富士川之战后，源赖朝的势力越来越大。他定下策略，先经营关东，不急于向京都进军。按照计划，源赖朝一步一步平定了关东八国，获得了关东大批的土地。他把这些土地分配给效忠他的武士，使得这些武士紧密地团结在以镰仓为核心的源氏政权周围，成为源赖朝的御家人2。
为了管理这些御家人，源赖朝专门设立了一个叫侍所的机构，任命亲信为最高长官。实际上从这时开始，镰仓幕府的雏形就已经形成了。
平清盛火烧三大寺
源赖朝崛起之后，平家已经是危机四伏。平清盛英雄暮年，更是昏着迭出，完全不顾源氏武士、皇室、公卿贵族、南都佛教都反对他的不利局面，非得弄得连老百姓也反对他不可。
据说平清盛为了巩固自己的地位，挑了三百多个半大小子，潜入大街小巷，专门搞舆论监督，探听有没有人在说平家坏话。这些半大小子仗着平清盛的威风，披着短发，穿着奇装异服，每人手里拿枝梅花，胳膊上架着一只鸟，甚至出入皇宫都不报姓名，在街上更是横行霸道。不论是谁，一旦被他们抓住一点儿把柄，就会被抓去拷问，简直跟明朝的东厂和西厂有些类似。
一时间，京都鸡飞狗跳，老百姓个个惶恐不安，惹得京都民怨四起。富士川之战后一个月，平清盛下令迁都，要把京都迁到他的老根据地福原。后白河法皇、高仓上皇和安德天皇都接到了强迁令。
平清盛跟宋朝的贸易，就是以福原为主要港口，护佑平家的严岛神社也在这个地方。平清盛考虑如果跟源氏决战，必须依靠福原提供给养。更为重要的是，福原是天然良港，平家海上势力强大，而源家陆军强大。平家善乘舟，源家善骑马。迁都福原更能发挥平家的海上军事优势。
这个设想虽然不算太离谱，但是具体操作起来谈何容易。天皇家毫无思想准备，莫名其妙地被平家武士驱赶着，放弃了花团锦簇的京都，一路远去萧瑟荒凉的福原。更何况事出仓促，匆忙迁都，以至于天皇的宫殿都还没有建造好，只能暂用平清盛在福原的住所代替。
由于福原的基础设施建设跟不上，再加上比叡山延历寺的和尚施加了压力，要求把都城迁回来。于是，迁都半年之后，首都又迁回了京都，劳民伤财，引起了上上下下很大的不满。一般看日本历史的人，以为从公元794年桓武天皇迁都平安，到1868年明治天皇定都东京，其间将近一千一百年，日本的首都都在京都，其实有半年在福原。
回到京都之后，平清盛又把矛头对准了他的一个心腹大患。当初以仁王举兵的时候，奈良的三井寺、兴福寺这些南都的寺院，曾经大力支持过以仁王。兴福寺势力庞大，平清盛本来是希望能够和平解决。没想到寺里的僧兵抓了平清盛手下六十多人，还砍了脑袋。
平清盛一怒之下，派平重衡为总大将，率军四万杀气腾腾直奔兴福寺。兴福寺僧兵集中了七千多人抵抗。平家军人多势众，占了上风，南都僧兵虽然尸横遍野，但是信仰坚定，死战不退。为了打破僵局，平重衡下令火攻，大火一起，把东福寺、东大寺、兴福寺全部烧毁，东大寺和兴福寺甚至烧成了一片白地，总共烧死了三千五百多人。
这在日本历史上是前无古人、无法无天的行为。佛教自从传入日本之后，一直非常受重视。桓武天皇之后更是以佛教为国教，一直到明治维新，一千多年以来，日本的公卿贵族包括老百姓都是把斋茹素的，顶多吃点儿海产品，只有猎户之类从事贱业的人才吃肉。即便是在战场上杀人不眨眼的武士，平时也是吃素的。平家现在竟然胆敢火烧寺庙，行如此人神共愤之事，当时的很多人认为平家必然会遭到报应。
