5月9日滇军退驻简阳，川军完全撤出城外，戴戡正式就任代理督军，城内警察恢复站岗，黔军清除成都城内的军事设施，市民情绪才趋于安定。
张勋复辟，戴戡在四川响应梁启超，通电讨逆。
而刘存厚在段祺瑞的示意下暂不表态，张勋复辟后曾任命刘存厚为四川巡抚，戴戡以为抓住把柄，于是联合罗佩金一起讨伐刘存厚，四川战祸又起。
戴戡算盘打得很好，以滇军顾品珍、赵又新两师夹攻成都城外的川军第二师主力，自己则率黔军扫荡城内2营川军。不料战事一起，滇军却坐壁旁观，黔军反被刘存厚反击，只得退入皇城死守。
原来罗佩金深恨戴戡，故意引其落入圈套。
戴戡被围困皇城，情势危急，只能向远在北京的老师发报，请求调停。
梁启超连夜进总统府来找林铄。
林铄其时已经接到四川方面的电报，犹恨戴戡无故挑起内战：“戴戡不是本事很大么？也不掂量一下自己的斤两，又用蒋百里这样的书生作军事参谋，分明是自寻死路。”
梁启超说道：“无论怎样你得救他，松坡已经故去，我就这么一个得意的弟子了。”
林铄叹了口气，因为他还有用着老梁的地方，于是说道：“戴戡这回再想呆在成都我也没有办法，四川人都红了眼，想救他只能把他调出四川。”
梁启超无可奈何，只得同意，发电报让戴戡遵守中央的命令。
林铄向四川发去命令，鉴于四川局面混乱，免去戴戡督军、省长职务，调任北京，所部熊其勋旅同时调往汉中，由刘存厚暂署省长一职。
同时电告刘存厚，戴戡及熊旅在调防途中如果再受到攻击，将拿他是问，到时中央军将进军四川，调查严处肇事者。
刘存厚接到电报，虽然恨不能宰了戴戡，但还是遵照命令，放戴戡和熊其勋出了成都，不过却一直派兵监视其进入陕西，省得他万一调头南下与罗佩金会合。
刘存厚得到成都，即联合刘成勋再加上收容的第四师残兵，一起反攻滇军。因滇军内部不稳，造成全线溃败，刘存厚趁势掩杀，收复眉山、叙府等地。滇军连吃败仗，罗佩金只得将兵权交到顾品珍手上，沮丧地返回云南。
自重九起义以来，唐继尧第一次吃到败仗，这对于刚刚就任广州军政府陆军元帅的他来说，不谛是当面挨了一个耳光。
唐继尧组织“靖国滇黔联军”打起护法旗号，浩浩荡荡开进四川。另外黔军王文华部也开赴川黔边境，逼近重庆。
刘存厚与川军第三师师长钟体道一起一面抵挡滇军，一面向中央求援。
林铄接到刘存厚的电报立即下令李汉铭师由鄂西、罗炳南师从陕南、简从周部一个混成旅由宜昌、李云龙师于常德兼程入川。四川的地理位置就很容易形成军阀割据的局面，若不趁着这帮小军阀们还没成气候的时候入川，后面处理起来更为棘手。
益州之地，沃野千里，最主要这里有四千多万人口，能够提供足够的兵源。
此时滇军第一军顾品珍部已经抵达简阳、资中，第二军赵又新部在自贡，第四军黄毓成部和第八军叶荃部占领了泸州。
川军第二师和第三师一左一右夹攻顾品珍部，双方展开激战，由于川军愤慨滇军祸川，兼之有保卫家园之责，人人奋勇。顾品珍被川军打个措手不及，连忙退往自贡、富顺，与滇军第二军会合。
其后，双方你来我往，形成拉锯局面。
1917年11月，共和军简从周部由宜昌首先抵达重庆，其后张廷辅师由万州入川，林铄下令双方停战，由陆军部次长蒋作宾整理四川军务。
12月初，蒋作宾由湖南赶到成都，与刘存厚及滇军将领商议决定将驻川的各省军队改编为中央军，川军合编为三个师，滇军编成两个师。
实际上由于粮饷供应困难，大部分小军阀倒是很希望自己的部队改编为“中央军”，这样最起码粮饷总会有了保证，由于北洋军的不信任，加之任意裁撤和遣散南方军队，这才引出一波又一波的武力对抗。
唐继尧见势不妙，命令滇军收缩川南，拒不执行中央的改编计划。
唐继尧此举令顾品珍、赵又新、叶荃等人的不满，也为今后顾品珍等人起兵驱唐埋下了种子，这是后话，暂且不提。
四川稍靖，林铄命吴佩孚率第三师入洛阳，整理河南军务。
武昌方面，湖北督军王占元因克扣军饷引起兵变，驻防汉阳的李汉俊部进武昌维持秩序，王占元在李汉骏所部的逼迫下，在收到林铄的100万元安抚款后主动交出军权，辞去鄂督一职。湖北即归于共和军控制之下。
1918年5月，中华复兴党军事委员会和共和国国防委员会发布共和军重新整合后的编制及人员任命：
共和军陆海军大元帅兼国防委员会委员长：林铄
总参谋长：林镕，总军令部长：李秀山，总装备部长：刘庆恩，总后勤部长：黎承恩，总作训部长：梁文烈。
共和军整编为十二个集团军三十六个步兵师和六个骑兵师。
至此，除奉天、两广和云贵尚不服从中央统一军令，其余各省及特别区军政大权又重归于中央领导之下。
林铄暂时停止了国内的军事行动，因为整个俄国已经乱成了一团。
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