虽然在危难时曾有过让出都督的想法，但在局势已经明朗，山西大局非己莫能的情况下，阎锡山当然不会就此罢休。他立即给正在南京的老部下南桂馨打电报，让南千方百计到孙中山、黄兴处活动，力争承认山西为起义省份。同时，又绞尽脑汁寻找能与袁世凯拉上关系的人，营造左右逢源的形势。定襄人董崇仁，家中几代人都在北京包揽皇宫工程，与太监头子及王爷多有交情。董崇仁自幼跟着父亲出入于宫廷，跟慈禧太后的宠信李莲英相交甚密。长大成人后，还通过李莲英纳捐买了个四品道台。在李莲英的引荐下，又与袁世凯相识。袁世凯为讨好慈禧太后，极力拉拢与宫廷有关系的人做耳目，便认董崇仁为门生。袁做直隶总督时，还与董有过拜把之交。阎锡山马上派人带厚礼到定襄把董崇仁请到忻州，口口声声称为“老前辈”，恳请他到袁世凯面前为山西多说点好话。南桂馨的活动很有效果，面见孙中山时，孙中山表示：如果不承认山西为起义省份，即使南北和议破裂，也在所不惜。显示出对山西革命的高度重视。南桂馨还多次向胡汉民、黄兴游说，也得到了这两位领导人的支持。胡汉民专为此事向袁世凯发电达10多次，一再要求保留阎锡山的都督职位。董崇仁则不负厚望，专门赶到北京，在袁世凯面前替阎锡山说了不少好话，说阎锡山“一向对袁公推崇备至，袁公就任民国大总统，甚为欢欣”，说阎锡山“衷心拥戴袁公，大可不必怀疑他”。他的特殊身份，对袁世凯改变初衷起到了关键的作用。而阎锡山也抓住一切时机，向袁世凯表示自己的忠诚。在请孙中山先生给予支持的同时，却又在建都问题上站到孙中山的对立面，赞同和支持袁世凯建都北京的主张，声称“以形势论，以事实论，以对内对外论，目前自无舍北就南之理”。这番举动，赢得了袁世凯的好感，看到阎锡山不同于其他同盟会员，于是在1912年3月发布委任令，正式委任阎锡山为山西都督。如果说，当选都督曾经让阎锡山费过一番心思的话，那么，重新被委任为都督就更显现了他善于钻营的本领。多日悬在心上的石头落地了，阎锡山踌躇满志地说：“这也是蒙阎家祖上有德，山西百姓不该遭难。今后，蒙要把山西治理得好好的，也让袁世凯看看咱的本事。”
阎锡山回到太原，立即决定办三件事：一是统一军队，二是筹办财政，三是委任县长。也就是说，枪，钱，人，三样紧要东西，他都紧紧抓到了手里，他要在山西建立自己的一统天下。
在他逃离太原，进驻包头期间，支撑山西起义局面的主要是南边的河东军政分府和北边的忻代宁公团。河东军政分府是副都督温寿泉撤离太原时，带兵南下在运城成立起来的。它以副都督的名义统一指挥河东各县的军政事宜。它所指挥下的军队，曾在临汾一带与清军激战，为起义军守住了富庶的晋南地区。忻代宁公团则是辛亥山西起义时的一支地方武装，配合军政府的北路军抗击侵犯雁门关的清军，并与地方义军里应外合，占领了晋北重镇大同。阎锡山要建立自己的一统天下，这两支力量在他看来都是异己，都是必须削平的“山头”。他首先向河东军政分府开刀，制造事端，向袁世凯报告河东分府的实权派、革命党人张士秀、李歧山叛乱。袁世凯早已知道李歧山是同盟会会员，为趁机削弱、打击山西的革命力量，便命令驻河南的直系军队进入山西，将张、李二人逮捕，并押往北京。阎锡山不损一兵一卒，在讨好袁世凯的同时就解除了心腹大患，可谓是“一石二鸟”的妙策。对忻代宁公团的首脑人物续桐溪，阎也利用小事，激化冲突，制造借口，准备派人将其逮捕。所幸有人暗中给续通了消息，续桐溪才得以逃走，免遭一难。
阎锡山虽然暂时保住了都督职位，又想方设法将权力集中到自己手中，但他很清楚，自己是同盟会员，太原起义的主要领导者，并参与过燕晋联军阻袁北上的活动，在袁世凯的心目中注定是个必欲拔除而后快的钉子。这个地位还极不稳固。袁世凯曾拟调他为黑龙江都督，阎费很大力气通过贿赂袁的总统府秘书长才好不容易留在了山西。因此，他把逢迎袁世凯，消除袁的怀疑，取得袁的欢心和信任，当作头等大事。当年，他到北京谒见袁世凯时，紧张得汗流浃背，俯伏在地，行跪拜大礼而不敢仰视。他向身边的亲信说，他生平最畏惧的一个人，就是袁世凯。这也从侧面证明，袁世凯确实是压在他心上的一块沉重的石头。
面对险恶的处境，阎锡山充分施展出他善于韬光养晦的才能。一方面他表现得卑躬屈膝，处心积虑，想方设法，利用一切机会和手段，对袁厚颜逢迎。山西的汾酒，动辄三、五百坛奉送进京，不断在袁世凯的左右打点笼络。通过董崇仁，买通袁家的女仆，密察袁的意旨，如有所需，极力逢迎。认段琪瑞的孀嫂为干妈，因为她与袁世凯家的奶妈是密友，通过这层关系，及时了解袁的动向，以便应对早有所备；同时也曲径通幽，把对他的美言送到袁的耳旁。将袁世凯的好友，曾为他在袁面前说过好话的董崇仁，任为晋南镇守使。请任袁世凯的亲戚，山西人陈钰为山西民政长。更让常人瞠目结舌的是，以让老人开眼界享福为名，将父亲和继母送往北京居住，实际上当作人质。为了讨好，他处处看袁世凯的眼色行事，甚至连起码的“革命”面子都弃之脑后。1912年8月，同盟会改组为国民党，作为同盟会的老会员，阎锡山被任为参议。但阎锡山看出袁世凯对革命党人恨之入骨，就赶快宣布脱离了国民党。并且雷厉风行地执行袁世凯的命令，饬令山西全省“各县知事将国民党分设机关一律解散”。作为国民党的元老人物，对待国民党如此冷酷无情，翻脸不认，曾让许多老同盟会员气愤不平，大骂阎锡山奸诈狡猾，却又无可奈何。
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