叶赫部蒙受了惨重的损失，倍加警惕，时刻备战，以致居无宁日，时有危机之感。为此，锦台什贝勒便向明廷申诉说，努尔哈赤已经吞并了哈达、辉发、乌拉三部，今天又向我叶赫部进攻，若是削平我部，将向辽沈进兵，取辽阳为都城，夺开原、铁岭为牧场[7]。万历皇帝得知后，看到近年以来，建州兵席卷南关，蚕食辉发、乌拉并及北关叶赫部，又勾引蒙古宰、煖，群驱女真各部，耕牧于南关哈达部旧地，不断地向汉区推进，确有图取开原的势头。因此，派遣使臣警告聪睿恭敬汗努尔哈赤，不许侵犯叶赫部。
正在叶赫部紧张的时候，喀尔喀蒙古也发兵掠夺叶赫部，使叶赫部众饥馑，纷纷逃奔建州部，连锦台什的从兄也投奔聪睿恭敬汗努尔哈赤去了，以致叶赫部出现大有一朝瓦解之势。聪睿恭敬汗努尔哈赤对于前来投奔的叶赫部人，尽心抚慰，给予耕牛，拨发种子。明廷见叶赫部可能瓦解，便急忙采取措施，贷给叶赫部豆、谷千石，供给大锅六百口，任命游击官马时楠、周大岐等带领枪炮手一千人，分别驻守叶赫部的东西二城。这样，叶赫部的人心才稳定下来[8]。聪睿恭敬汗努尔哈赤见明军驻守叶赫部，形势对自己不利，便放弃了攻取叶赫计划，送书给抚顺游击，申诉出兵讨伐叶赫的理由[9]，以解边将的“疑惑”。
万历四十三年(公元1615年)五月，叶赫布扬古贝勒，把妹妹许婚给蒙古煖免的儿子蟒古儿大，并捕捉建州六个人。明廷警告布扬古这样做不利，布扬古却不听劝告。同年七月，聪睿恭敬汗努尔哈赤乘叶赫老女与蒙古成婚的时候，发兵三千，屯驻南关旧地，摆出一副厮杀的架势。明廷见形势危急，便多方调兵，进行调解，努尔哈赤为形势所迫，只好暂时息兵[10]。
聪睿恭敬汗努尔哈赤攻打叶赫部时，遇到了明廷的强力千涉，并派军队替叶赫守城。这时，统一战争的关键已经不是简单的征讨叶赫部的问题，而是转变为如何对待明廷的问题了。聪睿恭敬汗努尔哈赤虽然眼睛盯着北关叶赫部，想一口吞下去，但又恐怕官军干涉。若长驱深入明境，攻城略地，又恐怕叶赫抄其后路，难于收拾，颇有后顾之忧。因此，不得不暂时放弃攻取叶赫部的计划，尽力与明军周旋，以求进取[11]。事实上，聪睿恭敬汗努尔哈赤这时已经垂涎辽沈了[12]。
自从万历十五年(公元1587年)，努尔哈赤于佛阿拉宣布“定国政”，建立女真国以来，到万历四十四年(公元1616年，天命元年)的近三十年间，建州的生产得到了很大的发展，女真各部空前统一，领地不断扩大，财富迅速集中，奴隶制国家机器日趋完善，阶级对阶级的统治关系更为明显，作为国家组织形式的八旗制度已最后确立起来。
聪睿恭敬汗努尔哈赤所以成为一位民族的领袖，就在于当女真社会进入关键的发展时期，他能以自己的远见卓识，扫平了前进道路上的障碍，为女真社会继续发展铺平了道路。在他进兵辽沈的前夕，确立了八旗牛录制度为国家的组织形式，正是为满族的进步与发展找到了比较合适的体制。万历四十三年(公元1615年)，聪睿恭敬汗努尔哈赤进一步充实、完善化了建州的奴隶制国家体制。除原有的每个牛录设立牛录额真以外，又下设两个代子(即daise，为牛录额真的处手)，四个章京(即ang
