不过到得彭玉麟出巡时，威名所播，确能使贪官墨吏，相顾敛迹，他所管的事，亦不限于整顿水师纪律，长江沿岸各地他看下顺眼的事都要管，职权仿佛明朝“代天巡守”的巡按御史。曾经在武昌请王命旗牌立斩不法的水师总兵谭祖纶，至于地方官经他参劾，革职查办的，亦颇不乏人。总之，只要彭玉麟参谁，准就非倒媚不可。
盛宣怀想到了这个人，李鸿章亦认为可加利用，于是摭拾浮言，激动了彭玉麟的脾气，真个以密折严劾刘坤一，大致是：第一，鸦片瘾大，又好逸乐，精神不济，无力整顿公事，第二，姨太太很多，稀见宾客，又纵容家丁，收受门包，第三点最厉害，亦是彭玉麟亲眼所见，最感不满而又是他应该管的事，“沿江炮台，多不可目，每一发炮，烟气迷目，甚或坍毁。”
密折到京，慈禧太后召见军机，决定派彭玉麟进一步密查，同时内召来京觐见，打算不让他回任了。据说荣王曾经跟李鸿章商量过这件事，其时陕甘总督改派曾国荃，而曾国荃嫌地方太苦，又怕无法指挥左宗棠的嫡系部队，一直不愿就任，使得朝廷深感为难，不如乘此机会，改派刘坤一当陕甘总督。
至于两江总督则以清望素著的四川总督丁宝祯调补，遗缺由李鸿章的胞兄李瀚章接任。
这是李鸿章的一把如意算盘，原来清朝的制度，封疆大吏、划疆而治，总督往往亦仅管得一省，不比明朝的总督、巡抚是有流动性的。这种制度之形成，当然有许多原因，其中之一是，皇帝认为各有专责，易于考查，也就是易于驾驭。因此，尽管常有“不分畛域”的上谕，实际上限制甚严，不准有越权的行为，及至洪杨兵起，这个相沿两百年而不替的传统被打破了。
清朝在道光以前，凡有大征伐、调兵遣将，权皆操之于皇帝，军饷亦由国库拨发，统帅功成还朝，缴还兵权，受赏而回本职，并无私有的军队。但自曾国藩创立湘军，而军饷又需带兵将帅就地白筹以后，整个情况大变，变成官不符职、守非其地、财难己用、兵为私有。曾国荃进围金陵时，他的官衔是浙江按察使，一省司法长官，带兵打伏，岂非“官不符职”？而打仗又非为浙江划守土之责，这就是“守非其地”。
“财难己用”就更微妙了，本秦人视越，肥瘠漠不相关，但在左宗棠西征时，却非希望浙江丰收不可，因为浙江按月要交西征协晌十四万银子，而本省修理海塘，反需另筹财源。
至于“兵为私有”，则以湘、淮两军原为子弟兵，爷子兄弟叔侄，递相率领，成为规例，淮军的这个传统，更是牢不可破。
因为打破了疆域与职守的限制，李鸿章才能运用手腕，伸张其势力于两江——南洋。直督兼北洋大臣，江督兼南洋大臣，李鸿章一直强调，无论筹办防务或者与外洋通商，南北洋必须联络一致，不分彼此。话是如此，却只有北冰侵南洋之权，南洋的势力达不到北洋，因为北洋近在畿辅，得地利之便，可直接与各国驻华公使联络交涉，这样，有关南洋的通商事务，自然而然地由北洋代办了。同时“总理各国国务衙门”，为了在交涉上留有缓冲的余地，往往先委托北洋从事初步谈判，保留着最后的裁决权，这一来使得李鸿章更易于扩张势力了。
