乾隆醒悟到了自己的失误，迅速转了弯子。“北京理解到了这一危局。博格德汗（乾隆）知道了蒙古人的不满，于1756年9月写信给库伦呼图克图和土谢图汗，说他不知道蒙古人的贫困，对蒙古人他将因功赏赐。”（瓦西里耶夫《外贝加尔的哥萨克》）
乾隆知道仅仅一封信是远远不够的。他又通过小时候一起读书的密友章嘉三世活佛做哲布尊丹巴的工作，许诺将对喀尔喀蒙古人大大施恩，终于安抚住了喀尔喀蒙古，镇压了青衮杂卜起义，扫除了后顾之忧。
吸取了这次教训，乾隆终于不再“因粮于敌”了。他痛定思痛，改变了作战方式，首先调集大批粮食，运至前线，巴里坤、哈密贮粮十一万石，足够大军三四年之用，然后于乾隆二十二年（1757年）三月，第三次进兵。这一次，他终于顺利摘取了胜利果实。经过连年战争和饥荒，准部蒙古人已经穷困交加，疾病流行，死亡甚多，毫无战斗力，清军所到之处，都能迅速取胜。阿睦尔撒纳日暮途穷，逃入俄罗斯境内，后来病死异国。
这场战争意义非同一般。自大清开国以来，准噶尔汗国这个敌对势力就如同一片黑色的魅影徘徊在西部，窥视着内地，让连续几代清朝最高统治者席不安寝。如今，大清最强大的敌对势力被彻底消灭，乾隆终于可以长长地出一口气了。
但乾隆仍然放不下心来。这场战争形势几起几落，让他从大喜到大悲，经历了数度煎熬。本来，在他的计划中，这场战争只需要数月时间，数百万两军费。没想到，战争最终拖了三年，一次战争变成了三次，中间出现了平定喀尔喀蒙古叛乱这个插曲。向臣民许诺的迅速成功演变成一场惨胜，军费最终高达数千万两，多名大将折损，乾隆有些恼羞成怒。
而战争过程中准噶尔部蒙古人表现出的强悍倔强，也令乾隆心生后怕。在准噶尔四部中，只有杜尔伯特部第一次投降之后，一直忠心耿耿地服从大清，其他三部，都是屡降屡叛，让乾隆吃尽苦头。这支历史上一再演出惊人之作的蒙古部落确实有着一般民族没有的硬骨头。如何对付这个民族，乾隆费尽心思。仅仅分而治之似乎难以彻底削弱这支蒙古人的力量。他十分担心数十年后，准噶尔部蒙古人春风吹又生，重新成为大清的敌人。
经过深思熟虑之后，他做出了一个惊人的决定：对准噶尔部蒙古人，除了杜尔伯特部外，“总以严行剿杀为要”。
这实际上是一道种族灭绝令。
其实，在整个平准战争中，“残酷”一直是主旋律。头两次平准战争虽然没有出现有计划的大屠杀，但是“因粮于敌”的策略本身就是一场屠杀。在进军过程中，清军一直是以抢劫作为补充军粮的唯一手段。那些被抢走了所有牲畜的准噶尔蒙古人后来大多死于饥饿。准噶尔人一开始以为清军是自己的救星，及至发现他们其实是强盗后，越来越多的人自发地反抗清军，对他们展开袭击。因此，在第二次出兵时，清军已经开始大肆屠杀平民。他们“宁可错杀一千，不可放过一个”，凡遇到可疑的蒙古民众，一律杀掉了事，以维护自身的安全。而这一策略也得到乾隆的首肯甚至鼓励。乾隆二十一年（1756年）八月一日，清军参赞大臣哈达哈等向皇帝奏报：清军来到济尔玛台地方时，遇到厄鲁特的一位部落首领敦多克带领几名亲信前来投降。清军认为他们形迹可疑，不敢断定是否真降，遂将敦多克等人“俱行诛戮”，随后又带领大军来到这个部落的游牧地，把毫无准备的1700户牧民“悉行剿灭”。乾隆皇帝收到这个奏报之后，认为哈达哈“奋勇可嘉”，授为领侍卫内大臣。
