燕王朱棣当然不会坐以待毙，他率先发难，并援引“祖训”，如遇奸臣擅权，藩王可以移文中央声讨，索取奸臣，并发兵“清君侧”。于是，建文元年(1399年)七月，朱棣在他的封地北京起兵，发动“”，借口“清君侧”——以诛齐泰、黄子澄为名，矛头却直指建文帝。
建文四年六月，燕军渡江直逼南京城下，谷王与曹国公李景隆开金川门迎降，南京城破。建文帝的失败，无疑与他削藩策略的失误有着直接关系。他虽然一直视燕王朱棣为心腹大患，但却并没有果断地直指燕王，而是先削了其他五藩，给了朱棣充分的准备时间。
朱棣入京后，立即悬赏捉拿黄子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人，并清宫三日，诛杀无数。追随建文帝的忠臣及其家属共一万多人被虐杀，其残酷的程度不下于其父朱元璋。
当时，南京城破，宫中失火，建文帝的结局到底怎样?众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。因为建文帝在太祖严苛统治之后，力行宽政，所以他的遭遇引起了无数人的同情，他的下落也就格外引人好奇。
一场大火
焚烧了一切，也使得事情变得愈加扑朔迷离，留给了人们无穷的想像空间。
关于建文帝的下落，明成祖朱棣钦定的官方说法，即《明太宗实录》中记载的是：建文四年六月，“靖难”的军队打到南京金川门，建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰：“我何面目相见耶!”遂阖宫自焚。燕王立即派遣太监前往救援，无奈来不及，太监把建文君的尸体从火中找出，报告燕王，燕王哭着说：果然如此痴呆?我来是为了扶翼你为善，你竟浑然不觉，而走上绝路!八天之后，朱棣以天子礼葬了那具尸体。
《太宗实录》的可靠性为人们所质疑，由于永乐朝的政治高压、文网严密，对建文帝出亡之事没有留下更多的记载。天顺、正德朝之后，严峻的政治环境有所宽松，关于建文帝出亡说的史料开始多起来。《明神宗实录》载万历二年十月，十二岁的神宗曾向张居正问及建文帝下落一事，张居正回答：“国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。”可见首辅张居正也倾向于建文帝出亡之说，并且此时谈论建文帝出亡已经不再是禁忌话题，越来越多的人对建文自焚的事表示怀疑。
首先，《太宗实录》中对朱允炆不称建文帝，而径直改称“建文君”，以表示他并不是帝位的合法继承人，因为无脸见人，才畏罪自杀——“阖宫自焚”。这很显然是出自朱棣的篡改。
《太宗实录》对建文帝死于火焚的记载，也非常含糊。明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗?有人认为当时下葬的并不是建文帝而很可能是马皇后，“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之”。当时并无建文帝的尸体，找到的只是马皇后的尸体，并且史料没有发现安葬马皇后的记载。朱棣曾指天为誓，说他此来是要仿效“周公辅成王”，帮侄子建文帝治理天下。可是破城第二天，他就匆忙“即皇帝位”。这样给人的印象是朱棣为了巩固帝位，使建文旧臣放弃反抗，似乎有意弄假成真，将马皇后之尸冒充建文之尸尽快埋葬。尽管明成祖“用天子礼”安葬了建文帝，但是南京却没有建文帝的陵墓。明末人谈迁在《国榷》中记道：“金陵故老，无能指建文帝葬处。”本朝人已指不出建文帝的陵墓，足见当时陵墓肯定不大，或者明知安葬的就不是建文帝。
另外一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎七岁，次子朱文圭才两岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经五十七岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明，《明史》中说“燕师入，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的“靖难之役”长达四年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分地区还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组织有效的反攻。
宫中大火之后，连明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的自焚而死。《明太宗实录》记载，有一次明成祖对身边的大臣说：“朕于宫中遍寻皇考宸翰不可得，有言建文自焚时，并宝玺皆毁矣，朕深恸之。”宝玺被焚怎么可能没有一点残骸呢?建文帝很有可能带着宝玺逃跑了，借着宝玺他就有可能东山再起，这种疑虑与担忧始终萦绕在明成祖心中。《明史·胡濙传》记载，永乐五年朱棣派遣户科都给事中胡濙，以颁布御制诸书、寻访仙人张邋遢为名，暗中侦察建文帝的踪迹，前后长达十六年之久。所有这些都表明，建文帝有可能逃出宫了。
逃向何方
关于建文帝出亡一事，以清代学者谷应泰编撰的《明史纪事本末》的记载最具有代表性。它成书早于《明史》，为私人著述，权威性是被当时人们所认可的。他认为建文帝并未自焚，而是在大臣的保护下由密道逃出南京。
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