第二部分：
深入巢穴之后，开始遇到更多更强大的虫族，包括正在孵化中的跳虫、自爆虫等。这一阶段的战斗难度逐渐提升，大部分时候必须采取正确的策略，例如要小心处理自爆虫，否则自爆虫炸裂之后大范围泼溅的酸液会对队员们造成严重伤害。
到这里，队员们开始遇到一些麻烦，需要互相帮助，但整体的心态还是比较积极的。
人工智能仍旧会指引主角做出最佳决策，听从人工智能的建议会让战斗难度明显降低。
第三部分：
虫群开始继续增加，逐渐超出了小队的极限战斗能力。在深入虫巢的过程中，发现了其他小队的残缺肢体或者战斗服碎片，战斗结束后的喘息时间会变得弥足珍贵。
有的队员开始心态失衡，在虫巢的底下游荡许久之后仍然没有找到任何女皇的踪迹，却看到了太多其他死亡的小队，在没有后勤补给的情况下开始质疑人工智能算出的战斗成功率，认为自己将葬身于此。
不过队员之间互相打气，还是坚持继续前进。
人工智能仍旧一如既往地分析数据、指挥战斗，面对队员们的质疑，坚持最初的说法。
第四部分：
小队的行动已经惊动了虫群，虽然虫族的主力部队不在虫巢，但即使是工蜂、跳虫和自爆虫，只要数量够多，也足以对小队造成巨大威胁。
无数的虫子从四面八方涌来，后路已经被完全切断，只能不断前进。为了挡住身后的虫群，一名身受重伤的队员断后，引爆胸口的微型反应堆。
终于获得了喘息之机以后，秦义发现跟自己一起来执行任务、存活下来的小队已经寥寥无几。
更可怕的是，小队偶然间在虫巢深处发现了战斗服的碎片，这是云雀II型战斗服的碎片，这说明之前人类早就已经执行过斩首行动，但并没有成功，而人工智能隐瞒了这个信息。
队员们彻底陷入绝望。
主角质问人工智能，但仍旧得不到答案。队员们发现已经没有退路，只能继续向前，决定不计一切代价完成自己的使命。
第五部分：
小队在绝望中跟随人工智能的分析迂回前进，为了掩护队友，队员们一个个地死去。
主角怀着必死之心，要完成队友们的遗愿。但最终，他和另一位仅存的队友还是被无尽的虫海淹没。
奇怪的是，这些虫子并没有将他们杀死，而是将他们带往虫巢深处。
主角最终见到了虫族女皇，它臃肿、庞大的身躯令人作呕。
两人想要引爆身上的微型反应堆同归于尽，但不知为何人工智能似乎断线了，或者受到了奇怪的干扰，无法用人工智能控制引爆。
幸存的队员被带到虫族女皇的身边，不知道虫族女皇对他做了什么，他立刻发出尖利的惨叫声，仅仅两分钟之后就死亡了。
主角也被带到了虫族女皇的面前，同样发出惨叫声，仿佛自己的大脑在被无数根针刺穿。但他并没有像队员一样立刻死去，而是顽强地坚持了下来。
他坚持着从云雀作战服上取下一把手枪，想要从战斗中造成的胸甲裂隙中打入一颗子弹彻底破坏微型反应堆并引发爆炸。
但这依旧没有成功，虫族的角质利爪洞穿了他的右手，手枪掉在地上。
在弥留之际，主角感到自己的面前似乎一片空白，让大脑刺痛的尖利声音也慢慢地离他远去，仿佛变成了低声的呢喃……
在最后时刻，他感到周围突然剧烈震动起来，深处地底的洞顶突然整个塌陷，似乎看到了许多穿着云雀战斗服的士兵闯入，还有大型的钻地机械……
故事到此结束，留了一个开放性的结尾。
除此之外，故事梗概上也强调了，在战斗中或休整状态中要有大量的台词，每个人的台词都要符合他们的人设。
随着五个阶段的情绪变化，每个角色的台词也会发生变化，刚开始大家都认为自己可以完成任务，但随着时间的推移，他们开始变得悲观甚至绝望。
除此之外，故事梗概上还特意强调了一个关键信息：
在刚开始的时候，所有队员掌握的信息是：这是人类第一次对虫族执行斩首计划，同时有上百支小队在执行这个任务，人工智能已经大致锁定了虫族女皇的位置，而且人类的主力部队在与虫族的主力部队在星球上决战，随时准备支援。
所以，小队的队员们认为这次的任务成功率很高，一旦成功斩首虫族女皇，人类和虫族的战争就会迎来曙光。
但是随着战斗的不断深入，队员们的信念也在不断发生动摇。
在战斗中，他们也遇到其他小队的成员，有些是已经牺牲、只剩下几片盔甲的碎片，有些则是在绝望中与虫族同归于尽。
在虫巢中，他们发现了一些云雀战斗服的碎片，其中很多碎片显然不是这次行动残留下来的，这说明人类执行斩首行动显然不是第一次。
队员们渐渐觉得自己恐怕支撑不下去了，越来越绝望，但已经没有回头路，只能继续往前走。
队员们在杀死虫族之后的战斗间隙，聊起了这种生物的生命形态：
虫族几乎不存在单体意识，为了贯彻虫族女皇的意识完全不在乎个体的生死；在很大的范围内可以使用心灵感应的方式共享信息，虫族女皇的智力水平很高，所以虫族的战术水平完全不输给人类。
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