虽然不治他的罪，但重重敲打他一下是十分必要的。乾隆提起朱笔，在折子后面批道：
与谥乃国家定典，岂可妄求。此奏本当交部治罪，念汝为父私情，姑免之。若再不安分家居，汝罪不可逭矣！
不祥的气氛笼罩在字里行间。
皇帝把折子抛到一边，打开了下一道。字迹还是那么淡而有力，不屈不挠，居然又是尹嘉铨的。内容是说，“我朝”出了好几位名扬天下的理学名臣，比如汤斌、范文程、李光地、顾八代、张伯行等。他们一言一行都实践了孔夫子的教导，为后人树立了光辉的榜样。因此他建议皇帝让这些人都“从祀孔庙”，也就是把他们的牌位都供到孔庙里，陪孔夫子一起吃冷猪肉，以示“光大圣道”之意。在折子结尾，他还说了这么一句：“至于臣之父亲尹会一，既然曾蒙皇上御制诗章褒嘉其孝行，则已在德行之科，自然亦可从祀，不过此事究非臣所敢请也。”
皇帝的脸一下子变得刷白，薄薄的嘴唇微微发抖。这是他盛怒之极的表情。皇帝拿起朱笔，奋笔疾书：“竟大肆狂吠，不可恕矣！”
每个字都异常迅疾有力。
据说，“天子一怒，伏尸百万”。虽然没那么夸张，也去之不远。尹嘉铨完全没有料想到自己这两个折子的后果：
朝廷立刻派出要员，将尹嘉铨锁拿入京。皇帝批发六百里加急急件，命北京和山东两处官员，抄了尹氏在北京和山东博野两处的家。
和雍正皇帝一样，乾隆也十分喜欢抄大臣的家。乾隆抄家与雍正抄家有一条不同，那就是格外注意“违碍文字”。乾隆对臣下的日记、书信、私人笔记特别感兴趣，每次抄家都会严命抄家官员细心搜检，看其中有没有“悖逆之词”。这次抄尹嘉铨的家时，皇帝特别指示，尹氏之“丧心病狂，实出寻常意料之外”，所以“恐其平日竟有妄行撰著之事”。因此“如有枉妄字迹诗册及书信等件，务须留心搜检，据实奏出”。因此，三月二十日天还没亮，前天夜里接到六百里加急上谕的大学士英廉就亲自带领大批兵丁，来到尹嘉铨在北京的住所，掘地三尺，细细搜罗。
不出皇帝意料，收获果然颇丰。作为一个“理学大家”，尹嘉铨不但藏书丰富，而且著作颇多。从三月二十日到二十二日，英廉共找到书籍310套，散书1539本、未装订的书籍一柜、书板1200块，以及书信一包共113封。乾隆组织一批翰林学士，组成“审读小组”，帮助他逐字审查。
在乾隆朝，只要想打倒一个人，最稳妥的办法就是审查他的文字。作为庸凡之人，谁也不能保证自己的每一句话都能“放之四海而皆准”，如有偏离“准星”之处，那么对不起，你就有可能犯罪了。经过细致筛选，乾隆在尹嘉铨所有文字中发现了数10处“悖逆”之处。
在后来公布的罪状中，皇帝说，最错误的一处，是这样一句：“朋党之说起而父师之教衰，君安能独尊于上？”
尹嘉铨认为，因为打击朋党而禁止士人拜师收徒是错误的。儒家性理之学十分精微，其中最微妙的部分，只能通过拜师授徒方式传授。如果把大儒讲学授徒一律定为“朋党”，把官场上门生与座师的关系也视为“朋党”，势必削弱“父师之教”，造成圣人之学的衰微，反而不利于皇权独尊。
乾隆认为，这句话是公开与雍正帝唱反调。
打击“朋党”是清代政治的主线之一。宋代以降，大臣们结成朋党的重要途径就是通过“师生关系”。由于科举时代录取率极低，考中者对于阅卷录取自己的主考官无不感激涕零，视为伯乐知音，一旦录取，就投拜这个主考官门下，成为他的门生。主考官往往通过这种方式结纳羽翼，门生也希望通过攀附座师而在官场迅速升迁，因此极易在朝廷形成一个个山头，党同伐异，造成朋党之祸。宋朝和明朝，败亡的主要原因之一就是由此。因此，雍正和乾隆使尽了种种手段，打击大臣们的“科甲”积习，也就是科举出身的官员们以师生关系结党的习惯。雍正皇帝曾御制《朋党论》，反对大臣们拜老师收门生。
