朱纨大为气愤，上疏力争，措词不免偏激；似乎满朝的福建人和浙江人都是奸臣。因而闽、浙两省的士大夫，大起反感。而朱纨毫无所惧；在福建沿海逮捕了通番有据的乡绅９６人，绑到演武场中，大炮之声，人头滚滚，刀下一个不留。
这件事做得痛快是痛快，而魄力到底太大了一些。福建的势豪之家，恨之刺骨；于是由御史陈九德发难，严劾朱纨擅杀。周亮等亦上本攻击朱纨“措施乖方，专杀启衅”；笔锋当然亦指向都指挥使卢镗及福建防海副使柯乔，因为那９６个汉奸，就是卢、柯二人去抓来的。
这一案太大了，皇帝降旨：朱纨暂行解职，回原籍听候查勘。并派给事中杜汝祯及原在福建的巡按御史陈宗夔调查奏复。京信到达浙江，朱纨知道自己失足了。他唯一的凭藉是靠皇帝的信任；而这一信任，显然已经失去了。
“我既贫且病，而且自己知道脾气倔强，决不肯跟奸党对簿公堂！”他痛哭流涕地向亲近僚属说道：“我是死定了！即使天子不要我死，福建、浙江的人亦非杀我不可。要死我自己死，为什么要死在他人手里？”
于是自营生圹，还作了相等于墓志的圹誌；然后写下绝命词，服毒自杀。等杜汝祯与陈宗夔从福建按问完毕，回京复命，说朱纨所杀的，不过从事走私的奸民，并无必杀之理。坐实了“擅杀”的罪名。朝中降旨，逮捕朱纨下狱时，朱纨已经下棺材，入墓地了。
朱纨一死，汉奸得志，沿海的土豪劣绅，奔走相告，兴奋不已。在这样令志士丧气的情况之下，汪直不但不听徐海的规劝，反而劝徐海与他一起，再度“落水”。徐海摇首不答，第二天悄然离开徽州。不久，汪直也走了，纠合旧部，重新回到普陀一带的旧巢；而一度悬为厉禁的“海禁”，也就在这时候开放了。
于是，嘉靖三十一年四月，倭寇在汪直接应之下，侵入浙东的台州，南奇黄严，北掠定海。守土有责的地方官，除了飞章告急以外，束手无策。
为了用兵而设的“浙江巡视”这个职司，自朱纨死后，原已裁撤，此时因为倭患日亟，朝廷决定恢复设置；并将新任山东巡抚王忬调到浙江。他的全衔是：“提督军务，巡视浙江海道及福、兴、漳、泉地方”；这就是说，福建沿海的福州、兴化、漳州、泉州四府，亦归王忬管辖。
王忬字民应，江苏太仓人，两榜进士出身。一向在山西、河北等地做官。当时北方的大患，是来自河套的俺答——鞑靼，也就是蒙古一部落的酋长，拥有十几万骑兵，屡次入寇宣化、大同一带，嘉靖二十九年夏天，甚至侵入古北口，直薄京师，震动九重。正当顺天巡按御史的王忬，防守通州，调度有方，深得皇帝的赏识，这一次将他由山东调到浙江，无疑地，是信任他必能担当剿倭的重任。
王忬亦不负期望。京书一到，当日动身，轻车简从地到了杭州，毫无动静，只是观察。他发现浙江人太柔弱，打仗很不在行；又发觉自己的职权还不足有力地督率官吏将士。要将浙江人振作起来，不是短时间所能办得到的，他认为自己第一件该做的事，是请求皇帝扩大授权。
于是，王忬亲笔起草，专差呈递一道奏章，建议四点：第一、有“便宜行事”之权，该杀该赏，一己可以专决；第二、勾结倭寇，作为内应，定罪宜严；第三、官兵作战，必有损失，胜固应赏，即使打了败仗，定罪宜宽；第四、倭寇及通番的海盗，是应该剿灭还是应该招抚，临事而定，不必拘泥。
皇帝对这四个要求，完全批准，同时降旨，将朱纨任内所贬的职称恢复——王忬不再是浙江巡视，而是浙江巡抚了。