在展开大屠杀前，乾隆已经多次导演过整部落的灭绝事件。
阿睦尔撒纳反叛后，乾隆分别任命了新的准噶尔四部汗王。其中任命巴雅尔为辉特部的汗王，沙克都尔曼吉为和硕特部的汗王。乾隆二十一年十月，乾隆获悉巴雅尔追随阿睦尔撒纳复叛的消息后，大为震怒，他命人全力剿灭辉特部，对和硕特部汗王沙克都尔曼吉，也密谕清朝将军“倘稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭”。
沙克都尔曼吉在平准战争中率先投降了清朝，所以才被封为“和硕特汗”。他是坚定效忠清政府的。叛乱四起时，他拒绝附从叛军，不顾个人安危，毅然率本部四千余户离开故土投奔内地，来到清军驻地附近，“依巴里坤（清西路大军军营）近城以居”。清朝将军雅尔哈善见皇帝猜疑心重，遂抱定宁左勿右的宗旨。尽管沙克都尔曼吉毫无叛意，仍然设计剿杀。
对于这次屠杀，雅尔哈善很动了一番脑筋。他从自己的军队中精选了五百人，假装出兵他处，路过和硕特部的住地借宿。沙克都尔曼吉见是天朝大军来到，极表欢迎，腾出了最好的几十顶帐篷给这些清兵住。尽管自己部落乏食，仍然“屠羊以待”，把仅存的几十只羊都杀掉了，拿出积存的所有美酒，盛情款待。心地拙实的蒙古首领们在宴席上都喝得大醉。等到半夜时分，清军“以笳为令，袭其卧庐”，一声令下，对沉睡中的蒙古人发起突袭，一个蒙古包一个蒙古包地杀戮，杀光了七百座蒙古包中的蒙古人，“尽歼全部四千余人”。而汗王沙克都尔曼吉也死得很惨。据《啸亭杂录》载，沙克都尔曼吉喝醉之后，脱光衣服，呼呼大睡，对于闯进来的清军毫不知觉。他的妻子从睡梦中惊起，见清军持刀砍向她的丈夫，遂奋不顾身赤身裸体扑到丈夫身上，为他挡刀，结果两人被乱刀砍死，死后仍然紧紧抱在一起，“裸而抱持之，如两白蛇蜿蜒穹庐中”。
情况汇报上来，乾隆帝夸奖雅尔哈善“办理甚属奋往”，著交部“照军功议叙”。雅尔哈善于第二年被授为参赞大臣，擢兵部尚书，后来又被封为一等伯。
如果说这些屠杀尚属带有偶然性的局部事件的话，在第三次平准战争中，屠杀则演变成了一场周密的部署。在第三次平准战争中，皇帝明确谕示：“厄鲁特人等反复无常，实为覆载所不容”，“此等贼人断不宜稍示姑息，惟老幼羸弱之人或可酌量存留，另筹安插。前此两次进兵，皆不免过于姑容，今若仍照前办理，则大兵撤回，伊等复滋生事端，前事可为明鉴”。
在皇帝的导演下，一场惨绝人寰的悲剧在西部草原拉开了帷幕。
伊犁附近的赛里木湖是新疆最大、最美的高山湖泊之一，它像一块巨大的翡翠，静静地镶嵌在天山腹地。远岸雪峰高耸，湖边牛羊如云，恍若世外桃源。
250多年前，这座美丽的湖泊附近却上演了人类历史上最野蛮的一幕。乾隆二十三年（1758年）春天，正是草场返青、野花怒放的季节。数千名大清兵丁在这个季节里进行着一场盛大的围猎。他们围猎的对象不是动物，而是人类，是新疆准噶尔部落的蒙古族平民。他们进入一条条山谷，沿河而上，细细搜索，遇到蒙古包，就冲进去，把里面的人统统砍死。大部分世代生活在这里的蒙古牧民根本没有弄明白是怎么回事，就一家家被消灭了。
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