尽管如此，蔡元培为了保护北大，还是做了一些妥协，如在1919年3月1日，召开评议会通过《文理科教务处组织法》，决定暑假后实行“文理合并，不设学长，而设教务长”，其目的就在于变相免除陈独秀学长职务，以保护陈和北大免受攻击。
二、反动当局的镇压。
杜亚泉和林纾都提出了依靠强权镇压新文化派的要求，说明保守势力在无力抵抗进步势力发展时，都会乞求反动势力的帮助。
林纾的丑行在受到蔡元培、陈独秀等人的揭露和批判后，一面不得不写信给各报馆，“承认他自己骂人的错处”，一面却做“伟丈夫”主子的工作，“想藉重武力压倒新派的人”。同时，他又去“运动他同乡的国会议员，在国会里提出弹劾案，来弹劾教育总长和北京大学校长”，[158]并且要求教育部解聘陈独秀、胡适、钱玄同等新文化派教员。安福系议员张元奇果真提出了这个弹劾案。大总统徐世昌也召见蔡元培，施加压力。国会虽慑于学生和公众舆论强烈反对，最终没有通过这些弹劾案，但是，1919年春，政府将出面干涉的流言却颇为盛行。所以，有人认为如果不发生“五四事件”，北京大学和其他大学的新思想运动，很可能将会受到军阀政府的镇压。五四发生后，政府虽然穷于应付运动和外交，还是把陈独秀、李大钊等人以“过激派”的罪名，上了黑名单，进行监视，所以，陈独秀在6月9日上街散发传单时即被逮捕。学生被逮捕，一般营救，即被释放，而他被捕后，虽经各种势力特殊营救，却被关了三个多月，而且出狱后还被监视，说明在反动当局眼中，他的确成了“洪水猛兽”。
三、谣言杀人。
自从杜亚泉、林纾等保守派攻击新文化运动，并发出政府干涉的要求后，社会上就开始流行中伤陈独秀等人的谣言，居心不良者还添枝加叶，扩大和制造谣言。其中最恶劣的是两个。
第一个谣言是说陈独秀、胡适、钱玄同等新派教员，已经被北京大学驱逐。此谣言首先出自北京大学法科学生张厚载之口。此生在军阀徐树铮办的立达中学读书时，是林纾的学生，进入北大后还兼做保守派报纸《神州日报》的通讯记者，还做林纾的情报工作，收集陈独秀、胡适等新文化派人物的言行和私德方面的诽谤性材料，提供给林纾和报刊。他本人因崇尚旧文化，酷爱旧戏，与主张废除宣传封建迷信、旧道德的旧戏的新文化派陈独秀、胡适、钱玄同、刘半农等严重对立。早在1918年6月15日，陈独秀在答复张厚载用化名写的来信时，对于张说的旧戏有“隐寓褒贬”作用，就斥之曰：“夫褒贬作用，新史家尚鄙弃之，更何论于文学学术？且旧剧如‘珍珠衫’、‘战宛城’、‘杀子报’、‘战蒲关’、‘九更天’等助长淫杀心理于稠人广众之中，诚世界所独有，文明国人观之，不知作何感想”；“至于‘打脸’‘打把子’二法，尤为完全暴露我国人野蛮暴戾之真相，而与美感的技术立于绝对相反之地位”。[159]陈独秀等新文化派的这些主张自有一些道理，但旧戏的这些缺点，可以通过改革消除，而增强其进步的教育民众的一面。但过激的思想，促使他们提出了“废除旧戏”的革命主张。对于演剧和歌曲，胡适甚至主张“废唱而归于说白”（即话剧）。张厚载对此恨极，寻机报复。现在沉渣泛起，围攻新文化派，他一面把其中学时的老师林纾写的造谣小说《荆生》、《妖梦》转寄《新申报》发表，一面自己向《神州日报》提供歪曲材料，说陈独秀等思想激烈，受政府干涉，陈已经被迫辞职，蔡元培也不否认，等等，在社会上造成广泛影响，也给北大很大压力。谣言不胫而走，北京、上海各地，大家都信以为真，于是进步人士纷纷在各报上发表评论，对国立大学教员因在《新青年》、《新潮》等出版物上发表创文学革命之论而被驱逐之事表示谴责，指出“思想自由，讲学自由，尤属神圣不可侵犯之事”，政府不当干涉。虽是谴责政府，但反过来，又扩大了谣言。
陈独秀对于来自政府的压迫和谣言的中伤，甚至对于新文化运动可能失败的前途，是有思想准备的。他在1919年新年号《新青年》发表的著名文章《〈新青年〉罪案之答辩书》中，一开头就说：
本志经过三年……所说的都是极平常的话，社会上却大惊小怪，八面非难，那旧人物是不用说了，就咶咶叫的青年学生，也把《新青年》看作一种邪说，怪物，离经叛道的异端，非圣无法的叛逆。本志同人，实在是惭愧得很；对于我国革新的希望，不禁抱了无限的悲观。
这里，他无意中已经暴露出对新文化革新事业前途的动摇，表明他对中国革命道路的探索，将发生新的转折。但是，在新道路找到以前，他对于民主和科学救中国的信念依然十分坚定，指出反对本志的人：
他们所非难本志的，无非是破坏孔教，破坏礼法，破坏国粹，破坏贞节，破坏旧伦理（忠孝节），破坏旧艺术（中国戏），破坏旧宗教（鬼神），破坏旧文学，破坏旧政治（特权人治），这几条罪案；这几条罪案，本社同人当然直认不讳，但是追本溯源，本志同人本来无罪，只因为拥护那德莫克拉西（Democracy）和赛因斯（Science）两位先生，才犯了这几条滔天的大罪。
为此，他表示：
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