在方孝孺的辅佐下，建文帝大力着手改革，史称“建文新政”。他们崇尚礼教，锐意文治;废除严刑峻法，大赦疑狱。同时又采取重农桑，兴学校，赈济灾民，蠲荒田租等与民休养生息的措施，使国家呈现一派祥和的景象。时人赞叹，建文时，法网疏阔，道不拾遗，士风朴茂，尚义者多。
然而，建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，而且他所重用的大臣也多是读书人，因此改革中难免有理想主义色彩。他接受方孝孺的建议，在诏行宽政的同时，锐意复古，甚至要恢复西周时期的井田制度。他还使用一些《周礼》中的官名，依古制改革某些官职。复古这些制度是没有任何现实意义的。从这一点我们不难发现，建文集团过重的文人气息，成为他最后失国的一个主要原因。
这种对实现政治理想的渴望与对知遇之恩的感戴，使方孝孺无论从情感还是理念上都把建文帝视为千古一遇的圣主，并将自己的命运与之紧紧地联系在一起。就此一点而言，在后来的靖难之役中，他是决不可能降于成祖朱棣的。
瓜蔓抄
在靖难之变中，方孝孺与朱棣是势不两立的。建文帝讨伐燕王的诏檄大多出自方孝孺之手。朱棣曾经两次试图以罢兵作为缓兵之计，都被方孝孺识破，并力劝建文帝不要被他迷惑，使得朱棣屡屡未能得逞。方孝孺还多次为建文帝出谋划策，甚至使用反间计来离间朱棣父子。朱棣夺取帝位后，方孝孺不肯起草登基诏，受新仇旧恨夹击的朱棣终于没能压住怒火，方孝孺遂惨遭灭“十族”。朱棣如此残酷的报复，也说明两人积怨之深。
况且方孝孺所代表的决非他一个人的志向，他代表的是大多数江南士人的理想。在江南士人眼里，“削藩”与“靖难”之争，决不仅仅是朱姓内部的皇位之争，而是仁政与暴政之争。“仁政”理想是一种极为普遍的群体意识，江南又是当时最大的文人渊薮，名儒辈出。在洪武政治下，他们所遭受的打击，比之其他地区的士人更为酷烈。当时的著名诗人高启、张羽、杨基诸人均被迫害致死，甚至连开国功臣刘基也最终郁郁而死，正如解缙在为太祖所上封事中所说：“国初至今，将二十载，无几时不变之法，无一日无过之人。”这是一个政治稳定的时代，同时也是一个令人窒息的时代，政治气氛异常凝重，文武大臣人人自危。生活在此一时代的士人，他们所拥有的只能是惴惴不安的畏祸避害心理，而不可能有扭转乾坤的守道抗势壮志。
只有当洪武时代结束而朱允炆登基后，士人们似乎才迎来了转机。从改元“建文”的新年号里，他们不难发现这位建文皇帝想要改变洪武时的恐怖主义政治的决心。这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿。这是江南地区士人支持建文的一个重要原因。自幼饱受儒学熏陶的年轻皇帝所追求的政治理想，似乎意味着一个仁治时代的到来。
然而，朱棣的起兵并取得最后胜利，无情地粉碎了这种理想，方孝孺不顾“灭十族”的惨况，毅然选择赴难，他的殉难，是对建文帝“知遇之恩”的报答，体现着“士为知己者死”的高尚气节，更是对破灭的理想的殉节。建文“秀才朝廷”中的其他士人，如齐泰、黄观、陈迪等，也与方孝孺一同赴难，誓死不屈，这样的例子不胜枚举。可见，方氏与一时死难之江南士大夫，都并非“慷慨于一时”，他们在更大程度上是为了自己的仁政理想，而前赴后继的。
方孝孺在南京政权的影响极大，代表了当时江南民气，如果方孝孺肯归顺朱棣，那么其他官员自然也就会臣服。然而方孝孺始终忠于前帝，那么他的门生派系也就不可信任。朱棣灭方孝孺“十族”，把方孝孺的学生都牵连进来，实际上是要彻底清除那些深受方孝孺思想影响的人。恰如学者方东岭指出，方孝孺之死的意义已经远远超出了事件本身。方孝孺为江南地区士大夫的一个典型。方孝孺的死不能被视为一种个人行为，它是明前期士人儒家政治理想昙花一现后破灭的标志。
与此同时，其他的建文馀党也遭到了血腥镇压。事实上，朱棣入南京后立即揭榜(悬赏捉拿)黄子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人。出逃在外的齐泰、黄子澄均被捕获，全家被诛。齐泰本已脱险，他因担心引人注目，将所骑的白马染成黑马，马奔跑出汗，黑墨渐渐脱去，反倒被人起疑拿住。
兵部尚书铁铉，死守济南被俘。他曾经在济南城下用诈降之计，差点杀死朱棣。朱棣亲自审问，铁铉宁死不肯面对朱棣，背向而坐。朱棣让他回头看一眼，终不可得。朱棣盛怒下命人割去铁铉的耳朵、鼻子，铁铉仍然谩骂不止。朱棣命人将他凌迟碎剐，将其尸投入油锅，炸成焦炭。
御史大夫景清谋刺朱棣未遂，被剥皮填草，挂在城门示众。有一天晚上，朱棣梦见景清披头散发，拿着剑追杀他。第二天，朱棣又让人用铁刷子将景清尸身上的肉一块块刷掉，肉刷光后，还将骨头打碎。朱棣犹不解恨，将景清灭族籍乡，就连景清的街坊邻居都受到株连，这种打击面比“杀十族”还要宽，只要跟景清有这样那样的关系，都可能被株连。例如，青州教谕刘固曾因母亲年迈提出辞职，景清写信给刘固，让他到京城来任职。就因为这样简单的引荐关系，刘固全家被杀，连他的老母都没有放过。
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