当时，大本营的核心人物是参谋次长川上操六，以他为中心的军部，主张早日入朝与大清帝国开战，可是内阁却担心开战过早会遭致欧美干涉，坚持先继续进行外交准备，主张推迟开战。伊藤博文要求自己和外相陆奥宗光出席大本营会议。7月26日，也就是在大本营成立一个多月之后，才敕命伊藤博文和陆奥宗光出席大本营会议。此时，联合舰队在首相还被排斥在大本营会议之外的时候，已经不宣而战。
在日清开战后不久，伊滕博文起草了一份意见书，提出一要速战速决，二要政治策略与战略一致。他强调，忽视第二点，“仅仅靠单方面的军事力量是不能完成任务的，必须见机行动，始终要谨慎考虑外交关系，不使国家陷于危险境地”，这是今天最大的“国家要务”。因此，绝对有必要“文武配合”。
伊藤博文的愿望落空了。
1894年8月，应枢密院议长山县有朋的强烈请求，任命他为新编的第一军司令官。该军是在第五师团的基础上增加第三师团组建的。由枢密院的议长兼任前线的司令官，这在日本帝国空前绝后，况且山县有朋人称“陆军之父”，陆军就是以他为主的一帮子人搞起来的，军中地位无人可比，朝中资历也不比首相伊藤博文浅，再加上统帅权独立，因此能够约束他的，就只有天皇。
伊藤博文担心山县有朋一旦将在外，我行我素会坏事。于是，明治天皇根据伊滕博文的建议，在送山县有朋军出征时，特意让首相也出席作陪，并训示他一番，要他注意文武配合、遵守大本营的指示、在交战地要与外交官合作云云。
1894年11月3日，山县有朋向大本营提出了《征清三策》，积极主张冬季作战。但大本营命令就地冬季宿营。这让求战心切的山县有朋心怀不满。11月21日，第二军只用了1天的时间，就占领了旅顺。这让本来就对大本营命令不满的山县有朋更受刺激，别人打胜仗，自己却要呆着，这算什么事呀？在11月25日，他扩大解释川上操六参谋次长所属的盐屋兵站监督所下达的命令，擅自下令进攻海城。
伊藤博文也算是有先见之明。他当初担心的事情终于发生了。尽管山县有朋无视军纪，可大本营并没有立即一道命令解除这个战地集团军司令官的职务。第三师团长桂太郎哭着求首相伊藤博文想办法解决这事。伊滕博文请求天皇以疗养疾病为名，下令召回山县有朋。11月29日，天皇客客气气地向山县有朋下达了敕命：“朕与卿不见久矣。今又闻卿身染疾病，不堪轸念。朕更欲亲闻卿述敌军之全部情况。卿宜迅速归朝，奏之。”
事情到了这个份上，山县有朋居然回电大本营，说自己病已经好转，很快就康复了，要求转奏天皇，准许他不回国。大本营没有答应他的要求。12月6日，山县有朋不得不卸职回国。
召回山县有朋，保证了统帅权的一元化，起到了抑制驻外人员独断专行的作用。可是军政之间的关系，并没有因此在制度上有什么实质性的改进。军方依然把军权视为不容政府和议会染制的禁脔。伊藤博文将再一次领教军方的霸气。
1905年9月5日，日俄签订《朴茨茅斯条约》，俄国承认朝鲜是日本的保护国。1906年2月，日本设置统监府，伊藤博文出任第一任统监。统监拥有命令日本驻韩国守备司令官使用兵力的权限。尽管伊藤博文是深受明治天皇器重的重臣，可他这样的元老出任统监，仍然踩了陆军的尾巴。陆军强烈反对把军队指挥权交给文官统监，主张统监武官制。
军部成了国中之国。虽曰“皇军”，在某种意义上来说，其实是军人自己的军队。他们自行其是，将日本帝国拖进了战争的深渊。1931年9月18日，关东军在柳条沟炸毁南满铁路，第二天早晨，外相币原喜重郎在家吃早饭看报，才得知发生了柳条沟事件。首相田中义一得知暗杀张作霖的事件时，非常愤怒。军政之间的关系，由此可见一斑。九一八事变后，森岛代领事去拜访关东军高级参谋板垣大佐，请军方中止行动。这时，在座的花谷少佐拔出长剑威胁森岛：“再干涉统帅权，不能置之不理。”
如此我行我素，就连研究音乐的学者伊庭孝都看出了，这不是什么好事。他曾预言，“干这种事，军人说了算，日本就会灭亡”。
“自己养的狗，咬了自己手……”
在柏拉图的《理想国》里，说城邦的护卫者“应该对自己人温和，对敌人凶狠”。可这只是一种理想的目标，实际上，本国的军、警照样可能对自己人凶狠，甚至比外国占领军还要狠。
这并不是什么稀奇古怪的事。
日本有这样一句谚语：“自己养的狗，咬了自己手……”说的就是这个道理。这话用在日本帝国的军、警身上，那是再贴切不过了。
曾任东京警视厅大警视的川路利良有句名言：“警察者，民众之保姆也。”不过，这话也说明不了什么。谁见过有哪个国家的警察头子公开叫喊“警察者，民众之克星也”？1874年1月14日的“警保寮组织制度及事务章程”称，警保寮是“预防人民免遭伤害、维护其权利，保护其健康、使其安心于工作，保全生命等有关行政警察一切事务之处”。话说得够好听了吧？
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