常务委员会制度的雏形也在隋文帝时发轫，由于三省六部制要求以部门而非个人名义上报和批复文件，便形成了部门常委会议决的形式。各部门的常务委员会一般由本部门的主要领导组成，比如六部由本部尚书、侍郎、郎中组成；尚书省由左右仆射和六部尚书组成，俗称八座。国家最高领导层则由三省长官作为宰相，加上副官一般有七八个人，一起在门下省的政事堂议事，组成最高一级常务委员会。常委会上每位常委都可以发表自己的意见，但最终必须形成统一意见上报或下发，这种极具中国特色的行政决定机制从此也成为中国公共管理者最常规的一种思维方式。这种以部门而不是以个人名义形成的集体决议权威极高，包括皇帝也难以对抗，极大地降低了个人（权臣）专权的概率。据传，上帝曾说：“要有光！”政事堂经研究决定“不批准”，于是就有了黑夜。
隋文帝草创了报批制和常务委员会制，但还算不上完善，在此后还会继续发展完善，不过这种行政决定的思维方式从此便深刻地融入了中国的公共管理科学之中。
为避免独裁专制和草率错误，隋文帝还设置了新的监督机制。门下省本身就带有一定的监察作用，方式也极具中国特色。门下省居于皇帝—中书省—门下省—尚书省—部门这个行政审批链条的中间，如果认为下游上报的奏章不对，可以驳回，那如果认为上峰下发的草诏不对呢？当然也是驳回，还有个专门术语叫封还。一道合法的诏书不但要由皇帝发出，还必须由中书门下副署才有效，各部门才能依法执行，所以门下省堪称掌握了行政审批的咽喉。门下省内设四名中层干部称给事中，可以无条件封还圣旨，到明朝发展为六科给事中，派驻到六部实施更深入的行政监察，这个品级并不太高的官职日后会经常在历史舞台上扮演明星角色。隋文帝设门下省本意是限制各部门权力，但客观上也限制了皇权。中国皇帝宁愿自己牺牲一部分权力，以形成和士大夫之间的相对均势，这是通过让渡部分皇权来增强皇位稳固的一种权谋，但客观上也促进了行政体制的规范发展。
除门下省外，中国的行政体系一直有一个相对独立的监察机构——御史台。汉晋的御史台主管察举人才，兼有监察职能，实际相当于现代的组织部。三省六部制察举人才的职能转移到了尚书吏部，御史台开始成为一个纯粹的监察机构。隋唐御史台的分量还不算特别重，后来宋明御史系统的作用在某种意义上将不亚于宰相甚至皇帝本人。
除了行政运行机制面目一新，这套官制还有一个隐藏的政治意义——军队公有化。以前太尉是可以和丞相分庭抗礼的重臣，现在兵权归于兵部，兵部尚书只是一个部门领导而非国家领导。军队的具体指挥仍依靠职业军人，但军队的人事、编制、后勤、装备等的大权则掌握在了兵部的文官手中，极大地加强了军队公有化。一支完全公有的正规军，比领主将军们拼凑在一起的私兵要强大、规范得多。
第二是地方官制问题。秦分为郡县两级，管理力度不够，汉朝增设州一级，但州一级的权力又太大，这个矛盾隋文帝如何去解决？
隋文帝首先尝试缩小州的范围。汉朝一州可辖上百个县，相当于周代一个诸侯国，隋朝一州只辖十余个县，便难以自立。但这样中央直管的州就太多了，于是设行台尚书省，管辖一大片地区。行省和中央的尚书省结构基本相同，长官为行台尚书令。这些行省都是中央暂时派驻在地方的执行机构，比一般的州郡更容易撤并，强调了中央对地方的直接管理。为巩固宗室势力，第一批行台尚书令都是隋文帝自己的儿子。其中在并州（今山西太原）设河北道行台，晋王杨广为尚书令；在成都设西南道行台，蜀王杨秀为尚书令；在洛阳设河南道行台，秦王杨俊为尚书令。
开皇二年（582），宗室大将杨尚希出任河南道行台尚书省兵部尚书。经过一段时间的地方工作，杨尚希认为天下州郡过多，“民少官多，十羊九牧”，建议撤并州郡。隋文帝采纳意见，取消了郡一级，撤并了许多州，形成中央—行省—州—县的区划方式。但事实上，现在的州就相当于以前的郡，现在的行省又相当于以前的州。这一次地方行政改革其实没有太大实质性改变，唯一的效果就是相对降低了一级地方政府的独立权限。因为隋朝确实太短，所以未能在此问题上做出太大突破，唐宋两朝并未继承行省制度，元朝却重拾这个并不太成功的尝试，清朝至今又使用省，很容易给人一种传承千年的错觉，事实上隋文帝的地方官制变革算不上很成功。
第三是门阀世族问题。这个问题其实更本质，隋和秦很相似，又一次走到了人类社会文明形态飞跃的节点。六百年前那个用青铜铸就，如铁山般刚强的大秦帝国没能承受住社会大变革的巨大冲击，二世而亡，那么隋文帝呢？
应该说隋朝北方已经形成比较成功的公民社会，而隋朝建立的政治基础却是关陇门阀。杨忠本人算是关陇门阀的一员，但他并非西魏首批八柱国，只能算独孤信势力的一个分支，远远不够格当关陇门阀的总代表。只不过后来杨坚当了国丈，协调好了鲜卑贵族和汉族关陇门阀的关系，才得到共同认可，由他带领关陇门阀推翻了鲜卑贵族。但现在他们拥立的隋朝反而要来削减他们的世袭特权？这可不是一个轻松的话题。
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