大学院及大学区制的设计，是希望将“教育学术化”与“学术研究化”合于一体，以大学与学术作为教育运行之核心，也是蔡元培教育独立之理念由理想渐进于实践的过程。从民国初年写作《对于新教育之意见》，到1922年又作《教育独立议》一文，蔡元培更加明确地提出“教育独立”一说，并在此基础上设计了几项实施办法，其中已经看到大学区制的雏形。具体包括以下几点：
分全国为若干大学区，每区立一大学；凡中等以上各种专门学术，都可以设在大学里面，一区以内的中小学校教育，与学校以外的社会教育……都由大学办理。
大学的事务，都由大学教授所组织的教育委员会主持。大学校长，也由委员会举出。
由各大学校长，组织高等教育会议，办理各大学区互相关系的事务。
教育部，专办理高等教育会议所议决事务之有关系于中央政府者，及其他全国教育统计与报告等事，不得干涉各大学区事务。教育总长必经高等教育会议承认，不受政党内阁更迭的影响。
各区教育经费，都从本区中抽税充用。较为贫乏的区，经高等教育会议议决后，得由中央政府拨国家税补助。[52]
相较于此前对“隶属于政治者”与“超轶于政治者”的区分，此时蔡元培对教育的解释更注重针对中国实际的分析和计划。此后，他又作《湖南自修大学介绍与说明》一文，针对中国的经济情况对各省实施大学区制做出设计，认为在当时的条件下，可以着力发展北京各国立学校、江浙及广东等东南地区的大学，以及山西、四川、云南等西南地区的大学，给这些学校宽裕的经费和设备，使其担负起“一面研究高等学术，一面推行教育事业”的责任。[53]
从其一贯思路来看，蔡元培认为大学应担负起更多的社会责任。担任南京临时政府教育总长之时，民国共和新制初立，政局尚不稳固，他虽有意引领教育界革故鼎新，但难免处处掣肘，教育设想尚未及实施便随内阁辞职。南京国民政府成立之后，蔡元培就任大学院院长，再次获得实现其教育独立理念之机会，其换取之“条件”为宁汉对峙之时支持蒋介石并参与“清党”。[54]对此，蔡元培回忆说：“当时国民政府方以全力应付军事，对于教育事业，尚无具体计划，余与李（石曾）、张（静江）、吴（稚晖）诸先生以教育不可无主管机构，又不愿重蹈北京教育部以官僚支配教育之覆辙，因有设立大学院之主张。”[55]从蔡元培的立场来分析，此时提出改革教育行政，主要是为解决“官僚化教育”问题，希望通过行政上的改革，以“改官僚化为学术”。[56]1923年，蔡元培因“罗文干案”远走欧洲，尽管事隔多年，但仍难挡其对北京教育部腐败的深恶痛绝之感。他在《〈大学院公报〉发刊词》中也曾明确表示：“顾十余年来，教育部处北京腐败空气之中，受其他各部之熏染；长部者又时有不知学术教育为何物，而专鹜营私植党之人，声应气求，积渐腐化，遂使教育部名词与腐败官僚亦为密切之联想。此国民政府所以舍教育部之名，而以大学院名管理学术及教育之机关也。”[57]
蔡元培希望大学院可以具备“学术、教育并重”、“院长制与委员制并用”以及“计划与实行并进”的特点，设定其性质为全国最高学术教育机关，并以“大学委员会”作为审议机构，决定全国教育学术上一切重要事项；同时，另设中央研究院、图书馆、博物院等学术机关。[58]1927年7月4日，国民政府正式公布了《大学院组织法》，将上述设想落实于制度。此后《大学院组织法》分别于1928年1月27日、4月19日及6月30日进行了三次修订，主要是围绕着大学院隶属关系、内部组织结构、下设各部门分工及职责进行了补充。修正后的《大学院组织法》最为实质的变化在于以下几点：第一，明确了大学院的“隶属关系”，规定其“直隶于国民政府”；第二，添设副院长，“分划政务官与事务官，并设立事务官之领袖，使政务官一旦随政潮罢去，事务官仍能继续维持院务”；[59]第三，添设了下设机构，下设秘书处、总务处、高等教育处、普通教育处、社会教育处、文化事业处等。总体来看，大学院在机构名称、设计理念上有所创新，但对比其修改的条文，却愈来愈与教育部的职责相接近。且如此频繁地修正，不论是出于制度初定不够完善，还是因为反对者意见无法迁就，[60]都表明此项改革未能做好准备。
就在大学院紧锣密鼓地着手设立之时，大学区制也逐渐开始试行。1927年7月国民政府公布《大学区组织条例》，并分别于1928年1月27日、5月3日、12月11日公布了《修正大学区组织条例》。有学者将大学区制的特点归纳为四点：第一，教育区域与普通行政区域不必一致；第二，大学校长兼管全区教育行政；第三，教育行政与研究联合进行；第四，教育行政之评议与执行分立，而以校长总其成。[61]大学院与大学区制互为配合，关于两者之关系，教育部提交的提案中有详细说明：
鉴于吾国年来大学教育之纷乱，与一般教育之不振，其原因固属多端，而行政制度之不良实有以助成之，大学教员勤于诲人者已不多得，遑论继续研究，欠薪累累，膏火不继，图书缺略，设备不周，欲矫此弊，谓宜注重研究之一端。凡大学应确立研究院之制，一切庶政问题皆可交议，以维持学问之精神，此制度之宜改良者一也。一般教育之行政机关，簿书而外，几无他事，其所恃以为判断之标准者法令成例而已。不问学术根据之如何，于是而与学术最相关之教育事业，亦且与学术相分离，岂不可惜。谓宜仿法国制度，以大学区为教育行政之单元，区内之教育行政事项，由大学校长处理之；遇有难题，得由各学院相助以解决之，庶几设施教育得有学术之根据，此制度之宜改良者又一也。[62]
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