乾隆二十年，乾隆帝派兵平定准噶尔部的叛乱。康熙帝和雍正帝对准部多次用兵，但未根本解决问题。准部时服时叛，成为清廷一块很大的心病。在厄鲁特蒙古内附后，乾隆帝感到形势有利，遂命班第为定北将军，以归附的阿睦尔撒纳为定边左副将军，分两路向准噶尔部进攻。准噶尔军纷纷投降，接应清军。清军兵不血刃进入伊犁。叛乱头目达瓦齐见势不妙，率数十人往南疆逃窜。南疆维吾尔族各部纷纷响应清军，摆脱准噶尔的统治。达瓦齐逃到乌什，被维吾尔人民擒获，押送清营，继而被解送北京。乾隆帝痛斥了达瓦齐叛国的罪行，但为了照顾民族关系，赦免了他的罪过，还封他为亲王，让他住在北京，给予很好的待遇。
乾隆帝在平定了达瓦齐的割据势力后，为了削弱准噶尔部的割据势力，把厄鲁特四部封为四汗，使各管所属。但是，阿睦尔撒纳自恃平叛有功，一心想当四部的总汗。乾隆未答应他的这种要求，但给了他特殊的荣宠，晋封他为双亲王，食双俸。他仍不满足，制造分裂的野心恶性膨胀起来。他不穿清朝官服，不挂清朝官印，行文各部“以总汗自处”，积极准备叛乱。乾隆二十年九月，乾隆帝命他到避暑山庄入觐，想调虎离山，消患于未然。阿睦尔撒纳看出了清廷的用意，在半路上逃回，公开打出了叛乱的旗帜。
叛乱迅速扩大，驻守伊犁的班第兵败被杀。乾隆二十二年，乾隆帝命衮札布为定边将军，出北路；命兆惠为伊犁将军，出西路。清军长驱直入，锐不可挡。阿睦尔撒纳仓皇逃入俄国。后来，他因患天花病死，俄国把他的尸体送给清廷。
南疆接着又发生了大小和卓木的叛乱。大小和卓木就是霍集占兄弟。他们是南疆的宗教首领，在维吾尔族中有很强的号召力。叛乱爆发后，迅速蔓延，乾隆帝派往南疆的使臣也被杀害。兆惠刚平定了天山北路，乾隆帝又命他立即率军赴南疆平叛。兆惠率领的清军仅3000人，被霍集占率领的1万多叛军围困在黑水。包围历时3个月，叛军始终未能攻破。乾隆帝命驻守乌鲁木齐的将军富德赴南疆增援。霍集占在清军的内外夹攻下迅速土崩瓦解，霍集占兄弟被当地部族所杀，这场叛乱最后被平息。
乾隆帝鉴于准噶尔部屡次发生叛乱，便于乾隆二十七年在惠远城设伊犁将军，总辖新疆南北两路事务，从而加强了中央政府对新疆的统治。
乾隆年间，清廷与周边国家也时有战事发生。乾隆帝在平定了大小金川的叛乱后，又命阿桂赴云南，与云贵总督李侍尧勘定中缅边界。因叛乱者有不少人逃往缅甸，乾隆帝命他们整修战备，向缅甸索要叛人。缅王孟驳闻讯十分恐慌，马上遣使奉表入贡，表示愿意献还俘虏，只请求开关互市。乾隆帝答应了缅甸的要求，但缅人只将叛人放回了一半。乾隆帝遣使切责，缅甸新王孟云慑于中国的军威，便遣使奉金塔一座，驯象8只和宝石、番毡等物求贡，并将叛人全部送回。乾隆帝十分高兴，乃颁诏封孟云为缅甸国王，并谕暹罗，不可与缅甸继续构兵。从此以后，缅甸和暹罗二国都臣服清朝，不敢轻易发动战争。
乾隆二十六年（公元1791年）八月，廓尔喀侵略军进犯西藏，深入到日喀则，占领了札什伦布寺，将六世班禅遗留的金银财物、法器珍宝抢劫一空，并到处烧杀抢掠，使西藏僧俗人民遭受了极大的灾难。乾隆帝闻讯后，即派福康安为将军，海兰察为参赞，调兵入藏，迎击入侵的敌军。清军所到之处，受到西藏人民的支持和欢迎，达赖喇嘛还亲自带领僧俗人等协助作战。清军很快将廓尔喀侵略军逐出西藏，并越过喜马拉雅山，到达距加德满都仅20英里的纳瓦科特。廓尔喀统治者遣使求和，表示今后永不侵犯西藏，并归还掠夺的金银宝物。福康安奏请乾隆帝谕示，乾隆帝接受了廓尔喀的停战条件，命福康安撤兵返回西藏。
乾隆帝感到西藏地方政府太腐朽，无力阻止外来侵略，行政体制也存在着不少弊端，遂命福康安与达赖、班禅共定西藏善后章程，这就是著名的《钦定西藏章程》。它成了中央政府为西藏地方政府制定的最高法律。乾隆还提高了驻藏大臣的权力，对防止西藏农奴主贵族搞分裂割据有重要意义。又密切了中原与西藏人民的关系，加强了清朝中央政府对西藏地区的管辖。乾隆皇帝为迅速击退廓尔喀的侵犯，为西藏问题的妥善解决感到十分高兴，特晋封福康安为武英殿大学士，封为贝子。
乾隆帝对自己的武功很得意，亲自撰写了《十全武功记》。乾隆五十七年十月，他命人建造碑亭，以满、汉、蒙、藏4种文字铭刻碑上，以昭示他的武功。所谓“十全”，是指两平准噶尔、定回部、两定大小金川，靖台湾，服缅甸、安南，两服廓尔喀，合计为十。他自诩为“十全老人”，并镌刻了“十全老人之宝”。他凭藉清初发展起来的国力，东征西讨，使清朝的国势在乾隆年间达到极盛时期。
乾隆在注意巩固边疆与周边国家关系时，对这时已来到东方，进而叩响中国大门的西方殖民主义者也给以了足够警惕。
清朝在康熙帝统一台湾后，开四口与外国通商，中外贸易一时呈现出兴盛状态。乾隆初年，英国商人来华贸易的越来越多，他们与中国的行商相勾结，经常干一些违犯中国法律的事。乾隆二十二年十一月十日，因英商洪任辉“屡次抗违禁令”，乾隆帝传谕外国商人，以后只准在广州一口通商，禁止外商再往厦门、泉州、宁波三地贸易。两年后，乾隆帝命臣下制定了《防范外夷规条》，史称“防夷五事”。其大体内容是：禁止外商在广州过冬；外商必须接受中国行商管束稽查；禁止外商雇用役使中国人；外商不得雇人传递信息；外商不得在广州自由出入等。同时，在广州设立保商制度，保商都由官府派遣，凡外来人员、船只、货物和纳税等事，都由保商担保。还规定，金银、五谷、丝斤等物一律不得出洋。后世人们所常说的清代的“闭关政策”，主要就是指乾隆帝所颁行的这些法令和措施。
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