gin，原是武职官，现管乡村诸事)，四个村领催(即bosoku,译作拨什库，管文书事)。四个章京将牛录中的三百壮丁，分屯四处。规定每个章京下属的人，无论有什么事，去什么地方，都在四个章京的统管下，四屯的人计议而行，有事同办，远行同出[13]。四个章京具体管理三百壮丁，就地生产，或耕或猎都有定制，行军打仗自备糇粮、器械。这样，牛录制度既理行政，又管生产，兼辖行军打仗，成为兵民合一的社会组织。牛录制度本身的系统化、完善化，为满族八旗制度的完善与发展奠定了牢固的组织基础。它是建州奴隶制国家的基层单位和社会组织细胞。
随着以聪睿恭敬汗努尔哈赤为代表的建州奴隶主贪欲的扩大和女真各部统一战争的发展，奴隶主中央集权制日益加强，向牛录制度更高一级的组织发展和系统化。在完善牛录组织的同时，聪睿恭敬汗努尔哈赤下令将五个牛录编作一队，组成一个甲喇(满语为jalan，汉译为扎兰)，甲喇的主管人叫做甲喇额真(即jalan
ejen)。再把五个甲喇编作一队，组成一个固山，固山就是旗，旗主叫做固山额真[14]。固山领真下设左右手，叫做梅勒额真。初设四个固山，即四旗，旗色为黄、白、红，蓝四色。万历四十三年，除四色以外，又将四色镶了边，即黄、白、蓝色镶红边，红色镶白边。每个旗帜二幅，长二尺，旗杆以竹或木料做成，高为一丈八尺。黄旗是汗旗，红、蓝、白是贝勒旗。每色旗都有一面画龙，龙色各随旗而异[15]，总计八旗，每旗各设一个固山额真统领。
八旗制度初设的时候，八固山都由聪睿恭敬汗努尔哈赤及其子、侄统领。汗统两黄旗，大贝勒代善统两红旗，余下的由莽古尔泰、阿敏统两蓝旗，皇太极、阿济格统两白旗。所以，八旗制度建立的初期，都有旗主贝勒统管，具有鲜明的家族统治的性质。
万历四十三年，聪睿恭敬汗努尔哈赤所建立、并完善化了的八旗制度，处于满族八旗牛录制度发展的历史转变时期，即是由部落联盟、牛录制度，最后向八旗牛录制度的转变时期，而在此以前的一段时期，部落联盟的首领或部落首领还起着相当的，甚至是主导的作用，一切活动都以部落为单位。因此，万历二十四年(公元1596年)，各部的农业生产仍然是“酋长掌治耕获”。战时，还是以部落为战斗单位，以大将为一军之长，并没有以牛录，更没有以固山之类的名义行军作战。向东海派兵时，以扈尔汉或额亦都等名义出征。凡是征调人员，都按部落出兵，万历三十七年(公元1609年)，聪睿恭敬汗努尔哈赤想再次讨伐叶赫部时，就征调了洪丹部落、土乙其部落、于伊昏部落、同可母部落、朴可部落等[16]。万历四十三年以后就不同了，以“固山”、“牛录”为战斗单位的情况，频载于史，完全居于主导地位，八旗牛录制度作为满族奴隶制国家存在的形态已经形成或最后确立了。
万历四十三年末，聪睿恭敬汗努尔哈赤进一步整顿国政，建全官制。设立听讼大臣五名，扎尔固齐十名。凡是有听讼的事，先经扎尔固齐审理，再上达五大臣复审，五大臣审后，上告众贝勒。若是事小，不是生杀予夺等重要案件，众贝勒均可结案。凡是重大案件必须上报给聪睿恭敬汗努尔哈赤。审理大案时，汗坐在大殿上，令讼者跪在下边。案中诸情，汗都一一详问，准许被审的人申辩。最后，汗据实而断，分清是非，辨别曲直，将事情的表里剖析明白。
五大臣、十扎尔固齐以下，设立判官四十员。荐举办事大臣八员，任务是专门守城和兼管乡间的事务。又委派十六名大臣管理仓粮，并配给八名巴克什，协助记录谷物数量等情况。至此，军事、听讼、理财、行政等国家管理机构已经具备了相当的规模[17]。
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