军便失去凭借与指望，不战而自溃。
打定主意，仓卒内渡，同船只带了两百亲兵，他与李世贤交过手不止一次，不敢轻敌，原意到了福建，先作部署，然后出击。哪知李世贤早有准备，在万松关设下埋伏，专等他入网。
而林文察则又改变了主意。因为他自感兵力孤单，一路收容了许多散兵游勇，杂凑成军，如果粮饷充裕、时间从容，而又有得力的帮手，当然可以将此辈渐渐练成劲旅，否则就只有利用他们急于追求出路，或者怀忿报仇的心理，淬砺士气，作背城借一之计。林文察老子兵事，默察情势，认为不得不速战速决，拖下去徒耗粮饷，且难部勒，将不战自溃。
本来左宗棠的檄令，是责成他“力保泉厦”，这是很难的任务，因为漳州以东，直到厦门、泉州，地势平衍，易攻难守，而况彼此兵力众寡悬殊。
就方略讲，应该以攻为守，就利害关系来看，以少攻多，虽然吃力，但与其守而败，不如攻而败。因此，在十月初便由泉厦而进，在万松关上扎营。
万松关又名万松岭，在漳州以东二十五里的凤凰山上，为由泉厦渡江入漳的孔道，扎营刚定，李世贤派一队人马来攻，用意在试探虚实。哪知副将惠寿不中用，竟让太平军踩了营盘，林文察迫不得已，退扎叫做玉洲的地方，隔了两天出队攻击，小胜而回。
就在这时候又接到左宗棠的札子，指示他“深沟高垒，勿浪战求胜，俟浙军到后，协力规复漳州”。林文察这时不能不听命了，驻营在万松岭上，静候援军，另由水师总兵曾玉明，在九龙江近海澄县地方的海口镇，结扎水营，以为犄角之势。
这样守到十月底，左宗棠还未进入福建境内，而先行出发的浙军，三路合围之势，将次形成。李世贤原来是在万松关以西设下埋伏，传候林文察入网，见他按兵不动，而浙军又已人闽，不能不急着打开一条出路，因而在十一月初三，发动突袭。
突袭是分水陆两路进行。袭击水营的太平军，皆以烟煤擦脸，有意扮成狰狞可怖的样子，同时亦用作为“自己人”的识别，曾玉明的水师，猝不及防，除了用炮艇上的小炮轰击以外，其余各营，都垮了下来。
在西面万松关上的林文察所部，本是越拖越坏的散兵游勇，听说后路被袭，未战先乱。副将惠寿，游击许忠标，压不住阵，只有溜之大吉，林文察却不肯逃，结果中枪毙命。渍散下来的乱兵，勉强集结在九龙江东岸，算是保障泉州门户。
三月以后，左宗棠到了浦城，正式进入福建境界，预定就以此为行辕。
行辕所收到的第一件战报，便是林文察兵败身亡。
这不是马到成功的征兆。左宗棠大为不悦。在他看林文察是挫了浙军的锐气，也伤了他的威名，虽非死有余辜，却是决不可原谅的。因而出奏时，便不肯专叙此事，只用一个“督师行抵浦城，现筹剿办情形”的案由，在折子中斥责林文察不听调度，致有此失，幸亏高连升一军已由福州赶到闽南，泉厦可保无虞。至于林文察的恤典，申明另案奏请，但可想而知的，恤典不会优厚。
不过局势很快地稳住了。左宗棠最担心的，就是李世贤向东南横战入海，所以只要高连升一军，能自福州南下，及时拦堵，先挡得一阵，等苏军郭松林、杨鼎勋领兵航海而来，控制腹地便有十足的把握了。
为此，左宗棠定下东守北攻西压的策略，最先占领闽南偏北的龙岩，接
着会同粤军方耀所部，攻占闽粤交界的永定。
这两场胜仗才下来，士气大振，指挥更加灵活。左宗棠开始“迫敌入粤”，首先是由毗连江西的汀洲、连城一带，将汪海洋部下的太平军，往南逼向与广东交界的武平、上杭一带。其时援闽苏军已陆续到达，与浙军高连升、黄少春所部，划分防区，而以进取漳州为目标，苏军守漳州之南，浙劳守漳州之北。这一来，李世贤出海之路彻底被截断了。
到了四月中旬，浙苏各军由南北同时出击，会攻漳州，到了四月二十一，攻陷漳州。可是李世贤却开西门而走，与汪海洋会师在一起了。
当时的形势是东南方面泉、厦、漳沿海一带，兵力最厚，西北永定有七千余人防守，东北的漏洞，亦已及时防补，唯有西面最弱，左宗棠几乎毫无布置。
西面就是广东的大埔、饶平一带，虽有粤军方耀防守，可是决非李世贤、汪海洋的对手，是谁都看得出来的。然则，左宗棠之意何居？明眼人自然看得出来。
这个明眼人是远在京城里的军机章京领班许庚身，在五月十二那天，看到发下来的一个奏折，大为诧异，这个奏折是李鸿章所上，作用是在表功，所以案由是“援闽苏军，会合浙军分路进逼，于四月二十一日克复漳州府城”，奏报进攻情形中，有一句话说：“侍逆李世贤潜开西门而遁。”这与同时收到的左宗棠的战报，情况不符。
左宗棠的奏折，案由是“进逼漳西大捷，现筹办理情形”。并未提到攻克漳州，更未谈到李世贤由漳州西门而遁，只说：李逆世贤经官军叠次击败，势日穷蹙，图由漳北小路绕犯安溪，以抄官军后路。其计未成，又图勾结同安土匪，内讧滋事，经郭松林抽带所部两营驰赴同安，会同道员曾宪德将西塘、上宅、符井各乡匪巢洗荡。“
再看拜折的日期是四月二十六，拜折的地点是福建省城。福州离漳州不过两三日路程，二十一攻克漳州，在福州的左宗棠不应该到二十五还不知道。
如果已经知道，二十六拜折何以下报捷？
这是莫大的一个疑窦，但稍作参详，不难明白，左宗棠只为李世贤“漏网”，不肯报捷，先说他想“绕犯安溪”，又想“勾结同安土匪”，最后说由郭松林如何如何，是打算将李世贤“漏网”的责任，轻轻推到郭松林头上。
至于左宗棠想“整”郭松林的缘故，亦可以推想得到。原来从林文察战死以后，福建陆路提督一缺便补了福山镇总兵的郭松林，虽为署任，总是升官，而如没有左宗棠的奏请苏军援闽，这个武装中最高职衔的提督，未见得轮得到郭松林。照左宗棠的想法，郭松林的升官，既由援闽而来，而所升的官，又是福建的缺分，则不论感恩图报，还是循名责实，都该照建制归隶他的部下。无如郭松林虽经福建巡抚徐宗干一再催促，始终不肯到任。以福建的武官在福建打仗，却自居于客将的地位，在左宗棠是颇难容忍的，只是当郭杨两军航海南来之前，李鸿章特为声明，郭松林不履任，他亦“不劝驾”。
左宗棠曾经同意，此时不便出尔反尔！但又有所憾于郭松林，因而此时先作一个伏笔，一方面隐约其词地表示，追击李世贤是郭松林的责任，另一方面可以看将来的情况，果真“同安土匪”一时不易收拾，便可正式奏请将郭松林留在福建，以本省的提督办理本省的军务，天经地义，名正言顺，朝廷不能不准，李鸿章不能不放，郭松林不能不留。
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