进城后，朱棣出榜安民，祭高皇帝陵，准备登基，准备工作主要就是处理建文旧臣。前面已讲，隋唐五代就已进入职业公务员时代，朱家两叔侄抢天下，大家只不过拿了工资各为其主。现在叔叔抢赢了，那么两拨人的工资就都该你一个人开了。盛庸、平安这些人几天前还拼着命想把燕逆弄死，但下个月太宗还得往他们账上打钱。尤其是李景隆，堪称靖难第一功臣，后来确实混成了首相。地方官更绝少反对新皇帝，反正他们只听朝廷的命令，至于朝廷是谁在操控，那就不该他们操心了。
当然，也有极小一撮建文帝的心腹。朱棣宣布了齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余“奸党”，这些人大多已自杀殉君，其余也多被诛族。例外的是让朱棣吃尽苦头的徐辉祖，他没有喜迎姐夫进城，而是跑到徐达的祠堂。姐夫很生气，派人把他抓起来，他写了一份供词，说明其父的功勋以及明太祖所赐免死铁券。朱棣气得哇哇大叫，但也不能违背免死铁券，最后削除他魏国公爵位，软禁至死。当然，也有一些阴谋论者认为徐家两兄弟是在两边下注。后来徐辉祖、徐增寿两支后裔均世袭公爵，成为明朝最显赫的一个世家。
进城前，僧道衍曾向朱棣提出，建文帝的心腹都得杀，但不能杀方孝孺，否则“天下读书种子绝矣”。方孝孺是当时最负盛名的儒士，朝廷讨燕的诏檄均出自他的手笔。僧道衍不杀他，既是为了保留读书种子，更重要的是想让他草拟即位诏书，带头示范，让原本反对朱棣的士人归心。
朱棣召来方孝孺，据说人还没到，悲恸之声已充塞殿陛。朱棣等他哭够了，亲自下阶说：“先生不要自苦，我只不过是想效法周公辅成王罢了。”这人也不知是文化太低还是脸皮太厚，居然把铁铉教训他的材料拿来当说辞。
方孝孺说：“那成王何在？”
朱棣说：“他自焚死了。”
方孝孺又说：“那为何不立成王之子？”
朱棣连忙摆手：“国赖长君，他才几岁，怎么行！”
方孝孺又说：“那为何不立成王的弟弟？”
方孝孺虽学富五车，但辩论水平也不怎么高，说到这里其实已经说错了——既然可以立建文帝的弟弟，那又为何不能立朱标的弟弟？如果朱棣这样接过来，方孝孺就吃瘪了。可惜朱棣的辩论水平更差，气急败坏地说：“这是我家事，不要你管！”朱棣把纸笔塞给方孝孺：“诏天下，非先生不可！”方孝孺投笔于地，哭骂道：“死即死耳，诏不可草！”朱棣终于忍不住了，下令磔杀方孝孺。方孝孺慷慨就义，留《绝命赋》一首：
天降乱离兮，孰知其由；三纲易位兮，四维不修；骨肉相残兮，至亲为仇；奸臣得计兮，谋国用犹；忠臣发愤兮，血泪交流；以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉兮，庶不我尤！
方孝孺一介书生，不畏强权，坚持忠诚与正义，广受后世赞扬。明太宗恨死了他，甚至死后还禁传他的文章，但明太宗驾崩当年，明仁宗（朱高炽，年号洪熙）继位，尚未改元，便立即做了一件忤逆先皇的大事：为方孝孺昭雪，不但允许他的文集出版，还释放了许多被流放的方孝孺亲属。百余年后，明神宗（朱翊钧，年号万历）在南京为建文忠臣立表忠祠，以徐辉祖居首，方孝孺次之。
明太宗登基后又把铁铉抓来，铁铉不愿北面见他（以臣见君），于是背对着他，坐在廷中谩骂燕逆。燕逆很生气，要他转过身来，但铁铉就是不给他这点基本的尊重。最后，明太宗将其磔杀，年仅三十六岁。明代中叶济南府便在济南立七忠祠，纪念铁铉等七位反抗朱棣的忠臣。故乡邓州（今属河南）更为铁铉和唐朝在安史之乱中英勇献身的另一位邓州忠臣张巡（也可能是河东人）合立双忠祠。清代更在大明湖畔建立著名的铁公祠，成为济南一景。
尽管职业公务员不干涉皇室私事，但皇室无私事，篡位甚至打仗早已上升到公共利益层面。公务员有义务维持正当的公共秩序，忠孝观念便是维系社会正常运转的基础。尽管盛庸、平安在力战后降燕无可厚非，但徐辉祖、方孝孺、铁铉为现任皇帝尽忠更值得赞颂。不要说什么愚忠于封建君主之类的话，他们跟年轻的建文帝并无私交，也不是他的私有附庸，只是因为建文帝已经当上皇帝，那么作为大臣就有义务维护这种既有的体系而不是任由野心家挑起战争。皇帝是公共秩序的总代表，忠孝观念要求国家公务员竭忠尽死，维护在位皇帝，绝非维护他个人，而是维护关系天下苍生的公共秩序。徐辉祖、方孝孺虽是败者，但毫无疑问他们并不成寇，而是连明太宗嫡传子孙也承认的王道，胜者明太宗反而扮演了不甚光彩的角色。
以上几段采自《明史》，塑造了方孝孺、铁铉这样光辉正义的儒士形象，但按某些资料以及现代主流说法，这几段都还光辉得不够。
先说铁铉，更著名的说法是明太宗将他鼻子、耳朵割下来塞进他嘴里，还问他好不好吃。铁铉怒目道：“忠臣孝子之肉，怎么不好吃！”明太宗又说你活着不拜我，我把你用油锅炸了你也得拜我。但燕军炸死铁铉后发现其骨架仍然背对着太宗，他们想把骨架翻过来，油锅竟然爆炸了！明太宗仍不得铁铉的骨架一拜！
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