为了填补准部留下的土地，乾隆从各地迁移人口。其中有吉尔吉斯人、哈萨克人，有蒙古部落的喀尔喀人、察哈尔人，有穆斯林东干人，甚至还有来自满洲的锡伯人和高丽人。十多年之后，土尔扈特部落回归中国，也被安置在这片由于自己的兄弟部落被灭绝而空出来的土地上。
乾隆在国家安全问题上，采取过许多或高明、或精明、或阴鸷的手腕。
有清一代，喇嘛教是国教，但乾隆并不信黄教。他在评论活佛转世时说：“蒙古呼图克图活佛转世，其实是一种取巧方便的办法……佛本无生死，哪有转世？但是不允许转世，那么数万番僧就无所皈依，所以不得不如此罢了。”（《御制喇嘛说》）
从这段谕旨看，乾隆对喇嘛教是不屑一顾的。但是，终乾隆一朝，皇帝对黄教领袖，一直极尽尊崇之能事。他把父亲的故府雍和宫改成喇嘛庙，以示对喇嘛教的尊崇。他对达赖和班禅提高了礼遇规格。为了迎接班禅远来，他专门在承德为班禅修建了一座规模宏大的庙宇——普陀宗乘之庙。这座庙耗资巨大，仅为其中的一座殿宇顶部镀金，就花去黄金一万五千多两。他亲派皇六子远赴内蒙古迎接，在承德的接待更是不计成本，优隆备至。
之所以如此，是因为乾隆很清楚喇嘛教对安定西藏和蒙古的作用。他多次说过“兴黄教，所以安蒙古”，“敬一人而千万悦”。他高屋建瓴，进一步树立达赖喇嘛的权威，由此拥有了确认转世活佛和任命高级教长的权力，从而牢牢地把西藏社会控制在自己手中。
但是，对于伊斯兰教，乾隆采取了完全不同的做法。他深知这一宗教的进取性，因此在回教地区大力推行政教分离，不允许宗教领袖取得世俗权力。他知道，伊斯兰教一旦实现政教合一，必然爆发强大的扩张力量，给帝国安全带来巨大威胁。平定新疆之后，他大力扶植伊斯兰世界世俗贵族伯克的力量，禁止阿訇干涉政治，高明地抑制了伊斯兰教的活力。他还十分高明地将东干穆斯林从中国西北部迁入新疆，利用他们对抗突厥语族的穆斯林，从而实现以回制回，成功地获得了新疆的稳定。即使以现代政治家的标准来衡量，乾隆对边疆问题的处理也是十分高明的。
乾隆的性格中并不缺乏善良、温和的一面，但他的本质毕竟是政治动物。对准噶尔蒙古人的屠杀，固然有泄愤的因素，更主要的却是出于长远考虑。乾隆喜欢做一劳永逸、斩草除根的事。他认为他有这个能力，也有这个责任，为后世子孙消除所有威胁。
种族灭绝，在他看来无疑是消除西部边疆威胁的最彻底、最有效的办法。为了大清王朝万世永固这个最终目标，他可以做出任何决定，也可以把自己变成一头野兽。确实，通过灭绝政策，乾隆皇帝实现了对西部中国前所未有的牢固控制。
对于整个中华民族来说，这是几千年来中国努力控制西域的一个完美结果。从汉代张骞通西域开始，天山南北以及巴尔喀什湖一带就是中原王朝一直努力经营的目标。汉、唐、元这三个强大帝国都实现了对西域的管辖，在这个地方设置过都护府，但是由于距离遥远，风土不同，中央政权一直很难在这里建立直接、持久、稳定的管辖，因此，西域一直是中华帝国版图中最不稳定的部分，与内地的联系时断时续，对内地的臣属也时叛时服。直到乾隆消灭了这片草原上最强悍的民族，把这片土地命名为新疆，中央政府才真正在这里建立了彻底、有力的统治。这一统治建立得相当牢固，在此之后的晚清时期，虽然列国对清朝瓜分蚕食，但新疆一直没有再次分裂出去。
