无勇少谋的李景隆果然上了朱棣的圈套。在北平一役中被打得大败。
不久李景隆又纠集60万大军北上，与朱棣大战于白沟河，复又大败。南军将士被杀死、溺死的有十几万人，又经过几番苦斗，1402年，朱棣率领大军，从馆陶渡过黄河，在击败阻击的南军后，一路不计城池得失，挥兵直取扬州。
惠帝见势不妙，急忙派使臣到燕军营中议和，答应割地休战，但此举被朱棣拒绝。
1402年六月初三，朱棣挥师渡江。燕兵舳舻相接，旌旗蔽天，金鼓如雷。南岸的守兵见状吓得魂飞胆破，一经交战，即全线崩溃。惠帝又派人议和，朱棣根本不予理睬，驱兵直逼南京城下。据守金川门的谷王朱橞和李景隆，见燕兵杀来，便开门迎降，京师遂破。惠帝去向不明，建文朝亡，历时3年之久的朱姓皇族内的夺权之战，终于以朱棣的胜利而告终。
建文四年（公元1402年），43岁的燕王朱棣终于在文武群臣的拥戴下登上了皇帝的御座，以明年为永乐元年。
二、整顿国政传扬国威
靖难之役告捷，朱棣终于登上皇帝宝座，是为明成祖。即位初，全国上下局势严峻，成祖审时度势，采取了镇压和怀柔并用的两手政策，以稳定动荡危急的政治局势，巩固皇位。
成祖将朱允炆时的旧臣陆续捕获后，稍有不屈，就备受残害。不是击齿，就是割舌。甚至截断手足，有的被杀死后，还要诛灭三族。
左佥都御史景清，平时倜傥尚大节。成祖即位后，令他继续旧任，景清也受命不辞。有人见他这般行为，说他偷生怕死，有愧先帝。对此，他毫不介意。两月后的一天，他偷藏匕首上朝，刺杀成祖未成。成祖将他剥皮，悬于城门。事发后不仅景清全家被诛杀，而且顺藤摸瓜，株连左邻右舍，甚至连他出生的村子也都斩尽杀绝。这种空前绝后的大清洗，史书称之为“瓜蔓抄”，先后被杀的人达数万之多。
成祖在严厉镇压建文朝部分反抗的旧臣的同时，对跟随他“靖难”夺位的文武功臣，都给予提拔重用，并给予丰厚的奖赏；对战死的将士，也尽行追封。周、齐、代、岷四王，全予恢复原爵，各令归国。对朱允炆的故吏，只要能够真心归附新朝，成祖也有选择地量才施用。
郑赐原是建文朝燕王手下的北平参议。后被朱允炆调升为工部尚书，并曾任督师讨伐过朱棣，因此也被列入奸臣的名册而遭逮捕。成祖审问他：“你到底为何背叛于我呢？”郑赐回答：“我不过是对皇上竭尽臣职罢了。”成祖闻言大喜，遂任命他为刑部尚书。这样一来，原先朱允炆的故吏就渐渐归附，一心一意帮助成祖治理大明江山了。
为了尽快改变成祖即位初滥杀故臣所造成的恐怖紧张局面，在处理了建文旧臣后，成祖多次叮嘱司法机关各大臣，办理案件一定要依法办事，宁缓勿急。有一次，刑部送上判处死刑的300多人名单，请他审批。他看后说：“给这300多人所定的罪，恐怕未必个个都确实，你们再仔细地复审一遍，一定不能叫任何一个蒙冤受屈。”刑部按照成祖的旨令重新复审后，果然发现错案，有20多人无罪获得释放。
成祖是以藩王起兵“靖难”而夺取皇权的，他自然深知藩王拥兵过重对中央皇权所造成的威胁。他当了皇帝之后，为掩人耳目，稳定当时的局势，曾一度恢复了周、齐、代、岷四位亲王的封蕃。但几个月之后，他就寻找罪名，首先削夺了代王和岷王的护卫军队。接着他又将齐王废为庶人。永乐十年（公元1412年），辽王的护卫军队被削除；拥有护卫军队最多的宁王，也早于永乐二年被改封南昌。永乐十八年，周王被指控企图谋反。成祖召他入京，把揭发他的纸状拿给他看。周王慌忙跪下请罪，并主动献出了自己的护卫兵。
这样经过几年的努力，威胁最大的几位塞王的护卫军全部都被解除了，如此进一步加强了中央集权的封建统治。
削藩之后，继之而来的问题是如何加强北方的军事力量，以防外寇入侵。成祖经过深思熟虑，决定迁都北平。北平是成祖的发家之地，且距北面边防很近，又屯集有重兵。天子居中，正所谓可以居重御轻。
永乐四年，成祖在不惜杀掉反对迁都的某大臣后，下令修建北京宫殿，并重新改造北平旧城。
永乐十八年工程竣工。就在这一年，成祖宣布自明年起，以北平为京师，改南京为留都。永乐十九年春，成祖正式车驾北迁。
首都北迁后，南京为留都，并称南北两直隶。这样南京除了没有皇帝外，其他各种官僚机构以及设置和首都北京几乎完全一样。成祖任命自己的亲信驻守留都，掌管着南京的一切留守、防护事务。
其实，成祖夺位之初，即打定了要迁都的主意。永乐元年，他钦定了北平为北京，并着手组织力量修浚京杭大运河，以沟通北京与南方各地的联系。永乐九年，朱棣又命令工部尚书宋礼疏浚会通河。并沿运河建闸38座，以提高水位。至此，京杭大运河开始真正畅通。使南方的粮米和丝帛等物资通过漕运源源输往北京，北方物产也通过运河南下，大大增强了南北经济的交流，为迁都北京准备了条件。
成祖即位后，在加强皇权，创造安定团结的政治局面的同时，在经济上继续推行明太祖休养生息，移民屯田和奖励垦荒的政策，努力恢复和发展遭受战争破坏的社会生产。
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