朝廷以皇帝为首，下设三公九卿。三公是左右丞相、太尉和御史大夫。丞相是中央行政机构的最高长官，协助皇帝处理全国政务，国家大事一般由丞相总领百官进行集议和上奏。太尉是中央行政机构的军事长官，协助皇帝掌管军事，但平时没有兵权，只有接到皇帝命令和符节时才能调动或指挥军队。御史大夫是副丞相，相当于皇帝的秘书长，皇帝诏命常由御史大夫转交丞相颁布，御史大夫协助丞相治事，并有监察文武百官的职权。三公之下设有九卿，即奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史和少府，负责掌管各方面的具体政务。奉常是礼教官，掌管宗庙礼仪。郎中令是传达、警卫官，掌管皇帝的传达和安全警卫。卫尉是皇宫卫队长，掌管皇宫守卫。太仆是皇帝的仆从长官，掌管皇帝的车马。廷尉是最高司法官，掌管刑法和审理重大案件。典客是外交官，掌管外交和国内少数民族事务。宗正是维护皇室利益的官职，掌管皇室宗族事务。治粟内史是最高财政官，掌管全国租税收入和财政开支。少府是皇帝的私人财务官，掌管山海湖泊税账、宫廷手工业和皇室私财。
地方以郡、县为基本行政单位，下分乡、亭、里、什伍。郡设郡守，作为一郡最高行政长官，直接受朝廷管辖。郡守之下有郡尉辅佐郡守，并兼管郡中军务；又有监御史，负责监察。郡内分为若干县，万户以上设县令，不满万户设县长，主管全县政务，受郡守管辖。县令、县长下有县尉管县中军务，有县丞助理令长并兼管司法。县内分为若干乡，乡有啬夫主管乡务，三老主管教化，游徼主管治安。交通要道往往设亭，负责邮传和追捕盗贼。里是民间居住区，有里正。居民的基层组织是什和伍。十家为什，有什长；五家为伍，有伍长。什伍互相监督，有罪连坐。
秦始皇设置的这套行政制度，起到了层层控制，权力向上集中的作用，从朝廷到地方，从郡县到乡里，构成了一张庞大的统治网，使分散的地方权逐层向上集中，最后集中到朝廷，再通过朝廷集中于皇帝手中。这套行政制度，对国家统一、中央集权和君主专制都起到了重大作用。
当然，这一套制度的维持，还有相应的物质基础和措施。首先是迁徙豪富，把天下豪富12万户迁到咸阳，使六国贵族失去反抗的社会基础和物质基础，便于帝国的监视和控制；其次是没收兵器，把民间兵器全部没收，集中到咸阳销毁，铸成了钟座和十二金人，从而剥夺了反抗的武器；第三是毁坏城防，秦始皇下令一律拆毁六国首都城郭和边城、关塞。破坏了分裂帝国的割据凭藉；第四是修筑驰道，以咸阳为中心，一条东通今河北、山东的海边，一条南通今两湖、江苏等地，一条北通今内蒙（又曰直道）。驰道宽50步，路基夯实，两旁每隔三丈种青松一棵。三条主要驰道外，通岭南有“灵渠”和“新道”，通西南山险地区则修了“五尺道”。这一条交通网，大大便利了帝国中央对广大领土的控制。
统一之初，各地沿用旧制，诸项法规制度处于极端混乱状态。对此，秦始皇也采取了相应的措施，颁布执行各项统一的法规。首先是颁行统一法律。商鞅变法时，采用魏国李悝所著的《法经》作为秦国法律的蓝本。“法”为“律”，并增加“什伍连坐”和参夷等内容。秦始皇统一六国后，把秦律颁布全国执行，结束了战国时代各国法律条文不一致的状况。秦律具有苛刻严明的特征，对于“治吏”尤为重视，大量律条是针对官吏犯罪制定，官吏犯过，刑罚必加，绝无宽恕余地，所以秦代吏治清明，官吏不敢贪污受贿，也不敢玩忽职守，理事效率极高。
除法律之外，秦始皇还采取了许多统一措施，诸如统一度量衡、货币，简化和统一汉字等，史称“车同轨，书同文”。这些，都对统一帝国的巩固和发展起了巨大作用。
在国家疆域方面，秦始皇于统一后派大将蒙恬北攻匈奴，解除了匈奴对秦朝北境的威胁。接着便在那里设置34县，移民开垦，并大规模修筑长城作为帝国的北疆。长城西起陇西临洮（今甘肃岷县），东至辽东碣石（今大同江附近），延绵万里，成为举世闻名的奇迹。对“南越”居住的岭南广大地区，秦始皇也进行了征服和统一。五岭山高水险，交通不便，为了解决军粮运输，秦始皇在今广西兴安县北开凿了灵渠（又名兴安运河），灵渠沟通湘、漓二水，使长江和珠江两大水系连接起来。另外，又修筑了一条“新道”。大大方便了内地与岭南的交通运输。统一岭南后，秦始皇设置南海、桂林、象郡，作为帝国南部边郡，并徙民戍守，与越杂居。北筑长城和南戍五岭两项大功告成，就大体上划定了秦朝东到辽东，西至陇西，北至阴山，南至南海中国历史上的空前辽阔的帝国疆域。
四、横征暴敛焚书坑儒
成为“皇帝”的秦始皇踌躇满志，不可一世，严刑峻法，横征暴敛，无所不用其极。
秦始皇在兼并六国时，每灭一国，就命人把该国宫殿绘制图样，在咸阳仿造。统一后，他曾打算扩建苑囿，西起雍、陈仓（今陕西凤翔、宝鸡一带），东至函谷关（今河南灵宝东北），面积广阔，东西千里，秦始皇身边的侏儒优旃爱开玩笑，他说：“好极了！这么大的苑囿，多放凶禽猛兽，有强盗从东方进犯，让麋鹿出动就把他们顶跑了。”秦始皇听后大笑，这才作罢。他虽然没有扩建这一苑囿，却到处建造离宫别馆，仅首都咸阳四周200里内就有宫殿270座，关中有行宫300座，关外400多座。
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