袁崇焕已经明确跟崇祯保证五年复辽，如果他要跟后金议和的话，也必然会偷偷摸摸的，就袁崇焕杀毛文龙后崇祯对袁崇焕的批示看，崇祯压根儿不知道袁崇焕在跟后金议和。而通过毛文龙写给崇祯的这封奏折，可以判明两点：一，崇祯因此奏折而知道袁崇焕在跟后金议和。二，毛文龙知道袁崇焕在跟后金议和。这显然跟前面崇祯不知道袁崇焕在跟后金议和的推论矛盾。由此，《崇祯长编》的说法不合逻辑。
除《崇祯长编》外，当时在中国的意大利传教士卫匡国在《鞑靼战纪》中也持此说。他说：“袁崇焕是个机智、善于耍手腕的人，长于谈吐和文笔；他以自己的军事经验，用巧妙的言辞打动了皇帝和所有的阁臣，他们对他深信不疑。这个狡猾的人自私、爱财，不顾公务，不忠于君王，如果不是他，他们的希望还不致破灭。他接受了鞑靼人大量的金钱，并邀请鞑靼人最畏惧、勇敢忠贞的将官毛文龙赴宴，在席上把这位大将毒死了。接着他与鞑靼人缔结城下之盟，献出了一切。当皇帝审视盟约时，很快发现握有全权的统帅出卖了他，因而拒绝批准或承认这些和约。在这个紧急关头，袁应该怎样做呢？他为了逼使皇帝接受条款，于1630年劝导鞑靼人从不在他辖区内的另一个地方侵入中国，并同意不用他的军队阻止他们进军。”关于《鞑靼战纪》的说法，后面我们在写到1630年时会详述此种说法为何不靠谱，在此按下不表。
第二种说法，袁崇焕秘密勾结后金，要跟后金议和，皇太极说议和没问题，我们的心腹之患是毛文龙，只要你杀了毛文龙，我们就可以讲和。这种说法见于下列记载：
先是降将李永芳，献策于大清主曰：兵入中国，恐文龙截后，须通书崇焕，使杀文龙，佯许还辽。大清主从之。崇焕答书密允，复以告病回籍，乃寝。至是，再任，思杀文龙，则辽可得。（计六奇《明季北略·卷四》）
初，天启间，崇焕抚辽东，遣喇嘛僧馏南木座往建州主款，会罢归，未就。至是再出，无以塞五年平辽之命，乃复为讲款计。建州曰：“果尔，其以文龙头来。”崇焕信之，且恐文龙泄其款计，遂身入岛诱文龙至……以尚方剑斩之。（谷应泰《明史纪事本末补遗·毛帅东江》）
督师袁崇焕事，适当女真主（努尔哈赤）病死，崇焕差番僧喇嘛镏南木座往吊，谋以岁币议和。女直许之，乃曰：“无以为信，其函毛文龙首来。”（张岱《石匮书后集·毛文龙列传》）
一至宁远，遂为讲款计。盖自崇焕自宁远奏捷之后，即令番僧往吊东夷以讲和，以罢归未就。再出无以塞平东夷之命，遂以平东夷自诡。虑岛帅毛文龙泄其计，遂身入岛，诱文龙斩之。（夏允彝《幸存录》）
这种说法是网上反袁派认可的说法，之所以这种说法出处众多，在于袁崇焕刚杀了毛文龙后，从来都是沿着辽西走廊进攻的后金绕开辽西走廊，从河北省西北部绕道千里远征，袁崇焕总共三次阻截后金军，只有去遵化阻截那次碰上了后金军，可是实行阻截的却不是袁崇焕的主力，只是赵率教的那部人马，赵率教还全军覆没了。袁崇焕去蓟州阻截，可是后金军没从蓟州过，袁崇焕去通州阻截，可后金军也没从通州过，就这样后金军来到了北京城下。此事史称“己巳之变”，后面我们会详细说。总之这一系列事情让人不得不怀疑袁崇焕与后金因为杀毛文龙之事有密约，所以袁崇焕故意多次绕开后金军，只是在北京城下做象征性抵抗。事实上无论是后金方面还是明朝这边，都没有袁崇焕议和密信的可靠记载，这是一种根据结果来倒推过程的说法，根据毛文龙死后后金的动向来推断袁崇焕与后金在杀毛文龙上的密约。这其实是一种诛心之论，袁崇焕虽然谈不上多么卓越的军事家，但是他两次宁远大捷的确战果是货真价实的，他虽然有种种缺点，也曾随大流而拍过魏忠贤的马屁，但是起码他是爱国的，绝非为议和而杀毛文龙，如果袁崇焕真的暗中勾结后金，皇太极为何还要用反间计来除掉他呢？留着这个内应岂不更好？所以第二种说法不能成立。
第三种说法：袁崇焕觉得东江毛文龙虽然能牵制清军，但毛文龙本人没有大略，经常吃败仗，而且耗费的钱粮实在太大，此外毛文龙还在东江走私货物来挣大钱，不打仗的时候就用布匹向女真买人参，打仗的时候毛文龙也不怎么靠谱。于是就有文臣上奏主张撤销毛文龙东江镇的建制，袁崇焕则主张朝廷派人去管管毛文龙的经济问题。毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。而后毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕于是决定杀掉毛文龙。这种说法记载在《明史·袁崇焕传》里：
顾文龙所居东江，形势虽足牵制，其人本无大略，往辄败衄，而岁糜饷无算；且惟务广招商贾，贩易禁物，名济朝鲜，实阑出塞，无事则鬻参贩布为业，有事亦罕得其用。工科给事中潘士闻劾文龙糜饷杀降，尚宝卿董茂忠请撤文龙，治兵关、宁。兵部议不可，而崇焕心弗善也，尝疏请遣部臣理饷。文龙恶文臣监制，抗疏驳之，崇焕不悦。及文龙来谒，接以宾礼，文龙又不让，崇焕谋益决。
《明史》是清朝人编的，许多内容很不靠谱，比如说东江镇耗费钱粮大，纯属胡说八道，毛文龙在东江的七年里朝廷没有拨给他一分钱，他全都是自筹粮饷，如果不靠走私，东江的百万辽东人民怕是只能去跳海了。关于东江镇的情况，毛文龙在《东江疏揭塘报节抄》中有上奏：
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