吴稚晖也解释过大学院与大学区制之间的关系：
现在我国试行大学院制，本意欲将教育变为学术化，使行政为其附属之一事。……大学院制乃全国止有一大学院为主校，于是分区设立大学，为其一种分校；由区大学分设中学、小学等，为其第三种、第四种等之分校。即以旧日教育部、教育厅、教育局之行政事务，附属于大学院及大学、中学等，以便与政府亦有联络。目前大学院虽有研究院等之设施，但因经费问题，及高等专门人才，尚多为国家社会所需用，为进一步之研究者，人数尚少。故主校设立课程问题，尚需时日。惟旧日教育部转来之行政事务，不能不先行成立。[63]
在大学区的设计中，大学校长是大学区制度的核心，不仅要引领发展学术，也负责区域教育之行政。从其实际运行而言，大学校长之责任与权限均被放大，但在制度上缺少相应的监督与制衡。大学学术运行之规则是否可以用来作为不同阶段教育的标准，并不只是理念层面的问题，更多是与具体实践层面的问题相关。比如，在学制上，大学虽与中小学相衔接，但此前联络毕竟有限，基本上还是各自为政。大学区制的试行，实际上把中小学原有之权力架空，自然触动部分群体利益，引发不满。自中央大学区改革之日起，反对之声就未曾停止。在此过程中，各方围绕校名的确立、经费的分配以及人事安排的争斗甚是激烈。[64]其中反对之声最为响亮的是由南京、上海等地部分中学组成的中央大学区中等学校联合会。1928年6月，他们上书国民政府，详述五大弊端，历陈“一年来身经之痛苦”，呈请变更大学区制。[65]
大学区制风潮不断，也使推行该项试验的大学院颇受诟病。1928年8月14日，中央执行委员会经亨颐、郭春涛等在五中全会上公开向大学院“开炮”，认为其不称“国民政府教育部”，而名“中华民国大学院”是“不伦不类”，冠以“中华民国”字样，其意究竟隶于国民政府，抑或独立于国民政府之外？并建议废止大学院，重新设立教育部。[66]对此，蔡元培也公开承认大学院与从前之教育部无大分别，对于五中全会提议改回教育部之事当听大会解决，并无成见。[67]两天后，蔡元培又与李石曾就设立北平大学区事发生冲突。此事对蔡元培刺激颇大，翌日即递交辞呈辞去本兼各职并于当日即离开南京。此后虽经国民政府多次慰留，但其去意坚决。10月3日，中央政治会议批准蔡元培的辞职，并宣布蒋梦麟为大学院院长。19日，中央政治会议改任蒋梦麟为教育部部长。23日，国民政府正式明令大学院改为教育部，附设于行政院。大学院一切事宜均由教育部办理。存在仅一年有余的大学院寿终正寝。至1929年6月17日，国民党三届二中全会第四次会议议决由教育部定期停办试行大学区。[68]
有学者认为，大学院与大学区所经历的曲折是一种“象征”，从中可以观察“‘国家’是如何对教育与学术进行渗透”，其失败的部分原因是“将教育与学术纳入政权建设框架的需要”[69]“教育”历来都是一种稀缺资源，更代表着一种特权。对于刚刚建立起来的新政权来说，谁能代表国家行使管理教育之责也变成了各方争夺权力的目标。
第二节 蔡元培与北平大学区风潮
蔡元培自1926年回国后将大部分精力投身于新政府的组建工作，但大学院院长之职仍使其难以隔断与教育学术界的密切关系。北伐军克复北京之后，蔡元培本有意重长北大校印；北大师生也为此事积极筹划。众人皆以为复校有期，可再现五四辉煌，却被卷入了从改名中华大学到试行大学区制的风潮之中。
蔡元培虽曾热心筹划大学区制，却也认识到了浙江、江苏两地的大学区在实际运行中的重重危机，并不赞成继续北平的试验。但李石曾一派意欲通过推行北平大学区改革，重组各校资源，以控制北方教育界。蔡、李两系之龃龉逐渐公开化，也一度影响到时人对蔡元培的评价。蔡元培在其中扮演了相对被动的角色，不仅对社会质疑之声少有公开的说明，绝大部分时间都以沉默对之，即便是对甚为投契之旧友故交的回复也只有寥寥数语，甚少坦露内心世界，给重组这段历史带来了很大困难。
有关改名中华大学的冲突及后续的北平大学区风潮问题，研究者大多从教育制度变革历史及民国教育界派系之争角度进行讨论，[70]而对蔡元培在北平大学区风潮中的行为表现与心态变化，以及与1930年代前后多变的政局之间的关联尚缺乏解释。若从蔡元培一贯的言行来判断，从内心而言，其并不愿卷入任何派系之争，但蔡李之争已成不争之事实。北大师生在复校运动中曾多次明确提出蔡元培回任校长之要求，但与此前蔡元培辞职后的慰留相比，北大内部师生之间、学生之间均发生了分化，力邀其回校的出发点亦更趋复杂多元。此时，蔡元培虽然仍取其不合作主义的应对方式，且同样规劝学生不要因参与过多政治运动而荒废学业，但其也正因此被逐渐视为保守和落后的代表，也使得部分学生转到批判蔡元培的立场上。北大成就了蔡元培之盛名，他虽曾流露出重回北大之意，但对处在旋涡之中的蔡元培来说，北大却已变得“回不得”和“回不去”了。
一 从中华大学到北平大学区
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