在这种压力下，错误是会出现的。一个严重的错误就是忽视了海军的行政管理工作。在8年的独立战争中，一个接着一个，竟成立了多达4个管理殖民地海军的独立机构。最初是在1775年10月中旬成立了3人海军委员会。两周以后，它又增至7人；接着又于12月更名为海上委员会，成员则增至每个殖民地一人。这个机构很不灵活，而且缺乏工作效率，结果在1779年又宣布撤消，代之以一个由3人组成的海军部委员会。但成员中没有一人熟悉海军情况，而且经费很少。因此，当罗伯特·莫里斯在1781年就任殖民地的财务监督时，委员会希望他能够给予帮助。莫里斯以美国最富有的人而名重一时，他的理财天赋使他成为天然的财务总管。但他的能力不止于此。他对海军需求的了解超过了整个海军部委员会的总和。“海军部”很快承认了这一点(很可能在某种程度上松了一口气)。于是，这个委员会又于1781年9月解散。莫里斯成了海上事务主管，对舰队的组织承担完全的责任和权力。
莫里斯的能力一直受到赞扬。如果说国会在选择他之前犯了错误的话，至少它在找到合适的人选前愿意努力，直到找到合适的人选。但是，到那时，一切确实已经太迟了。在整个战争中，殖民地海军中的各类军舰不超过60艘。甚至在1777年数量最多时，也只有34艘。这支舰队一直是袖珍海军，而且到1781年时，几乎已经不再存在。在1775年冬季仓促订购的13艘快速帆船中，只有1艘，即在康涅狄格州查塔姆建造的装备有28门大炮的“特朗布尔”号继续保存下来。其余的12艘全部沉没、烧毁、被炸毁或被俘虏。除“特朗布尔”号外，唯一保存下来的只有以后订购的3艘快速帆船“联盟”号、“邦联”号和“迪恩”号以及1艘多帆单桅小船“萨拉托加”号。
“邦联”号于1781年4月投降；同月。“萨拉托加”号失踪，可能是被飓风刮沉的。8月，“特朗布尔”号投降。富有讽刺意味的是，它是向“世界上最好、最快的快速帆船”、一度曾是殖民地海军的“汉科克”号的“爱里斯”号投降的。因此，当莫里斯接任时，所谓的邦联海军只有两艘现役军舰。然而，保卫美国海上利益的远不止这两艘军舰；从1778年2月6日以来，还有和美国结盟的法国海军；自战争开始以来，还有各州的海军和私掠船。
1776年初，约翰·亚当斯曾经表示，希望各个殖民地海军(各个“州”的海军)和个人的舰只和大陆殖民地海军的舰只一样，“至少能保证航行船只免遭小艇和供应船的劫掠行为”。除此之外，各州的海军很难承担其他的任务。在数量上，它们远远超过鼎盛时期的殖民地海军，但以单个舰只而论，却远远弱于殖民地海军，而且一般只有两种非常基本的舰只。
“一种是划浆的单层甲板大帆船，另一种是火攻船”，亚当斯在那举起革命旗帜的夏天写道。他相信，这些舰只加上浮动炮台能够给敌人军舰造成恐怖。火攻船的威胁确实是很大的，而且他希望，由于划桨的单层甲板大帆船船身低且小，敌舰几乎不可能把炮火对准它们。根据他的判断，最好是在我们港口的诸岛之间由这种单层甲板大帆船同军舰进行“捉迷藏式的战斗”。他的看法部分是正确的，但正如他后来发现的，这种游击战只有很有限的作用。而且从美国的观点来看，建立各州海军所带来的两个结果都是消极的。在战争期间，他们拿走了武器、器材、人员和时间，如果这些都用于美国海军的话，情况就会好得多。更重要的是，它们促成了对纯粹的海岸防御战略的崇拜，这就会使得建立一支远洋海军没有必要。与各州海军所带来的所有好处相比，这种崇拜给美国带来了更多的麻烦，而且持续了很长的时间。
另外一种是私掠船。在战争期间，大多数海上国家以这种船只作为官方海军部队的非正式的补充。它们的价值在于其可利用性，即通过向私人的商船颁发缉捕许可证(区分私掠船与海盗船的法律依据)，殖民地政府就能够迅速获得一支有益的海上武装，作为正规军舰的补充或者取代正规军舰。通过允许私人船主俘获敌人的船只并且在市场上出售这些船只及其货物以获取个人的利益，确实使国会在它没有力量或权威征用船只时，利用了所有可能的船只。出于同样的原因，这种做法对船主和船员来说自然也是受到欢迎的。“我们不会发生任何事情，只是装配私掠船，征用并且出售它们送来的战利品。战利品如此之多，我简直无法估计。”私掠行动比在海军中服役受到更为广泛的欢迎。它获利更大，危险性较小，纪律不需要很严格，一样令人激动，而且参与的人已经具有必要的航海技术。
这种做法存在严重的缺点。允许私掠船主出售他们的战利品以获取个人的利益，使人们不愿参加正规部队，因而减少了有限的人力资源。对它们的抱怨之辞早就不绝于耳，如：“我们的人民很快登上了私掠船”，一位美国人哀叹道，“以至没有多少人能剩下来参加殖民地海军。”
“我们自己的航海活动几乎完全变成了私掠活动。”另一位美国人发表了相同的看法。甚至约翰·亚当斯也参与了这种喧哗。“你们的私掠活动取得的成功是令人鼓舞的。”他于1776年8月写信给詹姆士·沃伦时说。但他接着又说：“我们却有难言之隐，这就是缺乏懂行的人和了解海上和陆上战争的人。我们需要全心全意热爱这一行业的人，你们有这种人，把他们派来吧。”
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