果然，火烧南都寺庙之后，报应就来了。治承五年(1181年)初，平清盛的女婿、一向支持平家的高仓上皇去世。过了一个月，平清盛也得了重病，临死时留下遗言：“我自从保元、平治以来，屡次荡平朝敌，作为天子的外祖父，进位为太政大臣，位极人臣，荣华富贵延及子孙，我没有遗恨。唯一的不足之事，就是没有见到伊豆国的流放者源赖朝的首级。我死之后，不要给我建造坟塔，也不要给我供养，只要派讨伐军斩了赖朝的首级，挂在我的坟前，就是最好的贡献了。”
交代完这件事之后，一代枭雄平清盛在京都去世，享年六十四岁。
放弃京都去西国
平清盛死后，平家进入灭亡倒计时。
给平家第一场重大打击的不是源赖朝，而是源赖朝的一个堂兄弟源义仲。源义仲在源家战败之后，潜伏到木曾的山谷里，躲避平家的追杀。他的父亲是源赖朝的叔叔源义贤，源义贤被自己的亲侄子、号称恶源太的源义平所杀。由此可见，源家一直以来就有骨肉相残的传统，一直到镰仓幕府建立之后，依然保留着这一特点。
源义仲在山里隐姓埋名过了二十年，最终还是暴露了身份，索性一不做二不休，纠合乡党，明目张胆地奉了以仁王的令旨，响应堂兄源赖朝，正式拉起了反旗。二十七岁的小伙子源义仲，勇不可当，由木曾出发之后，所向披靡。
第二年6月，平家派了大军前来征讨，结果横田河原一战，被源义仲杀得几乎片甲不留。平家当时能够领兵上阵的大将已经不多了。平维盛再次出任总大将，调集各地大军十余万，浩浩荡荡开进北陆道，意欲一举荡平源义仲，重振平家威风，继而剿灭源赖朝，以雪富士川战败之耻。
源义仲在俱利伽罗山麓接战，利用夜袭，使用中国战国名将田单的火牛战术，直捣平家大营，杀得平家军鬼哭狼嚎，跌落到山涧中摔死的不计其数。十余万大军损失了三分之一，平家很多勇将也丧生于此役。
平维盛旧耻未雪，又添新败，中兴平家之梦，断灭俱利伽罗山麓，只好再次使出看家本领，一路溃逃。源义仲带领五万大军，紧追不舍，追至筱原，再破平军，一路乘胜直捣京都。京都附近的僧兵们，为了报复当年平家的烧杀，纷纷响应，义仲的声势更是浩大。
满朝文武公卿十分震恐，后白河法皇紧急召集会议，商讨对策。源赖朝早在占据了镰仓之后，就曾经给平清盛的弟弟平赖盛写了一封信，向平家求和。同时也上了一道奏折，希望天皇能主持源平二家讲和，共同辅佐王室。可惜平家把源赖朝的乞和看作是软弱，一口回绝了。到了此时，法皇只好旧话重提，源义仲要打过来了，咱们怎么办?唯一可行之道就是赦免源氏的罪恶，源平讲和，共佐王室。
但是平家咽不下这口气，此议再次作罢。源义仲大军直奔京都郊外的比叡山下，眼瞅着京都不保。此时平家的主心骨平宗盛一看大势已去，召集族人，表示要带着后白河法皇和安德天皇一同到西国避难，徐图再举。平宗盛的弟弟平知盛劝哥哥说：“万万不可如此，我们平氏本来就是皇族后裔，八世为武臣，不能退让，宁可决战于此，刀折矢尽而后已。”平宗盛的两位叔叔也认为不能放弃京都。
平宗盛一意孤行，执意退守自己的总根据地西国。行前派人去请法皇，不想法皇狡诈，早已不知所踪。他只好带着小天皇、皇太后——也就是自己的妹妹平德子，带着三件神器和族人西去了。
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