元朝掌管全国佛教事务并统辖吐蕃地区的中央机构。初名总制院，于至元元年（1264）设立，以国师八思巴领之。二十五年，尚书右丞相兼总制院使桑哥，以总制院统领吐蕃各宣慰司军民财谷，责任甚重，宜加崇异，奏请用唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典，改名为宣政院，秩从一品，用三台银印。以帝师领院事。置院使二员（后增至十员），其为长者常以朝廷大臣担任，位居第二者由帝师推荐僧人担任。宣政院官属得自选用，与中书省、枢密院、御史台并为元朝四个**的任官系统。
灭宋后，即置江南释教都总统；至元二十八年，又分设行宣政院于杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置。吐蕃发生变乱，亦设行宣政院前往当地处置，唯重大军事行动需与枢密院商议。诸路、府、州、县置僧录司、僧正司、都纲司，为宣政院下属地方机构，管理各地佛寺、僧徒。
至大四年（1311），罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断。至顺二年（1331），复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。
元统二年（1334）罢。宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。
元代特别重视宗教，对于佛寺大加保护，特设总管机构“大禧宗禋院”，有院使、副使等官。所属各大寺院设总管府（如“南镇国寺”，设龙禧总管府；大“护国仁王寺”，设会福总管府；“大承天护圣寺”，设龙祥总管府等）。此外还设有田赋提举司、营田提举司、财用所、民佃提领所、香户提举司、营缮司等。在这方面几乎政教不分，而以正式官署管理寺院事务也是前代所未有的。
历代掌管宫廷器用之制作多为少府监所属官署。而将作监则掌管公用之建筑。元代升将作监为将作院，专司宫廷器用及衣冠服饰之制作。其所辖各种工艺品的作场也是非常繁多的，依其种类分设三个总管府掌管：一、诸路金玉人匠总管府。所属有玉局提举司、金银器盒提举司、玛瑙提举司、金丝子局、带斜皮局、瓘玉局、浮梁磁局、画局、装钉局、大小雕木局、温犀玳瑁局、漆纱冠冕局等。二、异样局总管府。所属有异样纹绣提举司、异样织染提举司、纱罗提举司等。三、大都等路民匠总管府。所属有备章总院、尚衣局、御衣局、织佛像提举司等。
关于宫廷的职事，专供皇后的有中政院，所属有中瑞司、内正司、正翊司等。专供太后的有徽政院；供应太子的有储政院。总之，元代的皇后、太后、太子诸王都可以有领地，有丁口，国官与宫官交错设置，政令分歧，是历史上所仅见的奇特现象。
元代所设各院，与传统比较接近的是：太常礼仪院、典瑞院、太史院、太医院（其所属有惠民局及医学提举司，是有关医疗事业与医学教育的）。
元末设置的奎章阁及艺文监，专掌书画鉴定及刊布图籍之事，也是前所未有的特设机构。
元代的驿站制度特别发达，因此而特设通政院以管理全国驿站之事，而於各路置脱脱禾孙一官以辨奸伪。
元代官制特点：
第一，除最高机构外，一般中外军民官署皆在主官之外设一达鲁花赤，主要由蒙古人担任，特别是外官，自总管府以至府、州、县行政实权皆操在达鲁花赤之手。
第二，自仁宗始，开科取士，分蒙古人、色目人与汉人、南人为两榜。虽已稍变初期专用蒙古人担任要职的做法，但南榜进士最多做到御史台及六部尚书为止，最高职位仍限于蒙古族人。
第三，事务官及吏员比较充实，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有发言任事之权。这是由于蒙古高级官吏对情况不够熟悉，能力薄弱，不得不假手於这些低级职员。
第四，工艺技术官司之设置十分繁琐，这是由于元代手工业发达，有匠户组织的缘故。
宣政院的几次废罢：
1、元武宗在位期间（公元1308-1311年），对于藏传佛教十分尊崇，以致宣政院曾经宣旨：凡俗人指斥诟詈西番僧人者都处之以截手断舌的酷刑。当时武宗的太子，即其弟弟、后来的仁宗，就加以谏阻。至大四年（公元1311年）正月武宗去世，仁宗在已亲政还未即位时，二月下令旨禁止宣政院违制度僧。同月甲寅“罢江南行通政院、行宣政院”。过了半个月，二月丁卯“罢总统所及各处僧录、僧正、都纲司，凡僧人诉讼，悉归有司”（《元史·仁宗本纪》）。他即位后，四月丁卯重申罢诸僧司这一命令。此即“除宣政院、功德使司两个衙门外”，全国各处僧官衙门一律停废，其印信一律拘收销毁，凡涉及僧人违法和诉讼案件全由地方官审理。这是仁宗锐意改革庶务中的一项重大措施。其原因是仁宗早年曾居住在怀孟（治今河南沁阳），目睹僧官贪劣腐化的种种作为，他说：“在前我栲栳山（今山西永济东北栲栳镇）回来时，至潞州（治上党，今山西长治市）呵，平阳（路名，大德九年改晋宁，治今山西临汾）的僧录，腊月八日就潞州我的陆水寺里杀羊，唤歹妇女每吃酒；又和尚每告他则潞州里要了玖拾余锭钞来。”又认为“乾净的好和尚每，在寺里住着念经，与咱每祝寿也者；不乾净的歹和尚每要做僧官有。”（18）加以陪伴他出居怀孟、他的师傅李孟等汉人学者的反佛思想对他的这一决策也起了作用。李孟在仁宗嗣立之初，看到“释、老二教，设官统治，权抗有司，挠乱政事，僧道尤苦其挠，……（李）孟言……僧道士既为出世法，何用官府绳治！乃奏……罢僧道官，天下称快”。在取消了行宣政院及其下属诸路府州县僧官衙门后，经过七年，到仁宗延佑五年（公元1318年）九月丁亥“立行宣政院于杭州，设官八员”（《元史·仁宗纪》）复置的原因不明。但仁宗在位期间，铁木迭儿为相，总领宣政院事，“纳江南诸寺贿赂”；杨琏真伽之子暗普任宣政院要职，备受宠信；仁宗及其母都崇信佛教，所以仁宗初年虽欲更张庶务，并非如儒臣所期望那样，就江南佛教事务作一番彻底改革。此外，我们看到《元史》中记皇庆元年（公元1312年）四月壬午敕：“僧人田除宋之旧有并世祖所赐外，馀悉输租如制，”《通制条格》卷二九皇庆元年四月十七日中书省奏读的是同一件事，大意说：当时中书省据江浙行省报告，宣政院官奏免僧道等税粮得到皇帝皇太后准许。中书省认为这适与一直奉行的政策相违，“省官与宣政院官互相闻奏不一”，请求前此这类圣旨懿旨应予拘收，嗣后颁旨，请依旧例。《元史》又记，皇庆二年（公元1313年）六月乙亥，“诏谕僧俗辨讼，有司及主僧同问，续置土田，如例输税。”《元典章》卷三三《和尚头目》说出颁下这道诏旨的原因，大意是以往革除了一切僧官衙门，如今帝师为首的僧人上奏反映政府叫和尚们交纳钱粮、叫寺院供应铺马、听任使臣歇宿，这样和尚们更加受罪，他们的学经和作法事更受到妨碍。从这两条史料看来，在征收税粮政策上，中书省与宣政院意见分歧，在地方官管理寺院事宜上，帝师替僧人们说话，而皇帝依违其间，谕旨更变无常。在这样的背景下，延佑五年之再立行宣政院是有其必然性的。
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