风潮因讲义收费而起，但风潮起后，作为校长的蔡元培却认为“废置讲义费之事甚小，而破坏学校纪律之事实大”。[44]他在10月25日风潮平定后的师生大会上说：
我这一回的辞职，有多数的人都说我“小题大做”。但是我对于十八日的暴举，实在看得很重大。第一，此等蔑视他人人格，即放弃自己人格的举动，虽极无知识的人，犹所羞为，今竟出于大学的学生。第二，尔日所要求的事，甚为微末，很有从容商量的余地，为什要用这种蛮横的手段，显系借端生事，意图破坏。第三，二千几百人中，偶然有几个神经异常的人，不算奇怪，但是最少数人有这种异常的计画，为什么竟有一部分的人肯盲从？为什么其他大多数的人都像隔岸观火？事前既不加纠正，临时又毫无制裁；数千人的社会，其中分子，彼此不相关切如此；将来土崩瓦解的状况，可以预推了。
虽然事后蔡元培也承认对第三条猜测“不免有神经过敏的地方”，但他仍忍不住反问学生：“我回校以后，就能保证本校不破坏么？我一个人有多大能力？本校现正在最困难的地位，不是全校同人齐心协力来维持他，怕的终不免有破坏的一日呵！”[45]语气中似怒气未消，也多少表露了一些心态上的悲观失望。在风潮发生前一周，蔡元培在《北京大学日刊》上发起组织“北大同学会”，希望能以此联络感情，相互提携事业，以求改进校务，更好地服务于社会。[46]当蔡元培满怀希望开始尝试改变北大精神涣散、形同散沙的面貌时，这突发的讲义费风潮无异于“起于内部”的“精神方面”的破坏，对他来说应是不小的刺激。
蔡元培承认，五四风潮之后，他就已经抱了“必退的决心”，但因为“不愿为一人的缘故，牵动学校”，遂加紧评议会等各项制度建设，希望不会再“因校长问题发生什么危险”。当一切已经布置妥当之后，“本来随时可以告退，不过为校中同人感情的牵扯，预备到学期假中设法脱离”。所以，此时蔡元培仍抱有一线希望，虽早已有了“退”的念头，却还未付诸行动。蔡元培在《关于不合作宣言》里还提到，“我那时候觉得北京住不得了，我的要退的意思，已经很急迫了。但是那时候这个案已交法庭，只要法庭依法办理，他们的倒阁目的已达，不再有干涉司法的举动，……可以格外昭明一点，不妨看他一看”。[47]罗文干案交与法庭时间在1922年11月下旬，也就是说，蔡元培大约用了两个月的时间来计划退出。对此，胡适的回忆也可佐证：“蔡先生自去年十月讲义风潮以来，即有去志。他来劝我告假时，曾说自己也要走了，因为不愿在曹锟之下讨生活。……蔡先生去志既决，故于廿五周年开学纪念，大举庆祝，颇有愿在歌舞升平的喊声里离去大学之意。纪念已过去了，反动的政治更逼人而来。”[48]
让蔡元培下定决心的是彭允彝提议对罗文干案再审。蔡元培在向大总统黎元洪递交的辞职启事中表示：
元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安；尤不忍于此种教育当局之下，支持教育残局，以招国人与天良之谴责。惟有奉身而退，以谢教育界及国人。[49]
他在《不合作宣言》中详细解释了辞职的原因。文中开头便说“近年来有许多纠纷的事情，都是由不知退的小人酿成的”，所以“退的举动，并不但是消极的免些纠纷，间接的还有积极的努力”。他说道：
我是一个比较的还可以研究学问的人，我的兴趣也完全在这一方面。自从任了半官式的国立大学校长以后，不知道一天要见多少不愿意见的人，说多少不愿意说的话，看多少不愿意看的信。想每天腾出一两点钟读读书，竟做不到，实在苦痛极了。而这个职务，又适在北京，是最高立法机关行政机关所在的地方。止见他们一天一天的堕落：议员的投票，看津贴有无；阁员的位置，禀军阀意旨；法律是舞文的工具；选举是金钱的决赛；不计是非，止计利害；不要人格，止要权利。这种恶浊的空气，一天一天的浓厚起来，我实在不能再受了。我们的责任在指导青年，在这种恶浊气里面，要替这几千青年保险，叫他们不致受外界的传染，我自忖实在没有这种能力。所以早早想脱离关系，让别个能力较大的人来担任这个保险的任务。[50]
以其人生阅历和经验而言，理应对此举所引发政局之动荡有所预见。蔡元培想要以隐退的方式间接做积极的努力，且早有此意，彭允彝事件是触发其实施辞职的导火索。
据深知内情的胡适回忆，最初是邵飘萍将罗文干再次入狱的消息相告的，蔡元培听后“很愤激”，便与汤尔和、胡适及蒋梦麟商议，不愿在彭允彝之下办教育，决定以辞职为抗议。在汤尔和的建议下，蔡拟定了辞职启事，并即日出京。[51]
蔡元培辞职本有借机对抗军阀政治的目的，邵飘萍也将辞职事件定位为“非蔡校长一人之进退问题，乃北京教育界奋起而与人格破产者战”，不仅关乎北京教育界之荣枯问题，实乃“中华民国全国教育界之存亡问题”。[52]但胡适认为最终结果“殊使人失望”。因为他的本意是极力想把抗议之事放大成“注重政治大题目”，但启事“专以彭允彝为主题”，外间也只注意到彭蔡之争，而“反动势力之卑污，真出人意外”，所以“不但不愿与为伍，并且耻与为敌对”，再加上实际响应的人“真太少了”，更让胡适不由得生出“饭碗的势力可怕，政治知觉的缺乏更可怕”的感慨。[53]
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