接下来的一件大事是选将。王忬就地取材，重用四员大将，第一个是福建晋江籍的俞大猷。此人学书学剑，深通兵法，是大将之才。
第二个叫汤克宽，邳州卫人，是武将世家，他的父亲汤庆，做过防守长江的江防总兵官。汤克宽骁勇善战，原已做到副总兵，驻扎金山卫，嘉靖三十一年，倭寇由台州北上，流窜各地，汤克宽作战失利，被参革职。王忬不以一时的成败论英雄，保他为浙西参将。
第三个就是卢镗，赦免前罪，官复原职。第四个名叫尹凤，是南京人，参加武科考试，乡试与会试都是第一，也就是武解元与武会元，因而由世袭的指挥同知擢升为都指挥金事，驻军福建。不幸牵涉在一件贪污案子中，被捕下狱，朱纨查察案情，尹凤的过失并不严重，便为他出奏乞恩，得以释故复职，仍旧派到福建沿海，统领闽军“备倭”。
有将无兵，还是无济于事。王忬认为浙西民风文弱，不能练成劲卒，决定招募温州、台州沿海之地的剽悍壮丁，分隶四员大将之下，遍驻浙闽沿海各要地。同时宽筹粮饷，申明军纪；恩威并用，士气大振，浙江的民心，亦就此安定下来了。
此外，王忬又下了两道命令，一是看形势险易，分别缓急，将浙江、福建沿海没有城池的县分，发动民工，建筑新城。一道是严禁通倭，倘或违令而获有证据的，必遭家奇人亡之祸——这是朱纨所施行过的手段；王忬如法炮制而安然无恙，就因为他有皇帝的支持，所以朝中的“衣冠之盗”，无奈其何。
这样半年的功夫，部署已定，而汪直所勾结的倭寇，亦已到达浙东海面。王忬得到谍报，决定采取主动，制敌机先。于是派俞大猷率领精兵先发；汤克宽用大船运重兵后继；尹凤在福建海面拦截；卢镗一军作后备，相机支援。
三十二年三月里的一个月夜，官军发动突袭，攻奇汪直设在普陀的巢穴；倭寇仓皇觅船逃走，官军奋勇追杀，斩首１５０余级，生擒１４０多人，溺死在海中的不知其数。那知到了后半夜，忽然台风大作，官军呼应不灵，乱了阵脚，汪直趁机逃走；船到福建外海，尹凤已经勒兵以待，大大地打了一个胜仗。
于是，这一年之中，倭寇与海盗便在东南各地流窜了。汪直余党在温州、台州、宁波、绍兴之间，狼奔豕突；汤克宽忽而海上，忽而陆地，跟在后面，穷追猛打。最后，汪直移舟北犯松江、苏州；那两府是富饶之区，汪直大大地掳掠了一番捆载下船，直奔日本的五岛列岛。
另一股是由一名既凶且狡的海盗头目萧显领头，其中有４００多名倭寇，由浙江的海盐，循海岸直脾气东，在南汇、川沙两县大肆屠杀。王忬命卢镗间道兼程猛攻，终于阵斩了萧显。余党回窜浙江，为俞大猷一道一道的伏兵所截击，几乎全数消灭。
到了１０月里，新来一批倭寇攻江苏太仓。太仓的城池坚固，无法攻奇，转而骚扰邻县，其中有一股３００多人，流窜到浙江平湖，那里港汉纵横，地形复杂，追剿非常不便；已经升任总兵的汤克宽只能采取以静制胜的策略，以致相持数月，徒劳无功。到了下一年，也就是嘉靖三十三年的春天，战局终于起了突变。
直接的原因是，这年的春天，气候失常，春行夏令，发生瘟疫，官军营中，不断有尸首抬出来。人人自危，士气低落，于是倭寇得以突围，分两路流窜。
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