鼓励垦荒是康熙采取的又一项重要措施。明末农民战争期间，许多藩王的土地被农民耕种了。康熙承认了这一既成事实，下令各地督抚正式将这些土地给予原来耕种的农民，并禁止作价转让部分土地。这些被称为更名田的土地，约计有16.6万多顷，而且多是肥沃的良田，一经承认属于农民，即大大激发了农民的生产积极性。康熙十二年，为了鼓励在更大范围内垦荒，康熙宣布：各省今后开垦的土地，耕种10年后再交税。同时用授与官职的办法鼓励地主招民垦荒。规定开荒20顷以上，又通晓文义者，授予县丞，不通文义者，授予百总；开荒100顷以上，通晓文义者，授予知县，不通者，授予守备。这些措施对地主和贫苦农民都很有吸引力，于是河南、山东、直隶的老百姓纷纷前往东北垦荒，湖广人民也踊跃去四川垦荒。垦荒农民的汗水不久便换来了丰硕的成果。到康熙三十年左右，清王朝田亩达到了明王朝的高峰，比清初更翻了近一倍。到了康熙五十一年，边远省份的荒地大多已经变成良田。无怪康熙颇为自负地说：“云南、贵州、广西、四川等省，人民渐增，开垦无遗……”此时，除了无法耕种的不毛之地，可以称得上是“四海无闲田”了。
蠲免地丁钱粮，是康熙为了恢复生产采取的又一项重要措施。统一台湾后，康熙认为，国家已经安定，要使百姓安居乐业生活富裕，蠲免钱粮势在必行。康熙二十六年，康熙下令免去江宁等七府及陕西全省600多万两钱粮，后来又先后蠲免过各省的钱粮。随着农业生产的发展，国库充裕了，蠲免钱粮的数额也随之增多。康熙四十一年，因云、贵、川、粤四省没有经常得到蠲免，康熙下令宽免四省43年钱粮。以后康熙常下令全国各省轮免。据统计，自康熙元年到康熙四十四年，蠲免钱粮的总额达9000多万两白银。尽管得到蠲免政策实惠最多的是钱多地广的富户，贫苦农民相比之下获利甚微，但是不能否认。蠲免在一定程度上减轻了农民的负担。这种与民休息的政策，对于全面恢复和发展农业生产起到了积极作用。
清初的赋役制度沿袭明制，随着农业生产的发展和人口的增多，已经不能适应实际情况。康熙先是下令修改赋役制度，于康熙二十六年完成了《简明赋役全。到了康熙五十一年（公元1712年），康熙又对赋役制度进行了重大改革，以清除旧赋役制度的弊端。康熙宣布：以康熙五十年的全国丁银数为标准，以后永不增减，此后到达成丁年龄的人一律不再承担丁银。这项被称作“滋生人丁，永不加赋”的措施成了清代地丁制度的基础。后来，康熙又在广东试行了“摊丁入亩”的征税方法，即把全省丁税统统归入田赋，实行征收田赋带征丁银的方法。这样就在一定程度上改变了赋役不均的现象，使无地的逃亡农民免于丁银之苦，重新回到土地上来，也使负担向土地占有多者转移了一些。
治河和漕运都是康熙十分重视的大事，而漕运的恢复又在于治河的成功，因此康熙在兴修水利上倾注了许多心血。康熙执政期间治理的河流主要是黄河、淮河和运河。由于频繁的战争，寅河长年失修，形成了严重的水患。在康熙即位后的最初16年中，黄河竟决口67次。当时黄河下游的部分河道与淮河、运河汇合，黄淮泛滥后，洪水便倒灌运河，切断南北漕运。为了根治黄河，变水害为水利，康熙任命水利专家靳辅为河道总督，另一位专家陈潢做他的助手，开始了大规模的治河工程。当时正是三藩之战进行得非常激烈的时候，足见康熙对治河是十分重视的。靳辅采用了明代潘季训“以堤束水、借水攻沙”的方法，又用开中河、修堤坡等方法作辅助，一年之后，饱受水患之苦的7个州县的土地便能够重新耕种了。又经过十几年的努力，水归故道，漕运无阻。对治河取得的巨大成绩，康熙曾在第一次南巡时，赐诗给靳辅加以嘉奖。康熙的六次南巡都以巡视治河工程为重点，对治河是很大的推动。他对治河的具体措施认真研究，提出了一些很有见地的意见。第三次南巡时，他沿途亲自用水平仪进行测量，发现黄河河床高于两岸田地，指出这是产生灾害的根源，要根治水患，必须深挖河道。他提出用木制的立体治河模型代替平面图纸，以便制定更切合实际的治河方案。他乘坐小舟，不避风浪，亲自察看水情。康熙还亲自主持了浑河的修治工程。浑河素有“小黄河”之称，经常改道，危害沿岸百姓的生命安全，有时还直接威胁京城。康熙曾经十三次巡视浑河，经过试验确定了治河方案。在康熙的督促下，浑河治理工程于康熙四十年竣工，浑河遂改名为永定河。治理后的浑河堤岸坚固，两岸是百姓新盖的房屋和茂盛的庄稼，出现了一派繁荣景象。对治河这件关系国计民生的大事，康熙抓得很有成效。他的名字，不仅作为治河的组织倡导者，而且作为一个颇有建树的水利专家被载入史册。
康熙采取的一系列措施促进了农业生产的恢复和发展。到康熙末年，耕地面积和人口都有了大幅度的增长。国库收入十分充裕，年年有余。国库存粮达到几千万石，京城的国库爆满，只得将漕粮截储在运河沿岸的苏杭等地。国库中有些粮食存放时间过长，竟然变质，只好用来作肥料。
有感于明代奢侈败国的历史教训，康熙很注意节俭。南巡路过南京，他曾做《过金陵论》表达自己的这种心情。康熙初年，宫中所有人员合计才800余人，这与明宫廷仅宫女动辄几千，太监动辄几万相比确实是大大减少了。因此宫廷的费用与明代相比也大大节省了。明代仅光禄寺每年用银即达100万两，康熙时只用10万两；明代工部每年宫廷修造用银最少约200万两，而康熙时只用二三十万两；明代的宫中建筑都要用楠木料、临清砖；而康熙时除特殊需要宫中一概用普通砖瓦。据康熙自己说，他的所有行宫都不进行特别装饰，每处花费不过一二万金，只占每年治河费用的1％。康熙还说，明代一日之费，可抵今一年之用。这话显然有些夸张，但也能说明康熙反对奢侈、提倡节省的效果是很显著的。
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