣服，洗了澡，剃了发，好吃好喝，殷勤招待，侍候得十分周到。然后又派专车来接，邓羌亲自护送，一路送到长安。刚到长安城东的灞上，就见秦王苻坚已经带着文武百官出城来迎了。灞上距离长安城约二十里地，苻坚亲自出城二十里来接，可见是元首级的高规格接待礼节。
苻坚见了慕容垂，拉着他的手道：“你来投我，是上天让你来帮我定天下啊。你放心，如果成功，我将把你世封幽州，使你既不失为孝子，也不失为忠臣。”
王猛与慕容垂见面寒暄之后，发觉此人并非久居人下之辈，遂悄悄对苻坚说：“慕容垂父子，不是可驯之物。将来必为秦国之患，不如早除之。”
苻坚道：“周朝得到微子而灭商，秦国得到由余而称霸，吴国得伍子胥而胜强楚，汉朝得陈平而诛项羽，魏国得许攸而破袁绍。朕得慕容垂，如果给他最高的待遇，一方面可以邀得燕国民心，另一方面可以促使更多的燕将来投。难道不是好事么？”
苻坚并不听王猛的话，拜慕容垂为冠军将军，封为宾徒侯，拜慕容楷为积弩将军，其余人等各有重赏。苻坚一方面操练兵马，筹备粮草，准备东攻；另一方面派黄门郎石越出使燕国，问燕国讨要虎牢关以西的土地。
慕容评见到石越，矢口否认当时订下的割地条约。石越把合同拿出来说：“你看，白纸黑字写得清清楚楚。你还要抵赖？”
慕容评翻脸道：“大燕疆土是将士们流血征战得来的，怎么能够轻易给人？”
尚书郎高泰、太傅参军刘靖、黄门侍郎梁琛、皇甫真等人都劝慕容评防备秦国，慕容评却不以为然，认为是杞人忧天，称秦国本身是实力不济的小国，苻坚也是个小心谨慎的人，决不会进攻燕国。
这时，尚书左丞申绍上疏指出当时燕国致使朝政几大弊端：第一，地方长官许多不合格，国家也不加以考核，于是大都贪污腐化，昏聩无能，百姓困顿，盗贼蜂起；第二，官吏过多，比以前要多很多，不但办事效率极为低下，而且光这些官吏之间的乱七八糟的事，朝廷就管不过来，根本没有精力办正事；第三，后宫的宫女多达四千多人，这还不算太监仆人杂役，每天宫里的花费要上万金，这种奢侈之风在朝廷甚至士民中流行，使国家的财力受到很大的损失；第四，我们这些年一直出兵攻打北部的什翼犍，劳师远顿，徒耗国力，并没有什么用，因为什翼犍虽然没有向燕国纳贡，但基本上不犯我国边界，我们与其把大量的军力部署在北境，还不如调到西部去防秦国，调到南部去防晋国。
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