中国的武功，自成吉思汗以来，还没有谁如此一举荡平二万余里，深入不毛之地。元代之后，中国的疆域，从来没有如此巨大，国家的统一，从来没有如此巩固。朝野上下，一致赞叹“国家如天之福”。文人学士纷纷进表上赋，欢呼庆祝。纪昀撰写了《平定准噶尔赋》，称“三十六国，咸遵正朔，浩乎大哉，此王道之极盛，而三五之遐躅也”。赵翼在《平定回部铙歌》则唱道：“一统车书大覆函，持盈睿虑倍寅严；从知兵甲全消日，文德逾敷万国咸。”后世史家也高度评价这一战争。王先谦说：“高宗皇帝……成两朝未竟之志，准回平而北无汉世匈奴之患，金川定而西无唐代吐蕃之扰，保世恢基，其极于无外。”（王先谦《虚受堂文集》卷二，《东华录序》）
除了驱敌拓土之外，平定新疆的另一个意义是它标志着乾隆盛世达到了“全盛”。中国历史上这最后一个盛世，人们通常称为“康乾盛世”。事实上，康熙和雍正的统治还称不上完美。直到新疆战争之后，清王朝在各个方面都实现了对历史的超越，进入无可挑剔的“全盛”。
平定准噶尔战争之后，“盛世”“全盛”等词汇开始越来越频繁地出现在清朝臣民口中。人们不约而同地把这场战争与“全盛”联系在一起。乾隆二十四年（1759年），户部右侍郎于敏中赋诗称颂乾隆皇帝统一新疆的功绩说：“觐光扬烈，继祖宗未经之宏规；轹古凌今，觐史册罕逢之盛世”。（《素余堂集》卷二四）意思明确地说，新疆战争使乾隆超越了祖宗。乾隆自己也宣称，“比年以来西域大奏肤功，国家势当全盛”，（王先谦《东华录》）“方今国家全盛，府库充盈”。（乾隆《圣训》卷一零六）西域战争和府库充盈是乾隆宣布“全盛”到来的两大理由。从此之后，“盛世”就成了清帝国文件中不断提及的词汇，其频率之大甚至达到令人厌烦的程度。及至乾隆晚年所编的《八旬万寿盛典》，“盛世”二字居然出现了七十余次。
确实，以统一新疆为标志，大清帝国的统治攀上了历史的高峰。这一高峰，悬绝于历代的治绩之上。
第一，乾隆朝几乎消灭了对最高权力的所有威胁，实现了前所未有的政治稳定。
历史上威胁皇权的势力有以下几种：一是敌国威胁，二是农民起义，三是权臣专政，四是太监擅权，五是后妃干政，六是外戚乱政，七是朋党之争，八是地方割据势力。这八种势力在历代都此起彼伏，兴风作浪，从来没有被彻底平息过。甚至在雄才大略的康熙和雍正时期，也仍然存在敌国、权臣和朋党的阴影。康熙朝前期，索额图和明珠一度权倾朝野，“是时索额图、明珠同柄朝政，互植私党，贪侈倾朝右”。（《清史稿·索额图传》）康熙朝后期，各皇子纷纷与大臣勾结，朝政一片混乱，以致康熙甚至担心死后可能会出现全国性内战。雍正朝初期，由于雍正喜怒不定、大起大落的个性，先后培养出年羹尧、隆科多两大权臣。年羹尧应召回京，“公卿跪接于广宁门外，年策马过，毫不动容。王公有下马问候者，年颔之而已。至御前，箕坐无人臣礼”。胤禛不得不罗织九十二条大罪将其除掉。雍正晚年，又形成鄂尔泰、张廷玉两大朋党。只有乾隆总结吸取历代统治经验，以极其高明的政治手腕，对内缜密阴柔地化解了鄂张朋党，对外积极主动地消除了敌国力量，把这八种威胁化解到近乎无影无形的程度，确保了皇权的至高无上和政治纪律的高度严明。没有一个大臣，敢于在皇帝面前造次；皇帝一声令下，举国战栗。历史上真正做到了“乾纲独揽”的帝王，唯乾隆一人而已。
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