连续两次大败，损失十余万大军，而日本却连皮毛都没有伤到。这个时候的忽必烈恐怕已经气得七窍生烟了吧。他自然极不甘心，至元二十年（1283年），命阿塔海为日本省丞相，与彻里帖木儿右丞、刘二拔都儿左丞募兵造舟，准备三征日本。御史中丞崔彧、淮西宣慰使昂吉儿上疏言劳民太甚，请求暂缓，再加上江南出现动乱，第三次征日遂作罢。
日后，与安南的战争又开始激烈，忽必烈不得不下诏：“日本未尝相侵，今交趾犯边，宜置日本，专事交趾。”对于日本的军事行动终于彻底停止。到了元成宗继位，江浙省平章政事也速答儿请求再次用兵日本，安于守成的元成宗认为“今非其时”，没有听从。
战争是没有了，但有元一代，两国之间一直没有出现官方交往，“中日邦交”一直到明朝建立方才恢复。
两次征讨日本虽然归于失败，但忽必烈此举对历史的影响却既深且远。
其一，百年倭乱。
因为战争，两国的官方往来断绝，元朝虽然大力鼓励海外贸易，但就是不许和日本做生意。而日本的金属等物资非常依赖大陆，从此走私贸易频繁起来。而既然走私是被元朝严禁的，日本走私商们为了避免被逮捕，便招募大量武装护从。商人一旦有了武装，便不再安心于辛辛苦苦贸易致富，而是经常地搞些抢劫之类的没本钱买卖，一些日本的大名（诸侯）也派遣私家船队参与，“倭寇”从此产生。从元朝中期到明朝中期，倭寇肆虐于中国沿海。直到明朝嘉靖末期，随着军事上的失利以及日本国内局势逐渐稳定，倭寇才逐渐销声匿迹。
其二，日本不再安分守己。
从白江口海战之后，日本知道自身实力不行，便十分老实，没有什么对外扩张的野心。“文永”、“弘安”之役后，因为两场台风总是那么恰到好处的来临，从此便认定这是“神风”，日本有天神庇佑，永远不会沦亡，开始自高自大，乃至于在明治维新之后产生疯狂的对外扩张思想，最终差点把日本送进万劫不复。
其三，镰仓幕府的倒台。
虽然自卫反击战胜利了，但为了打仗和修筑防御工事，镰仓幕府几乎把府库都掏空了，各地诸侯为了抵抗元军也付出了很大代价，还需要幕府赏赐。于是，镰仓幕府只好放任诸侯们大量侵占公地。这样一来，原本牢固的幕府经济体系之外出现了大量不为幕府管辖的土地和庄园，诸侯们对于幕府的经济依附减弱，幕府想要控制全国已经越来越困难。经济上出了问题，很快政治结构上也出了问题，众多武士因为战争而破产，而很多“百姓名主”，也就是占有很多田产的地主倒有相当数量因为发战争财而成为武士。这些人不但经济上和幕府没有联系，在人身上也和幕府没有主从关系，成为凭空而来的“第三势力”。他们有钱有武装，又不服幕府管束，日本的大乱便难以遏制。终于，在两次战役结束五十二年后，镰仓幕府灭亡。
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说起元朝与日本的战争，人们总该津津乐道“神风”，也都和日本人一样喜欢将之归结于天意。其实，要不是当时的日本武士为了保家卫国浴血奋战，台风恐怕也发挥不了什么作用。如果日军和宋军一般一触即溃，在“文永之役”时，恐怕就要被元军长驱直入了，那时候“神风”即使再厉害，又能帮得了日本什么呢？
忽必烈时期元朝进行的另一次跨海远征更能说明问题，那便是征爪哇之战。爪哇国是南海强国，此时是杜马班王朝统治时期。原本与元朝关系很好，在第二次征讨日本的至元十八年，爪哇王还派使者进献金佛塔。可是，忽必烈对于属国一般要求国王亲自朝见并派继承人为人质，这样的要求终为爪哇所不能接受。至元二十六年，元朝使臣孟琪在出使爪哇时再次提出朝见、人质等要求，因态度倨傲，爪哇王葛达那加剌将他黥面放回。
黥面对个人来说是极为侮辱的刑罚，加刑于使臣，则是对国家的侮辱。忽必烈大怒，于至元二十九年(1292年)二月，任命史弼为统帅，亦黑迷失、高兴为副帅，率兵二万，战船千艘进攻爪哇。
元军到达的很不是时候，此时原本被爪哇降服的葛郎国（谏义里）王室后裔哈只葛当起兵攻陷爪哇首都杜马班，杀葛达那加剌。葛达那加剌的女婿土罕必闍耶正在积聚力量准备反攻。听闻元军到来，土罕必闍耶向元军投降，并要求元军帮助自己攻打葛郎军队。史弼轻信其言，率军进攻哈只葛当，葛郎军遂大败，哈只葛当投降。
然而，土罕必闍耶并不甘心做元军傀儡，在谎称回城取正式降表脱身后，立即召集旧部夹攻元军。元军损失惨重，边打边退，以损失三千人为代价才登船撤走。元军虽然带回价值五十余万锭的珠宝香料作为战利品，但仍是得不偿失。
爪哇比之日本更为弱小落后，其地“千岛万岛南海南，谓远无虞险可守” 并未如日本一般有过战争准备，更没有“神风”相助，但仍然击败了元军，土罕必闍耶一战而奠定霸业，后来建立了统治伊里安岛、马来半岛达一百八十多年的麻喏巴歇王朝。
在那个蒙古铁蹄席卷一切的年代，一些小国实在要比某些大国更有血性，更值得后代为之骄傲，如高丽，如日本，如爪哇，还有下一篇的安南。
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