成吉思汗到蒙哥汗，无论哪位大汗都不可能对任何一个被征服地区的文化低头，把自己的认为是除蒙古之外的其他“正统”。忽必烈的这种改变，至少在精神上，是对祖先的某种背叛。
而在即位诏书中，忽必烈为这种“背叛”说明了充分的理由：
“朕惟祖宗肇造区宇，奄有四方，武功迭兴，文治多缺，五十余年于此矣。盖时有先后，事有缓急，天下大业，非一圣一朝所能兼备也。先皇帝即位之初，风飞雷厉，将大有为。忧国爱民之心虽切于己，尊贤使能之道未得其人。方董夔门之师，遽遗鼎湖之泣。岂期遗恨，竟勿克终。
肆予冲人，渡江之后，盖将深入焉，乃闻国中重以佥军之扰，黎民惊骇，若不能一朝居者。予为此惧，驿骑驰归。目前之急虽纾，境外之兵未戢。乃会群议，以集良规。不意宗盟，辄先推戴。左右万里，名王巨臣，不召而来者有之，不谋而同者皆是，咸谓国家之大统不可久旷，神人之重寄不可暂虚。求之今日，太祖嫡孙之中，先皇母弟之列，以贤以长，止予一人。虽在征伐之间，每存仁爱之念，博施济众，实可为天下主。天骣道助顺，人谟与能。祖训传国大典，于是乎在，孰敢不从。朕峻辞固让，至于再三，祈恳益坚，誓以死请。于是俯徇舆情，勉登大宝。自惟寡昧，属时多艰，若涉渊冰，罔知攸济。爰当临御之始，宜新弘远之规。祖述变通，正在今日。务施实德，不尚虚文。虽承平未易遽臻，而饥渴所当先务。呜呼！历数攸归，钦应上天之命；勋亲斯托，敢忘烈祖之规？建极体元，与民更始。朕所不逮，更赖我远近宗族、中外文武，同心协力，献可替否之助也。诞告多方，体予至意！”
说先祖们“武功迭兴，文治多缺”，“尊贤使能之道未得其人”，那么自己要“祖述变通”自然是“正在今日”了。
制度上的变更，首先就在于统治机器的改变。忽必烈登基后，对于国家的管理已经与蒙古帝国时代大不相同。
成吉思汗建立蒙古帝国后所确立的制度，可说集权与分封并行。首先颁布了《札撒》，以之作为国家一切生活的准则、制度和法令。《札撒》中包括选举、外交、诉讼、刑事犯罪、商业、赋税、义务、财产继承等方面的条文。
在地方设置方面，成吉思汗设立了“千户制”。建国初期设有九十五千户，千户之上是万户，智将木华黎为左翼万户，统辖地直到大兴安岭以东；封幼年时便跟随自己的好友博尔术为右翼万户，统辖地至畏兀儿阿尔泰山西麓。各千户长要由功臣来担任此职，千户之下又分为百户、十户。万户、千户、百户、十户的大小规模不尽相同。比如千户：有的可达四、五千户，有的则不足一千户。千户的组成也各不相同：一些是由同族结合而成的；一些是重新收集分散在各部的同族组成的；还有一些是由不同部族组成的；此外，成吉思汗还将他的母亲、兄弟、亲属们分配为不等的万户、千户。
而在扩张之后，蒙古帝国实行分封殖民。成吉思汗的子孙们在所占领的土地上建立隶属于大汗汗廷的汗国，各个汗国的汗王享有相当的自治权。但各汗国的封地仍由大汗委以长官统管，诸子在其封地上只享有一定数量的赋入。其行政权、军事权很大程度还属于中央直辖。这种直辖则依靠“达鲁花赤”也就是“断事官”的设置。
蒙古帝国建国初期的大断事官是成吉思汗母亲的养子失吉忽秃忽，职责主要是两项：一是掌管民户的分配，一是掌握司法之权，它是蒙古国的最高行政官，相当于汉族官制的丞相。而诸王、贵戚、功臣封地内，也各置断事官管治其百姓，这些断事官是直接向中央汗廷负责的。
至于汗位的传承，如前文所说，蒙古帝国并没有立储制度，而是用“库里台大会”有贵族们选举产生。
而忽必烈登基后，对于这些制度进行了完全的改革，基本上如郝经在《立政议》中所说：“以国朝之成法，援唐宋之故典，参辽金之遗制，设官分职，立政安民，成一代王法。”
在中央，设置行政、军事、监察机构, 即中书省、枢密院、御史台, 实行“三权分立”; 在地方上设立行书省, 简称行省或省, 置丞相一人, 掌管全省军政要务。
中书省是全国最高行政机关，总理全国行政事务。建元“中统”的第一年(1260 年) ,“夏四月戊戌朔,立中书省,以王文统为平章政事,张文谦为左丞。” 中书省长官由皇太子真金担任,未立皇太子时暂缺。实际长官是右丞相、左丞相，有时也叫平章政事代丞相之职。中书省管理六部:吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，各部均设置尚书。
在地方上，设行中书省,简称“行省”。全国除“腹里”直属中书省和西藏地区由宣政院直接管辖外,共建十个行省:岭北行省、辽阳行省、河南江北行省、陕西行省、甘肃行省、四川行省、云南行省、浙江行省、江西行省、湖广行省。“腹里”管辖山东、山西、河北及内蒙之大部或部分之地由中书省直接管理。行省建置是元代的创举，明代虽改行省为布政使司，但习惯上仍称之为行省。今日之省,是由元代行省演变而来。而西藏等“特区”，则设置宣政院管理。
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