在农业政策上，对后世影响最大的是以“废井田，开阡陌”为主题的土地改革。
井田制是一种土地国有制度，自商时就有文字记载，西周盛行。后世史家对之解释不一，按《孟子・滕文公上》中的记载，国家以九百亩为一个计算单位，把土地分隔成方块，形状像“井”字，周边为私田，中间为公田，各家分得百亩私田，同养公田。耕作之时，先要把公田的农活干完，才能各治私事。由此，春播秋割，守望相助。这一制度颇类似原始人民公社制。
到战国中期，随着人口的增加，井田制度已经败坏，公地私有化成普遍事实。当时的知识界对此分歧很大，道家、儒家都视之为“礼崩乐坏”的根源，强调要恢复井田制。商鞅则反其道而行之，宣布废除井田制，允许民众开荒耕作、买卖土地，这自然大大激发了民众的生产积极性，使变法的“农本思想”更加得以光大。显然，在先秦时期，粮食是最为重要的战略物资，商鞅的一切变法都以此为根本，这可以说是典型的“唯生产力论”。32
“废井田，开阡陌”是中国土地史上的重大变革。从此以后，土地私有化成为中国历史上最主要的土地所有制度。各朝代也有各种形式的公有土地，但数量上都远不及私有土地。
在古今中外的所有变法或革命中，土地从来都是政治力量与人民进行交换的最重要的筹码。就近世而言，列宁发动苏维埃革命的承诺是“和平、面包、土地”，孙中山推翻帝制的经济承诺是“平均地权”，毛泽东上井冈山宣传“打土豪，分田地”，即便是最近的改革开放，也是以“包产到户”政策率先稳定了农民。商鞅是第一个在土地改革上尝到了甜头的政治家。
要让国民都去种地，就必须堵住其他的出路。商鞅说：“无裕利则商怯，商怯则欲农。”如果工商业没有过高的利润，那么从商的人就没有什么兴趣了，而如果不去经商，那就只有去务农了。在历代治国者中，商鞅也许是最仇视商人及商业流通的一位，他视之为“国害”，并出台了众多限制商业的法令，其中不乏极端之举。下面试列举四条。
其一，控制粮食买卖和矿山国有化。在商鞅看来，只要不允许粮食交易，商人就无从得利，家家必须去种地，由此，粮食产量必然提高，而国家则控制了最大宗商品的定价权和交易权。他把“山泽之利”全部收归国家，这既可以增加国库收入，又阻挡了一条非农的发财之道。按他的说法，把矿山收归国有了，那些不愿耕作、懒惰刁钻、追求暴利的民众就丢掉了饭碗，不得不重新回到田里去种地。33
其二，对工商业坚持重税政策。中国历代思想家，无论哪一学派，一般都主张轻税，唯有商鞅独树一帜。他认为，只有“重关市之赋”——加重商品的流通税，才能让商人产生“疑惰之心”。秦国的租税有多重，迄今已无完整记载，不过商鞅曾提出，大幅提高酒肉的价格，按原价征课十倍的捐税，34由此类推，工商税率之高可以想见。
其三，推行户籍登记，限制人口流动。商业之繁荣，关键在于流通，商鞅深谙其中奥秘，所以，他针对性地出台了几条极其严苛的法令。他下令在全国进行户籍登记，命令百姓不得擅自迁居，这是中国户口登记制度的开端;此外，他还出台法令禁止私人经营旅馆，其目的是严格限制人口的流动。现代社会讲人有“四大自由”，其中之一便是迁徙的自由，然而，中国人的这个权利从商鞅变法开始就受到了限制。
其四，取缔货币，实行以物易物。商鞅对货币抱持敌视的态度——这是古今中外所有计划经济主张者的“传统”。他对货币和粮食有一种很奇特的看法，在他看来，这两者是互相排斥的，“货币活跃了，粮食就萎缩了;粮食丰裕了，货币就没有用了”——“金生而粟死，粟生而金死”。在他变法的二十余年中，秦国一直是以物易物，直到他死后三年，秦国才开始铸币，由此可见，秦国的商业流通在各国之中是非常落后的。
从商品经济的角度来讲，商鞅所推行的这一整套经济变革，与三百多年前的管仲相比，无疑是大大的倒退。但是，这些政策却能在很短的时间里聚集国力，让国民经济充满纪律性，并因专制而产生高效率。《史记》记载：“卒用鞅法，百姓苦之，居三年，百姓便之。”也就是，变法实施之后，民怨沸腾，三年之后，居然大见成效。说到底，这就是专制的力量。
军爵制度：打造出世界上第一个平民社会
许多伟大的独裁者都是理想主义者和爱国主义者，他们有坚定的治国理念，并深信可以造福于他的人民，为了达到目的，他们不惜牺牲或伤害亲人，甚至他们自己。在技术上，他们往往以人民的名义行事，通过裹挟基层民众的方式，对地方政府和既有财富集团进行攻击，以达到利益重构和集权的终极目的。商鞅变法清晰地呈现出了这样的特征。
在花了三年时间把秦国变成一个大农场之后，商鞅推行了著名的军爵制度。
自夏商周以降，中国进入封建制时期，各诸侯分封天下，爵位世袭，形成了一个贵族世代统治的体制。进入春秋末期，平民阶层已隐然崛起，几乎成为一个开放、自由的社会。史载的诸多名将、儒士均为贫寒之士。当代史学家许倬云曾对春秋时期的名士进行过统计，在初期，非贵族出身的寒微之士占总人数的百分之二十，而到末期已占到百分之四十四，如苏秦、张仪等人都是“穷巷掘门、桑户卷枢之士”。到了战国，这一趋势更加明显。比商鞅早二十年左右，吴起在楚国进行改革，就提出“使封君之子孙三世而收爵禄”，王室子孙的爵禄继承只能延续三代，然后就要把封地收归国有，重新分配。吴起因此遭到贵族的嫉恨，终被射杀。二十年后，商鞅再提此议，并且做得更为彻底。
军爵制度的具体政策有两条：第一，“宗室非有军功论，不得为属籍”，收回贵族所有的爵秩，取消特权，重新分配，只有在战场上立下功劳，才能够重配爵秩，列籍贵族;第二，“有军功者，各以率受上爵”，只要有军功，无论贫贱都可以获得贵族的爵秩。商鞅设计了二十个等级的爵位，都以杀敌多少来封赐。
这一军爵制度可谓开天辟地，它彻底抹杀了贵族与贱民的界限，人人可以通过战争获取功名富贵。在秦国，国民只应从事两种职业，一是农民，一是军人，前者“富国”，后者“强兵”，而国家的奖惩便紧紧围绕着种粮之多少和杀敌之多少。这是一种极端务实的、反智的、唯“生产力至上”的功利主义。在商鞅看来，人人种地，则粮多，粮多则生育多，生育多则兵多，兵多则可打仗而得到更多的土地和人口，这些人口去种更多的粮食、生育更多的人口，继续去打更多的仗，如此循环往复，就可实现统一天下的“国家目标”。凡是与这一国策冲突的、相违背的，都是必须禁止的，甚至不能“以功抵过”。35
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