这道上谕分为两部分，前面是总司核定的奕劻、孙家鼐与瞿鸿玑的会奏，引叙共同编纂新官制的上谕之后，先有一段颂圣表功的引叙：
“仰见皇太后、皇上力拯时艰，通变宜民之至意，率士臣庶，感颂同声：实中国转弱为强之关键。兹事体大，臣等仰禀圣谟，总司核定，断不敢草率从事，亦不敢敷衍塞责。月余以来，准厘定官制大臣载泽等陆续送到草案，臣等悉心详核，反复商榷，间有未协，次第更定。京内各官，现已竣事。”
紧接着是谈改定官制的准则，以及现行官制的缺失：
“窃维此次改定官制，既为预备立宪之基，自以所定官制与宪政相近为要义。按立宪国官制，立法、行政、司法三权并峙，各有专属，相辅而行。其意美法良，则谕旨所谓廓清积弊，明定责成，两言尽之矣！盖今日积弊之难清，实由于责成之不定，推究厥故，殆有三端：
一则权限之不分。以行政官而兼有立法权，则必有借行政之名义，创为不平之法律，而为协舆情，以行政而兼有司法权，则有徇平时之爱憎，变更一定之法律，以意为出入。以司法官而兼有立法权，则必有谋听断之便利，制为严峻之法律，以肆行武健，而法律浸失其本意。举人民之权利生命，遂妨害于无形。此权限不分，责成之不能定者一也。
一则职任之不明。政以分职而理，谋以专任而成。今则一堂有六官，是数人共一职也，其半为冗员可知，一人而历官各部，是一人更数职也，其必无专长灭见。数人分一任，则筑室道谋，弊在玩时；一人兼数差，则日不暇给，弊在废事。是故贤者累于牵制，不肖者安于推诿。是职任不明，责成不能定者二也。”
第一次送来的电文，到此为止。袁世凯与张一麟各推敲久久，认为大端之一的“权限不分”，讲司法独立，或可邀准，大端之二“职任不明”这一条就很难说了。
显然的，说“一堂有六官，其半为冗员”，则各部满汉两尚书、四侍郎定会裁掉一半，平空敲掉许多人的饭碗，必定有人切齿痛恨地在骂，“始作俑者，其无后乎？”袁世凯倒有些失悔于鼓吹改官制一举了。
第二次送来的电文，接叙大端之三：
“一则名实不副。名为吏部，但司签掣之事，并无铨衡之权：名为户部，但司出纳之事，并无统计之权；名为礼部，但司典仪之事，并无礼教之权；名为兵部，但司绿营兵籍，武职升转之事，并无统御之权，是名实不副，责成之不定者三也。”
有此三积弊，因此厘定官制，即以“清积弊，定责成”为指归。首先是“分权以定限”，除立法暂设资政院外，行政、司法两权的区分是：
“行政之事，则专属之内阁各部大臣。内阁有总理大臣，各部尚书亦为内阁政务大臣，故分之为各部，合之皆为政府，而情无隔阂，入则同参阁议，出则各治部务，而事可贯通。
如是则中央集权之势成，政策统一之效著。司法之权，则专属之法部。以大理院任审判，而法部监督之，均与行政官相对峙，而不为所节制，此三权分立之梗概也。此外有资政院以持公论，有都察院以任纠弹，有审计院以查滥费，亦皆独立，不为内阁所节制，而转能监督阁臣，此分权定限之大要也。”
司法果然独立了，看样子，上谕必会允准，但内阁制，则在未定之天。
袁世凯急于想知道结果，无奈原奏还有“正名以核实”与“分职以专任”两大条，不能不耐心看完：
“次正名以核实。巡警为民政之一端，拟正名为民政部。户部综天下财赋，拟正名为度支部，以财政处、税务处并入。兵部徒拥虚名，拟正名为陆军部，以练兵处、太仆寺并入，而海军部暂隶焉。既设陆军部，则练兵处之军令司，拟正名为军咨府，以握全国军政之要枢。刑部为司法之行政衙门，徒名曰刑，义有未尽，拟正名为法部。商部本兼掌农工，拟正名为农工商部。理藩院为理藩部，太常、光禄、鸿胪三寺，同为执礼之官，拟并入礼部。工部所掌半已分隶他部，而以轮路邮电并入，拟改为邮传部。此正名核实之大要也。
次分职以专任。分职之法，凡旧有各衙门与行政无关系者，自可切于事情，首外务部、次民政部、次度支部、次礼部、次学部、次陆军部、次法部、次农工商部、次邮传部、次理藩院。专任之法，内阁各大臣同负责任，除外务部载在公约，其余均不得兼充繁重差缺。各部尚书只设一人，侍郎只设二人，皆归一律，至新设之丞参，事权不明，尚多窒碍。故特设承政厅，使左右丞，任一部总汇之事。设参议厅，使左右参议，任一部谋议之事。其郎中、员外郎、主事以下，视事务之繁简，定额之多寡，要使责有专归，官无滥设。此分职专任之大要也。”
看完这两条，袁世凯不由得脊梁上一阵阵发冷，知道亲贵疑忌与瞿鸿玑的有意作对，都非传言，而是信而有征了。
所谓“除外务部载在公约，其余均不得兼充繁重差缺”这句话，明明是说，除了他本人仍旧可以当军机大臣以外，其余都不能以尚书在军机大臣上行走了。徐世昌出军机，已是势所必然，究其实际，袁世凯认为是为了要剪除他的羽翼。而“正名以核实”这一条，更是专门指着他而来的。
他算了一下，除直隶总督的本缺以外，他还有九个衔头，如今大部分都不保了。练兵处并入陆军部，当然不再有“会办大臣”的名目，新设邮传部，而以轮路邮电并入，这就一下子去了“铁路”、“电政”两个“督办大臣”的衔头。最可忧的是，海军部暂隶陆军部，则南北洋大臣的名义，或许都会裁撤。
想到这里，心乱如麻，只得暂且丢开，再看下文。
下文是上谕了。仍用“钦笔懿旨”开头，首先是谈军机处，说它是“行政总汇”，在“雍正年间，本由内阁分设”，这“行政总汇”、“内阁分设”八字，与“内阁总理大臣”
这个衔头，针锋相对，包得紧紧地，袁世凯的心更凉了，寄托于新官制，能继奕劻而独柄大臣的希望，到此已可确定，是完全落空了！
果然，上谕明示军机处“相承至今，尚无流弊，自毋庸编改内阁。军机处一切规制着照旧行。其各部尚书，均着充参与政务大臣，轮班值日，听务召对。”
最使得袁世凯不服的是：“除外务部堂官员缺照旧外，各部堂官均改设尚书一员，侍郎二员，不分满汉。”此外还有相关的上谕五道：
第一道：“各直省官制，着即行陆续编订，妥核具奏。”第二道：“此次裁缺之堂官，均着即原品食俸，听候简用。”
第三道：“此次改定官制，除民政部、学部、农工商部尚书、侍郎均毋庸更换外，吏部尚书仍着鹿传霖补授：度支部尚书溥颋补授；礼部尚书仍着溥良补授；陆军部尚书着铁良补授；法部尚书戴鸿慈补授：邮传部尚书着张百熙补授：理藩部尚书着寿耆补授；都察院都御史仍着陆宝忠补授。”
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