面对明治政府的常备军从无到有，福泽谕吉在庆应义塾所做的明治七年元旦献词里，就说到了当时人民对待常备军的心态：“现在政府建立了常备军，人民本应视为护国的军队，兴高采烈地祝其壮大，然而事实上却反而把它看成是威吓人民的工具，只有心怀恐怖。”这可不是杞人忧天。毕竟，在帝国常备军从无到有，从弱小到强大的过程中，人民始终没有控制这支军队的机制可资利用。1877年的西南战役，凸显了政府的暴力能力，迫使不满者打消武装叛乱的念头，改用依靠言论和政治斗争的手段去反对政府。西乡隆盛，这个明治时代最受欢迎的英雄，他的自杀，标志着一个旧时代的结束和一个新时代的开始。此后，没有任何国内的反对势力可以让政府畏惧了。西乡隆盛的刀都能够制伏，板垣退助的笔又何足惧？只要军权在手，就像1881年岩仓具视那句态度强硬的话所说的那样——“陆海军与警视，皆吾物也”，靠嘴、笔、普选、多党竞争……从1868年到1945年，几代人也没有和平演变出一个共和政体来。
“军权永归至尊”
明治初期，军政大权通过太政大臣的辅佐来行使，陆军卿和海军卿没有直接辅佐天皇之权。1878年，设立参谋本部，把军令机关独立出来了。参谋本部主管对内对外的作战准备。参谋本部长既不受陆军卿管辖，也不受太政大臣管辖，而是直属天皇。1879年10月，陆军组织条例规定：“日本帝国陆军一律直属天皇陛下”“凡有关军令之事项，由参谋本部长负责上奏和策划，经天皇亲自裁决后，由陆军卿执行之”。这样一来，军令机关的独立，就成了不可动摇的原则。除了天皇以外，对于军部，任何人都没有命令它的权力，而天皇则可以依靠参谋本部长的辅佐下达任何命令。
不过，统帅权独立有个小插曲。
1874年4月，日本侵略台湾。陆军卿山县有朋当时对于对清战争缺乏信心，可是政府不顾他的反对，在7月9日下令陆、海军省做战争的准备。当时，陆军卿因为没有兼任参议，在决定国家最高决策时，根本不能置喙，据说，出于对这种状况的不满，后来就使他坚决要把统帅权独立出来。
统帅权的独立，意味着把军权从太政官掌管，变成了由直属天皇的参谋本部掌管，而不受太政官干预，使军队绝对服从天皇。因为按照1868年颁布的《政体书》，“天下之权力皆归太政官，使政令无出于二途之患”，而1871年《太政官制》又进一步明确了太政大臣“辅佐天皇，总揽庶政，统辖祭祀、外交、宣战、媾和、订约之权，海陆军之事务”。当时的重臣之中，只有大隈重信担心统帅权独立可能会导致军权压倒文权。
1885年，改太政官制为内阁制。伊藤博文出任第一任内阁总理大臣。按照《内阁职权》的规定，各省大臣须随时向内阁总理大臣汇报他们主管事务的情况，“但事关军机，应由参谋本部长直接上奏者，陆军大臣亦须将其事件报告内阁总理大臣”。在这一点上，总理大臣和太政大臣的地位有所不同，按照太政大臣三条实美的说法，在明治维新之初，“诸省唯仰太政官指令，太政官批示使之施行。凡文书之上奏者，皆经太政官……”
不过，为了防止日后的帝国议会难以染指军事大权，统帅权独立是不是会对帝国产生致命的危害，也就顾不得那么多了。1889年2月11日，明治天皇举行大典，颁布宪法。明治宪法规定，“天皇统帅陆海军”。为什么要这么规定呢？照伊藤博文的解释，这条规定是明确“军权永归至尊不容旁属”。
那么天皇的军权体现在哪里呢？明治宪法第十二条规定，“天皇编制陆军海军，定常备兵额”。依照伊藤博文解释，这条规定是明确了军制兵额都归天皇决定，没有议会什么事——“议会不预闻”。在伊藤博文眼里，从军队舰队的编制，军器的颁发，军人的教育、检阅、纪律、礼式、服制、卫戌、城寨、防海守港，以及出师准备之类的事情，到决定每年“征员之数”，都属于天皇的权力。
在军权上，明治宪法把帝国议会晾在一边的同时，内阁也沾不了统帅权的边。军部既独立于帝国议会，也独立于内阁。军部大臣既不向内阁会议提出纯粹的军令事宜，也不向内阁会议提出军队的编制等其他军政事宜，可以直接上奏天皇请求批准。这样一来，在政府内部就形成了一个总理大臣不能过问的特殊的行政机关，形成了事实上的二重内阁。
不仅如此，内阁还变得受制于军部。1900年5月，山县有朋内阁改订官制，陆海军大臣必须军方推荐，由现役上、中将担任，次官由现役中、少将担任。这样一来，内阁反过来得依赖军部的意志了。因为在组阁前，要是军部不乐意，不推荐陆、海军大臣人选，内阁就会难产；要是军部不满现任内阁，就让陆、海军大臣辞职，还不推荐继任人选，迫使内阁辞职；内阁辞职后，陆、海军大臣可以不和其他阁员共进退，好官我自为之！1912年12月，因为西园寺内阁不同意增设两个师团，陆相上原勇作中将辞职。由于陆军拒绝推荐继任人选，内阁因为没有继任的陆军大臣而总辞职，首开了利用陆海军大臣现役武官专任制搞垮内阁的先河。在这样的情势下，陆海军大臣岂能不只听命于军部，充当军部政见的代言人？
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