她再次接运难童到合江，寻找一个适合难童读书生活的院址，筹建川五院。她被总会任命为院长，但她拒绝领薪水，“义务院长”由此传向社会。蒋院长亲手挑出的百名病弱难童，大的12—13岁，小的才3岁，雇有保姆特殊护理，把屎把尿，洗澡擦身，喂饭吃药。癞、疥、黄水疮痒得娃娃们乱抓乱搔，打摆子、流感、伤寒折磨得孩子们半死不活，更受到虱、蚤、蚊、臭虫的日夜叮咬……娃娃们哭闹，老师们落泪。因此，在编班上课的同时，重点是尽快消灭虱子、臭虫，灭疥治病。为此，她利用丈夫进口药的渠道和亲朋好友关系以及亲赴香港采购，弄来了一批市面上见不到的对症药物。捐出私蓄，改善伙食，买来布亲自带头为孩子们缝制衣服。果然在不长一段时间里、基本上消灭了臭、虱、蚊、蚤、苍蝇，控制住了疟疾、伤寒等疾病，孩子们一个个健康起来了。从此，在这座破败的古庙里，欢声笑语、朗朗书声、抗战歌声替代了那阵阵撕裂人心的喊爹叫娘的呻吟和哭泣声。
有个孩子叫薛宝，到保育院后，从没人见她笑过，也不合群，总爱一个人躲在黑暗角落里发呆、落泪。蒋院长找老师们分析这个孩子的情况，有老师说她问过这孩子，孩子说：“俺爹娘都叫鬼子兵杀死了，怎么能笑出来啊！"蒋院长找到她，一把抱在怀里，亲她，疼她，还和她一起痛哭了一场。以后，院长走到哪儿都带上她。小薛宝从周妈妈的身上饱尝了母爱。有一次她亲了亲院长说：“周院长，以后我叫你妈妈好吗？”院长认真地问：“为什么要叫我妈妈呢？”她乞求地说：“因为你跟俺妈妈一样好！不，比俺妈妈待俺还要好！”
说完她开心地笑了，笑得是那样甜，那样好看，简直是一朵绽开的花儿！1939年阴历年这一天，蒋鉴院长收到了孩子们自制的签了名的几十个贺年卡，卡片上无一例外地都称院长为“周妈妈”。
川五院附近有个专收保育生的国立16中学分校和女中，蒋院长也常去看望那里的保育生，问寒问暖，一经发现有她需要帮助解决的问题，便立即予以解决。这两个学校的保育生也都亲昵地喊她“周妈妈”。
因为蒋鉴的关系，难童和伤兵之间也特别亲热。他们都是日寇的受害者。当一群伤兵登上合江码头时，就有蒋鉴带领难童在迎接他们，伤兵们抱住他们亲了又亲：“我们都没有了家乡、土地，我们共同的敌人就是日本帝国主义！"孩子们还常常列队去第五陆军医院慰问伤病员，为他们打扫卫生、唱《慰问伤病员之歌》。有一次，一位伤兵忍着疼痛激动地坐起来说：“小朋友们，等我伤好了，一定重上火线条敌，为咱们的父母报仇！”
川五院实行的是手脑并用的办学方针。为培养儿童自己管理自己的能力，成立学生自治会，每个高年级班级都出板报，成立演讲、演戏、唱歌组，培养了一批天才儿童，仅考取陶行知办的育才学校的男女生就有9名。他们还组织儿童宣传抗日，常编织花篮进行义卖，卖得的钱悉数买成慰问品送给伤兵或买成铅笔、牙粉牙刷、小手帕等送给新来的小难友。
由于蒋鉴的竭诚努力，不到一年，合江保育院很快出了名声，赢得了社会各界的广泛关注。当时的“中央电影制片厂”编导潘子农先生特意搬着摄影机来合江，和保育院师生们泡在一起，整整两个月时间，拍摄出一部新闻片，记录下蒋鉴创办川五院的全过程。这部名为《第二代》的纪实片不光在国内放映，还制成了英语拷贝发行至英、美及新加坡等国，将中国妇女界及爱国进步人士抢救战时难童这一壮举昭扬到世界上去，起到了很好的宣传效果。
然而，终年的劳碌严重地损坏了蒋鉴的健康，而她仍一门心思带病为孩子们的幸福操劳。直到病势严重，才在家人的护送下飞往香港治疗，但为时已晚。1940年10月5日，蒋鉴终因肠癌病逝于香港的医院。生命最后一刻，她还无限悲痛地说：“我就是现在死，也对得起国家、民族了。但是我没有看见抗战胜利啊！”她不愿死，她实在舍不得她这几百个视同亲生儿女的孩子，多么想继续为民族解放而奋斗啊！
她带着38岁的壮丽的年华离开了人世。噩耗传出，谁能不为之悲伤，为之哭泣呢！妇女界、保育院纷纷敬献悼词和挽联。
懿苑永存精神不死——陕甘宁边区保育分会
众孤失恃遐迩皆悲——陕甘宁边区第一保育院
救护伤兵保育难童赢得邦人唤慈母
离开周家献身抗战允为巾帼树芳型
——邓颖超 张晓梅 卢竟如 廖似光 张玉琴
陕甘宁边区战时儿童保育分会还给蒋鉴丈夫周明栋先生致了一封意真情切的唁电，全文如下：
明栋先生礼鉴：
惊闻尊夫人蒋鉴先生积劳逝世噩耗传来，易胜哀悼！值兹国家危难，倭寇未除，正需抗建人才，而尊夫人倾心为国救护伤兵，养育难童，懿德显著；慈星遽落，远近同悲，尚未节哀，勉襄后事，谨此电唁。
蒋鉴逝世的消息迅速见诸各大小报刊，川五院的儿童、第五伤兵医院的伤兵，面对蒋鉴遗像或是痛哭流涕，或是长跪不起……
1940年11月5日，《新华日报》的《妇女之路》专栏中，以整版篇幅登载了邓颖超的《痛悼蒋鉴》、张晓梅的《回忆蒋鉴女士》、杨慧珠的《记一颗陨落了的星》等三篇文章。邓颖超在悼文中写道：
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