此后，台湾也出版了几本关注蔡元培教育思想的专著，如孙德中的《蔡元培教育学说》[54]，是第一本研究蔡氏教育理论的专书；孙常炜的《蔡元培先生的生平及其教育思想》[55]，附有《蔡孑民先生传略》，内容除讨论蔡元培的事迹、学问、人格和信仰之外，也偏重教育方面的说明；陶英惠编著的《蔡元培年谱》[56]，具开创之功，可惜只编到1916年，下册一直未能出版。英文方面，1977年美国学者戴维翰（William J. Duiker）所著的《蔡元培：现代中国的教育家》（Ts’ai Yuan-p’ei：Educator of Modern China）出版（Pennsylvania State University Press，1977），这本概说式的传记，是目力所及的外文中最早的蔡元培研究专著。
1980年至2000年前后，是蔡元培研究的高产期，也是涌现出大批高质量的研究作品的时段。自1979年起，早年即受蔡氏嘱托编辑著述的高平叔，在蔡元培家属的支持下，又开始着手蔡元培文集的整理工作，并于1984年到1988年间由中华书局出版了七卷本的《蔡元培全集》，收录了蔡元培撰写的专书、论文、小说、序跋、演讲词、谈话录、书信、电文、宣言、译文等，为蔡元培研究奠定了坚实的基础。[57]1984年出版的周天度撰写的《蔡元培传》，详细梳理了蔡氏一生的言论活动，因当时《蔡元培全集》尚未结集，该书多直接引用第一手资料，既使用了当时并未结集出版的蔡元培手稿，又颇注意搜罗报纸杂志上的有关报道，是为蔡元培研究的必读之书。作者充分肯定了蔡元培对北大改革的贡献，认为其“是在高等教育领域内发动的一场革命，是教育制度、教育思想以及学术思想的一场破旧立新的革命”。[58]梁柱的《蔡元培与北京大学》是第一部专门探讨蔡元培与北大关系的著作。作者叙述了蔡氏在北大锐意改革和整顿学校、广延积学与热心的教员、推动学制改革与课程建设等的情形，对他开创学术研究和思想、自由的风气，在新旧思潮的激烈冲突中奋起应战，以及反对军阀政府摧残教育等方面也有相当多的讨论。[59]2006年，梁柱又出版了《蔡元培教育思想论析》一书，专论蔡氏教育思想。[60]
进入1990年代之后，借《蔡元培全集》（七卷本）出版之东风，蔡元培研究又进入高产期。1993年张晓唯的《蔡元培评传》，被收入百花洲文艺出版社的“国学大师丛书”。[61]全书除了叙述蔡氏的学术生涯、生平行谊、为学风范、待人接物的态度以及教育事业外，还着重说明蔡氏的学术贡献，对其著述做了概括介绍，是为此书的一大特色。[62]此外，作者还撰写了《蔡元培与胡适（1917～1937）——中国文化人与自由主义》一书，论述了蔡元培、胡适二人的交谊、文化思想的异同、教育独立之梦、红学之争、政治情结、人际交游与做人风范，透过对比二人的立身行事，更多关注微观上心态的发展与变化。[63]
1994年出版的金林祥的《蔡元培教育思想研究》，是辽宁教育出版社“中国近现代教育家系列研究”丛书之一种。[64]该书在全面回顾蔡元培生平的基础上，分别以专题形式探讨了蔡元培在大学教育、社会教育、女子教育、德育、美育等方面的活动及主张。2004年，作者又以蔡元培的大学教育为中心，系统讨论了蔡元培对北京大学进行改革的思想与实践。[65]
蔡建国的《蔡元培与近代中国》分为上、下两篇。上篇侧重讨论蔡元培早期经历，探讨了蔡氏如何从士大夫转型为新式的知识分子，如何走上反清的革命道路，如何受到日本、德国、法国文化的影响，以及如何开展留法勤工俭学的运动等课题；下篇主要从思想文化层面分析蔡元培与近代中国思想学术界的关系及其意义。此书把蔡元培放在近代中国历史的发展进程中，以专题形式做出研究，从横向和纵向的角度着墨，实为用功之作。[66]早在1984年，作者便编写了《蔡元培先生纪念集》，搜集、整理了散落在当时各大报纸上的纪念性文章，对当时刚刚展开的蔡元培研究多有助力。[67]
1996年，高平叔先生在1980年《蔡元培年谱》（简编）的基础上撰著而成的三册《蔡元培年谱长编》（共四本）由人民教育出版社出版。该年谱共200余万字，史料翔实，考辨严谨，是近代名人年谱代表作品。书前有高平叔先生之自序，记载了从六十年前受蔡元培嘱托编写文集，记录口述自传，到1980年之后开始整理蔡元培遗著，编写年谱等诸多前因后果，也是不可多得的对蔡元培研究史进行详细梳理的作品。
1997年，为纪念蔡元培诞辰130 周年，中国蔡元培研究会在原有基础上进一步搜集整理蔡元培的有关资料，由浙江教育出版社出版了18卷本的《蔡元培全集》。与中华书局版的《蔡元培全集》相比，它增加了报刊资料、以前尚未收入的佚文500多篇，还有蔡元培亲属提供的未刊资料，是迄今最为完备的注释本。[68]1995年台北锦绣出版事业股份有限公司出版《蔡元培文集》，按专题分为14卷。另外，台湾学者孙常炜先生继其《蔡元培全集》之后编著了《蔡元培先生全集续编》。1999年，浙江教育出版社在《蔡元培全集》的基础上，出版了《蔡元培书信集》。书信集增加了新发现的信函，共收录蔡元培信件1671 件，还附录他人致蔡元培的信函201 件。
以北大百年校庆为契机，陈平原在《读书》杂志上连载了有关北大校史的杂说系列，以及发表于其他报章上与北大校庆相关的文章，分别收录于《老北大的故事》和《北大精神及其他》两书之中。作者以“大学故事”的方式来讲北大历史，笔调轻快，行文自如，十分引人入胜。陈平原还与夏晓虹合作编辑了《北大旧事》，并与郑勇选编《追忆蔡元培》等，辑录了时人对北大及蔡元培的评论、追忆，已经成为研究北大与蔡元培的必读之书。与之相似的资料还有1998年浙江教育出版社编辑的《蔡元培纪念集》。该书不仅收录了纪念蔡元培的文章，也收录了蔡元培研究会成立前后的相关报道，以及蔡元培逝世后《大公报》《中央日报》的相关报道，有一定的史料价值。
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