乾隆说：
朋党为自古大患。我皇考世宗宪皇帝御制《朋党论》，为世道人心计，明切训谕，乃尹嘉铨竟有“朋党之说起而父师之教衰，君安能独尊于上”之话……不知是何肺肠？
尹嘉铨的第二大错误，是著了一本书，叫《名臣言行录》。书中记录了清初以来的一系列名臣如高士奇、高其位、蒋廷锡，乃至本朝的鄂尔泰、张廷玉的嘉言懿行。乾隆将此书定为大逆之作，认为它会助长人们的朋党思维。因为只有朝廷才有品评大臣的权利，臣民无权把谁定为“名臣”，又把谁定为“非名臣”。如果个人可以树立品评标准，必然容易造成大臣及其子孙的意见纷争。被列入名臣录的，其子孙门生自然会感激攀附，与其人结好。没有被列入的，其后代和同党必然起而攻之。这就很容易造成朝廷及士林的分裂。皇帝说：“乃尹嘉铨竟敢标列本朝名臣言行录，妄为胪列，谬致品评，若不明辟其拌，将来流而为标榜，甚而为门户，为朋党，岂不为国家之害，清流之祸乎？”这种做法，和尹氏在奏折中建议把一些理学名臣入祀孔庙一样，断非人臣所应为。
虽然前期打击朋党的成绩卓著，乾隆却从来没有掉以轻心。他深知这一政治顽疾虽然匿迹于一时，却绝不会就此寿终正寝。政治高压稍一放松，它就会死灰复燃。对朋党的警惕，无时无刻不存于皇帝心中。尹嘉铨自投罗网，一下子激活了皇帝心中的过度防御机制。
尹嘉铨的出现，让日夜不停搜寻自己统治漏洞的乾隆又发现了专制政治的一个薄弱环节：民间讲学之风。
在中国历史上，民间讲学现象非常普遍。孔子收徒三千，就首开民间讲学之先河，也正式创立了儒家学派。到了宋代，书院大量出现，名儒大家各自以书院为据点，传授自己体悟到的圣人心法，讲学之风空前繁盛，理学由此兴起并成为儒学的主流。及至明朝，讲学之风达于极盛。大儒王阳明极重讲学，认为这是开启智慧、传播学术的最佳方式，故一生讲学不休，甚至军旅之中也日夜不辍。王阳明的后学们光大乃师之风，或依托于书院，或约期于山水，甚至庙堂林野，寺观名胜，招朋引众，讲学辩论，宗风所及，几乎无处不讲学，无人不讲学。
民间讲学具有高度的自发性和强大的生命力。它的目的是探讨发展学术真谛，陶铸学人完善的人格，而不像官学那样以科举入仕为唯一目标。民间讲学一秉学术自由的原则，尤其重视辩驳争论对学术发展的推动作用。各书院之间经常举行大规模的辩论会，各派学者云集荟萃，彼此攻伐，极大地促进了儒学学理的深入发展。日常师生之间，也注重质疑问难，宋代之后所流行的各家语录，一般就是书院师徒间的问答记录。
然而步入清代，自由讲学之风却戛然而止。萧一山说：“清人以异族入主，时不免存疑忌之心，对于智识阶级为尤甚。聚众讲学，形同煽惑，是以深中清廷之忌。”所以，顺治十七年（1660年），朝廷颁布命令，严禁士子会盟结社。各地民间私人书院也被政府转变为官办，原来自由学术研究的场所沦为科举考试的预备机关，讲学内容与规模受到严格限制。自由讲学之风由是渐息，清代之学术，“乃渐由学术团体，一变而为私人研究”。
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