如此这般，李鸿章就不能不关心两江总督的人选了。最好是能听他指挥，其次也要能合作。象刘坤一这样，李鸿章就觉得有许多不便，因而希望丁室祯接任江督。丁宝祯是他会试的同年，李鸿章一直很拉拢他。丁宝祯每次奉召述职时，京中上自王邸军机，下至同乡京官都要打点，无不是由李鸿章预备了整箱的现银，这样的交情，他相信丁宝祯调任江督，一定能跟他合作无间。至于李瀚章，除了贪默之外，别无他能，而四川经丁宝祯整顿以后，是个可以卧治的省份，李鸿章是想为他老兄找个奉母养老的好地方。
这把算盘打得极精，哪知真如俗话所说的“人有千算，天有一算”，彭玉麟的复奏到京，大出李鸿章的意外，竞是痛劾李鸿章的至亲赵继元。
赵继元是安徽太湖人，他的祖父叫赵文楷，嘉庆元年的状元。赵继元本人也是个翰林，但肚子里一团茅草，“散馆”时考列三等，分到部里当司官。
做官要凭本事、讲资格，赵继元倒有自知之明，自顾当司官既不能“掌印”，而两榜出身虽可派为考官，却又须先经考试，这一关又是过不去的，不如当外官为妙。
于是他加捐了一个道员，走门路分发两江。江督正是李鸿章的老师曾国藩，爱屋及乌，所以赵继元一到江宁“禀到”，立即“挂牌”派了他军需总局总办的肥差。
从此赵继元便把持着两江军需总局，历任总督都看李鸿章的面子，隐忍不言。这一次到底由彭玉麟无情地揭发了他的劣迹，复奏中说：“两江军需总局，原系总督札委局员，会同司道主持，自赵继元入局，恃以庶常散馆，捐升道员出身，又系李鸿章之妻兄，卖弄聪明，妄以知兵自许，由是局员营员派往修筑炮台者，皆惟赵继元之言是听。赵继元轻前两江总督李宗羲为不知兵，忠厚和平，事多蔑视，甚至督臣有要务札饬总局，赵继元竟敢违抗不遵，直行己意。李宗羲旋以病告去，赵继元更大权独揽，目空一切。炮台坍塌，守台官屡请查看修补，皆为赵继元蒙蔽不行。”
李宗羲字雨亭，四川开县人，道光二十七年进士，是李鸿章的同年。同治十二年曾国藩殁于两江总督任上，由于李鸿章的推荐，李宗羲竟能继任此一要缺。其人才具平常，李鸿章可以遥制，两江诸般设施，每听北洋指挥。
盛宣怀以直隶候补道得以派到招商局去当会办，便是李宗轰任内之事。这样的一个人，赵继元自然不会将他放在眼里。
至于对刘坤一，据彭玉麟在复奏中说：“臣恐刘坤一为其所误，力言其人不可用。刘坤一札调出局，改派总理营务，亦可谓优待之矣，而赵继元敢于公庭大众向该督力争，仍旧帮理局务。本不知兵，亦无远识，嗜好复深，徒恃势榄权，妄自尊大，始则炫其长，后则自护其短，专以节省军费为口实，
惑众而阻群言。“
彭玉麟说，在赵继元看，跟洋人如果发生了纠纷，到头来无非归归之于“和”之一字。既然如此，“江防”也好，“海防”也好，都是白费心血，不过朝廷这样交代，不能不敷衍而已。
但是真的节省经费、粉饰表面，也还罢了，实际上浪费甚多，只是当用不用而已，彭玉麟认为赵继元持这种论调，是件极危险的事，防务废弛，尽属虚文，一旦有警，无可倚恃，必至贻误大计。最后又说：“黜陟之柄，操自朝廷，差委之权，归于总督，臣不敢擅便，惟既有见闻，不忍瞻徇缄默，恐终掣实心办事者之时，而无以儆局员肆妄之心。”这意思是很明白的，如果他有权，即时会将赵继元撤差革职。
此奏一上，慈槽太后震怒，初揽大权，正想整饬纳纪立威之时，当即批了个“劣迹昭著，即行革职”，再一次为彭玉磷显一显威风。
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