而每一级按三三编制成军，即三个班为一个排，三个排为一个连，三个连为一个营……以此类推。
普通骑兵，重装骑兵，普通步兵，重装步兵等四个兵种，总计扩编为八个军团，也就是说，每个军种下辖两个军团，而每个也有自己独立的番号，第一，二军团为普通步兵，第三，四军团为重装步兵，五，六军团则为普通骑兵，七八军团为重装骑兵。
步骑的司令官仍然是保平安，副司令官为崔敏，步骑大军也是太平军中人数最多，份量最重的主力大军，保平安与崔敏的责任不可谓不大。
在保平安与崔敏之下，各军团的主官也已确定下来。
第一军团，军团长由崔敏兼任，不设副军团长。
第二军团，军团长卢博，副军团长余震东，卢博与余震东一直以来的心愿就是能驰骋疆场，为国杀敌。此次，在黄旭的授意下，曾国藩对二人做此任命，卢余二人终于是得偿所愿。
第三军团，军团长胡林翼，副军团长罗泽南
第四军团，军团长曾国华，副军团长彭玉麟
第五军团，军团长曾国荃，副军团长曾三
第六军团，军团长吕擎天，副军团长李开芳，其中，副军团长李开芳是太平军将领中的后起之秀，他是曾国藩慧眼识珠，从最低层提拔起来的优秀将领，被委以重任，那是众望所归。而吕擎天则是军中元老，除了所建战功颇多之外，他还曾经与黄旭兄弟相称，也算是黄旭名义上的一个兄长来的，虽然说。他们谁都没当一回事。也没有多少人知道，但毕竟这也是事实，所以，他做这第六军团的军团长也是实至名归。
第七军团，军团长田小二，副军团长东方不惑，黄旭的这两个兄弟，带领特战分队为国征战多年，不但积累了丰富的实战经验，而且。功勋卓著。所以，既然是龙，那就应该放之于大海，任其遨游，所以，黄旭也愿意给自家兄弟一个机会，让他们去建功立业。
第八军团，军团长陈玉成。副军团长罗大纲，说起来这陈玉成与罗大纲，那也不是平常的人物，此二人都是太平军中著名将领，特别是陈玉成，他有一个绰号。名叫“疯狗”，意思是说，他这人就是个拼命三郎，打起仗来，那是不要命的主。
步骑总计八个军团，的确算得上是军中主力。
步骑军团之后，得到升格的是弓箭手独立大队，弓箭手独立大队升格为弓箭军团，番号为第九军团，军团长由原主将杨宜清升任，原副将吕擎天已升任第六军团的军团长，所以，副军团长由杨宜清的兄弟傅忠信接任。
弓箭军团也是军中利器，太平军中的又一主力。
除了这两大主力之外，还需大书特书的则是可称之为国之利器的火器军团。
由左宗棠统领的火器军团，在原先那一个军团的基础上，又增设了二个军团，总计是组建起了三个军团，司令官仍然是左宗棠，但不设副司令官，一应大事全都由左宗棠说了算。
三个火器军团的番号分别是，第十军团，第十一军团，第十二军团。
第十军团的军团长由李秀成担任，同样不设副军团长。。
这第十军团也就是原先左宗棠率领的那个火器军团的老底子，也是三个火器军团中综合实力最强的一个军团，而李秀成出任这第一军团的军团长也是最合适的，因为，他在出任大内总事务长及九门提督之前，原本就是火器营的主将，对火器那是非常之熟悉，而且，他为将多年，同样是战功卓著，如果让这样优秀的将领去做一个近侍，那不是暴殄天物嘛，黄旭与曾国藩可不愿意这样干。
而李秀成大内及九门的职务则由关唐接任，本来，关唐也想来军中，但黄旭不让，关唐也只好勉强接受了新的职务，不过，黄旭还是答应他，在合适的时候，他会允许关唐到军中效力，这样一来，关唐也就安心地做他的大内总事长及九门提督了。。
第十一军团军团长为李元度，副军团为胡四儿
第十二军团军团长为刘坤一。，副军团为江忠源。
以前的工兵营升格为工程兵特种师，师长官朱衣点，不设副长官。
后勤保障大队扩编为后勤保障军团，军团长余一龙，副军团长段一虎。
特种作战分队扩编为特种作战大队，总计为三千人，直接隶属于黄旭，由黄旭出任总统领，大队下辖三个分队，每个分队再设三个小队，分队长及小队长由黄旭再委派心腹将领担任。
关键的三个分队长分别由李世贤，韦俊，林凤祥担任。这三人也是太平军中的后起之秀，属于完全效忠于黄旭个人的那种将领。
情报处升为情报部，由姚大洪任部长，刘玉华任副部长。
另外，黄旭还特别组建了一支新的军种，名为海军，黄旭明白，如想征服列强，那免不了要漂洋过海，而要飘洋过海，那就少不了海军。先不说其它远一点的国家，就说这一衣带水的倭国，那如果没有海军，想要战胜他们，那是相当困难的，所以，黄旭开始花大力气组建海军。
而出乎很多人意料之外的是，他将这个组建海军的重要任务交给了他手下的两员文官，李鸿章与骆秉章。
很多人都觉得黄旭这样的任命是晕了头，但是，黄旭却清醒的很。
其实，黄旭以前也还真不知道这二人有这方面的才干，只是由于一次无意间的谈话改变了黄旭的看法。
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