1945年8月配属于菲律宾化学战部队的马里·桑德斯，奉麦克阿瑟总司令的命令调查731部队。同年8月下旬，他作为美国陆军太平洋部队科学技术顾问团的一员访问日本，和哈利·扬格斯一起着手开始调查，在九、十月间先后审讯了陆军军医学校、参谋本部、陆军医务局以及731部队有关人员，但是，由于石井四郎（1936～1942年、1945年3月至战争结束任731部队长）正在潜藏中，而北野政次（1942年～1945年任部队长）尚未回到日本，所以未能对他们进行审讯。调查报告，以“日本科学qíng报调查报告1945年9月、10月第5卷细菌战”为题，于1945年11月1日提出“桑德斯报告”的附录中有对9个人的审讯记录。在这些记录中，部队有关人员虽把活体实验这个最重要的部分隐瞒了，但是，却详细供述了731部队的组织机构和实验内容。
审讯时的翻译是在美国留学的内藤良一。后来，在接受朝日新闻记者采访中，桑德斯对“何时同731部队人员首次接触”的提问回答说：“开始调查后，不久，内藤博士来当翻译，开始时，我不知道内藤曾是731部队的gān部。现在回想起来，是谁叫他来的，真不可思议。后来，内藤博士当了绿十字会的社长。”（《朝日新闻》，1983年8月14日）接着，桑德斯这样说道，“深夜，趁内藤不在，731部队的gān部及年轻的士兵们悄悄地到我这里来，有的人送来了细菌炸弹的设计图，大家都要求我不要把他们当作战犯。（内藤）不太合作，反而在试探我。大约一个月左右以后，我告诉他说：
‘这样，我不得不委托别人来进行严厉的审讯了。’于是，当天，他彻夜赶写出报告，送到我这里。根据这一报告，我才掌握了整个qíng况，并能依照名单逐个审讯部队的gān部们”。
彻夜赶写出来的这份报告（只写1945年9月写，没有日子）jiāo给桑德斯保存下来了（《每日新闻》，1985年12月7日晚刊）。报告的一开头，内藤写道：“为了对阁下的调查做出真挚的努力，我把我所知道的有关细菌战的全部qíng况都告诉你。作为一名科学家，我认为这是我的义务。”他介绍了部队以天皇为首的组织机构示意图，石井、北野部队长的姓名以及构成哈尔滨部队的八个部及其任务等。他向神林浩（军医中将、陆军省医务局局长）谈到提供这些qíng报一事，神林说：“我曾努力争取参谋本部的批准，但是尚未批下来。”他又写道：“我非常害怕我的这一行为，也许会同我们参谋本部发生对立。我希望阁下阅读后，立即销毁。我还希望这些qíng报不仅对参谋本部，而且对神林也要保密，并希望阁下能够理解，我提供这些qíng报，是冒着生命危险的。如果有人知道我提供了这种qíng况，我必会被害无疑。我唯一的希望在于拯救这个可怜的战败国家。”由于他感到本身有危险，所以提出了希望销毁的请求，但是，桑德斯并没有这样做，所以，这份报告作为资料而保存了下来。内藤的这份秘密报告，恐怕是向美方供出731部队组织系统最早的一份资料。在报告的附录中写道：“桑德斯问内藤博士是否把俘虏当作实验用‘土拨鼠’使用过，内藤发誓说，从没做过那种事。没有进行过活体实验，是虚假的回答。后来，知道了这种qíng况以后，桑德斯说：‘内藤对我多次发誓说没有进行过活体实验，我相信了他的这种说法。谁知道，近来我弄清楚了这件事，受到很大的冲击。内藤已经死去，但是，他背叛了我。’”（《朝日新闻》，1983年8月14日）桑德斯真不知731部队搞过活体实验。
在活体实验问题上受到欺骗的桑德斯，是通过内藤的报告首次掌握了731部队的全貌，才可能陆续地审讯部队的gān部。9月9日在盟军总司令部，对陆军兵器行政本部的新美清一就化学武器问题进行审讯。同月27日，在陆军军医学校的审讯中，取得了芥子气和路易士气等毒气治疗法的报告（《每日新闻》1984年8月16日）。同月20日，在军医学校审讯了出月三郎（防疫室室长）和井上降朝（细菌学教室室长）。得到的回答是：军医学校防疫研究室负责防卫方面的任务，配置在哈尔滨、北京、南京、广东和新加坡的固定防疫给水部的任务，如同招牌上所写的是防疫给水。而对于细菌战武器及其研究，一无所知。对桑德斯来说，“这虽是关于细菌战问题最早的审讯，但这种回答是完全不能令人满意的”。出月等人不仅没有供出日本军医学校与哈尔滨（平房）731部队的关系，而且连进行过攻击xing细菌实验也未jiāo代。10月1日再次审讯细菌战防御负责人井上降朝时，他说，军医学校的研究记录在遭受空袭中90%以上业已烧毁，巳不可能找到。但是，到了11月，新潟支部送来了记录的复制件，弄清了遗留下来的问题。1988年8月，山中恒先生发现了《陆岸军医学校防疫研究报告》中的第二部10号至947号，共61册（《朝日新闻》，1988年8月21日）。报告包括大量培养霍乱、鼠疫菌以及大量提炼河豚毒等内容，揭露出隐藏在731部队后面的防疫研究室的真实qíng况。此外，《研究报告》中包括了石井四郎于1940年3月30日在军医学校召开军医药物学会议上所作的演讲记录（第99号）。据此，认定固定防疫机构是关东军防疫给水部（哈尔滨部队长石井四郎，在编人员为1836人，1936年8月11日组成），除此之外，还有五个机构：华北防疫给水部（北京）、华中防疫给水部（南京）、华南防疫给水部（广东）以及“陆军军医学校防疫给水部研究室”（部队长石井四郎，东京在编人员310人，1933年4月1日组成），从而弄清了东京防疫研究室和防疫给水部的关系。另外，还有22支机动防疫机构，其中一支就是参与诺门坎事件的加茂部队（部队长石井四郎，在编人员为995人，1939年6月21日组成，已复员）。
由于对陆军军医学校有关人员的审讯“是完全不能令人满意的”，桑德斯又审讯了陆军省医务局局长神林浩和海军省医务局局长保利信明。在9月25日的审讯中，神林给桑德斯留下了“非常合作的qiáng烈印象”。事实上，10月2日他提供的731部队的基本资料：即部队的规模（本部、支部的驻地）、命令系统图、部队任务、本部组织机构图（731部队（平房）各部部长姓名以及牡丹江、林口、孙吴、海拉尔、大连各支队的支队长姓名），还有疫苗和血清的生产能力等，给人的印象是“在整个日军中细菌研究只不过是没有价值的小规模”而已。没有提出超过防御xing实验的资料。内藤良一在10月6日的审讯中最早说“平房研究所的任务，从一开始就是将细菌战武器作为实战武器来研制的”。同时，结合示意图说明在平房建立这支部队的经过，以及“宇治”型炸弹、“波”型炸弹、“吕”型炸弹和母子炸弹等细菌武器的种类，桑德斯评价说：“这是初次揭示了日军细菌战计划的规模”，“今后的课题在于能否取得这些资料”，从而产生了获取这些资料的积极xing。10月7日又就各种炸弹详qíng审讯了金子顺一。金子是一个到1941年为止在平房工作了三年半，后来又调至东京军医学校工作的人物。
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