在现场会上，刘亚楼碰到了国防部五院院长钱学森，关切地问起导弹研制情况。钱学森相告：五院的摊子是铺开了，导弹事业也朝健康方向发展，但还有些问题需要解决，不然会出偏差。他说，导弹的加工需要有人去协调，还有就是研究院的行政事务工作，如此这般，让他忙得脚不着地，他很想辞去这个职务。
刘亚楼认为这是个讯号，必须让钱学森尽快从琐事束缚中解放出来，他回京后马上向聂荣臻作了汇报。
翌年2月，在军委广州会议上，副总参谋长陈赓也提出，国防部五院有种风气，什么对外加工的事、有关行政方面的事务，都推到钱学森那里去签字，这怎么能行？钱学森的精力是组织领导导弹的研制，其他事情不要推到他那里去管嘛。钱学森提出的问题，保障好就行啦，其他事连让他知道都不要，不要分散他的精力。陈赓自告奋勇，请缨去当导弹研究院院长。
军委领导考虑到陈赓的健康等原因，没让他兼任五院院长，而是选中了刘亚楼。空军事务繁多，要建设要打仗，还要兼管民航，刘亚楼又兼任国防部副部长、国防科委副主任等职，不可能经常性地坐镇五院，乃建议派空军第一副司令员王秉璋兼任五院第一副院长。
他对王秉璋说：总的要求，就是不要让钱学森教授为琐碎的事操心，无论如何也不能干扰他，让他专心搞研究，保障他的各项要求得到实现。技术方面由钱学森教授拍板，行政事务工作由你和其他人去做。各分院院长也主要管行政事务和保障工作，技术问题由技术专家拍板就算数。
周恩来正式颁布命令，任命刘亚楼兼任国防部第五研究院（导弹研究院）院长，王秉璋兼任五院副院长。4月14日，刘亚楼召集五院领导班子开会，说：五院领导的分工，经过军委广州会议前后的酝酿，已经定下来了。聂总也于本月4日找我们党委的一些同志作了指示。我的精力主要还是放在空军，王秉璋同志主要精力放在五院。我不在时，由他拿总。中央把发展国防尖端技术视为“天字第一号任务”，大家要密切配合，指挥打好这场意义非凡的特殊战役。
王秉璋走马上任后，根据刘亚楼的指示，挑选了一批尊重科学、尊重知识，并愿为科技事业无私奉献的干部，到五院工作。
五院领导班子的调整，让导弹研制事业焕发了生机，科技人员从过去的数百人猛增至上万人。就在仿制苏联P－2导弹进入最后阶段时，1960年夏，赫鲁晓夫突然下令撤走全部专家，带走所有资料，停运所有设备。
沉重的压力，像乌云一样凝聚在国防部五院每一个人的心头。
中国航天事业面临着夭折的危险。刘亚楼来到五院和导弹研制人员谈心，说：赫鲁晓夫背信弃义，撕毁合同，撤走全部专家，这对我们是个损失，但也更激起我们自力更生、奋发图强的精神。我们不仅要做好仿制P－2导弹的工作，还要在国防尖端技术上独立长征。
“两弹”上马
从空军出去的导弹专家孙家栋，告诉刘亚楼：大家对苏联专家二话不说就撤走虽然都很气愤，但并没有灰心，相反劲儿更高涨了，想着一鼓作气自己把它干出来。
刘亚楼连声说好，就是要把生气变成争气，长中国人的志气。他还说：科学也是人摸索出来的，它不能一步登天，要一步一步爬坡，打好基础，但只要尽早动手，卧薪尝胆，百折不挠，拿出主席“一万年太久，只争朝夕”的精神来，就必然能上水平，拿出自己的东西。
对孙家栋这些由新中国自己选拔培养的火箭专家，刘亚楼呵护有加，一再指示王秉璋要非常珍惜和重视这些科学家，让他们把全部精力都用在科研上。
在认真听取王秉璋汇报并与副院长钱学森交换意见后，刘亚楼指示五院：现在既然已基本掌握了仿制导弹技术，就应该开足马力，加大仿制生产力度，尽快拿出成果；另外，可以把一部分技术力量转移出来，自行研制加大射程的地地导弹，凡事预则立，不预则废，我们要提前动身！
此时，尚属三年困难时期，由于副食品供应紧张，不少科学家不同程度地出现浮肿现象。刘亚楼心疼不已，要求院党委把有限的副食品集中发给科技人员，其他人员包括领导干部、政工干部、后勤干部，都不能享受。此举受到聂荣臻的赞誉，号召五院长期贯彻，直到战胜困难。
在中央高层和刘亚楼的殷切期待中，五院众志成城，顶住苏联撤走全部专家和拿走技术资料的压力，度过了3年自然灾害和国民经济最困难的时期。1960年11月5日，中国仿制的第一枚导弹“东风一号”（仿制苏联P－2导弹的近程地地导弹）点火升空，飞上了地平线。这是中国运载工具史上一个重要的转折点。随后，中国导弹工业开始由仿制转入自行设计，处女作名为“东风二号”。
1961年4月，刘亚楼率团赴苏谈判回国后，又马不停蹄地参加在北戴河召开的国防工业会议。在这个会上，面对不断变化的世界格局和潜在的战争威胁，中共中央坚定了“两弹（导弹、原子弹）”上马的决心。
1962年2月，刘亚楼出席五院的春节招待会，满怀期望地对在座的航天专家和科技人员说：“苏联专家走后，我们靠自己的力量继续着火箭、导弹技术事业，取得了初步的成绩。但这还远远不够，我们要继续前进。苏联有人讽刺我们，说：‘你们把导弹造出来，我们买你们的！’听听，这话多气人！大家一定要争口气，把我国自行设计的第一枚导弹搞好。你们很快就要去发射场，我预祝你们发射成功。如果这枚导弹试验成功，我们在人民大会堂开庆祝会！”
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