年少的康熙帝这时已认识到，让鳌拜继续专权，给清帝国带来的后果将是严重的。于是康熙帝就在鳌拜一手制造更换旗地事件的第二年，也就是公元一六六七年(康熙六年)，便毅然开始亲理政事。这一年，康熙帝方才十四岁。
当时，辅政大臣中的苏克萨哈看到康熙帝既然已经亲政，便要求辞去辅政大臣的职务，交出权力。诡计多端的鳌拜不愿仿效苏克萨哈交出权力，便罗织罪名，诬陷苏克萨哈的辞职是“背负先帝”，“藐视冲主”，“心怀异心”，要将苏克萨哈斩首抄家。当时，由于鳌拜还把持着很大的权力，致使刚刚开始亲政的康熙帝无法更改鳌拜的决定。结果苏克萨哈还是被判处了绞刑，含冤死去。在苏克萨哈死后的两年多时间里，鳌拜的权势更加膨胀。与此同时，康熙帝与鳌拜之间的矛盾也日趋尖锐化。
到了一六六九年(康熙八年)，十六岁的康熙帝在政治上已逐渐成熟，终于与鳌拜进行了摊牌斗争。
年轻的康熙帝首先以下棋为掩护，将亲信大臣索额图等召进宫来定下计谋，然后突然召见鳌拜入宫。当鳌拜和往常一样有恃无恐只身走进宫时，康熙帝出其不意历数了他的结党营私、图谋不轨等罪行，并喝令左右将他拿下去!这时，预先埋伏好的十几名精于摔跤的布库少年，一拥而上，将鳌拜捆翻在地。接着又以迅雷不及掩耳之势，将他的心腹党羽一网打尽。鳌拜所犯罪行有三十条之多，最初被判处死刑。据说不久他请求晋谒康熙帝。当康熙帝降恩召见时，他请年轻的皇上看了他为搭救清太宗而在自己身上留下的伤疤，因此康熙帝赦免了他的死刑，改判无期徒刑。后来，鳌拜在服刑中结束了一生。
康熙智擒鳌拜，是其政治生涯中的一个转折点。此后，他宣布永停圈地，平反苏克萨哈冤案，举行“经筵”讲座，颁布“圣谕十六条”，复改内三院为内阁。为了避免鳌拜专权的历史事件重演，不断削弱诸王旗主的势力，使曾经左右军国大事的议政王大臣会议形同虚设。到公元一六七七年(康熙十六年)，又设立了南书房以压抑内阁权力，从而进一步强化了中央集权。总之，在清除鳌拜之后，康熙帝开始处于强者的地位。正如康熙帝自己表述的那样：“今天下大小事务，皆联一人亲理”。从此，清代的历史，在康熙帝的统治下，翻开了新的一页。
二 平定三藩
在智擒鳌拜后的第四年，也就是公元一六七三年(康熙十二年)，终于爆发了“三藩”武装叛乱事件。这对当时年仅二十岁的康熙皇帝的治国才能，是一个严峻的考验。
这里所说的“三藩”，是指因带领清军入关、镇压农民起义起家，被清初统治者封为平西王并留镇云南的吴三桂;因较早降清并镇压农民起义，被封为平南王而留镇广东的尚可喜;以及明朝降清将领的后裔——承袭了祖父耿仲明和父亲耿继茂靖南王爵位并留镇福建的耿精忠。
这三个地方割据势力，在军事上各拥重兵。其中耿精忠、尚可喜各有兵力十五佐领及绿旗兵各六七千。吴三桂拥有五十三佐领和绿旗兵一万二千，超过耿、尚兵力的总和。在政治上，他大搞独立王国，结党营私，例如在云贵地区收揽党羽，树立山头，并将知县以上的官吏百计罗致，为私人服务。在这个地区里，凡他任命的官吏将佐，不受中央吏部和兵部的控制。在经济上，他垄断了地方财权。例如在云南“广征关市，榷税盐井、金矿、铜山之利”，还“招徕商旅，资以藩本，使广通贸易，殖货财”，财政收支户部不得过问。同时，他还大肆兼并土地，不仅将云南明代黔国公沐氏的田庄全部据为己有，还将已归农民耕种的明代卫所军田占为己有。而分别留镇福建和广东的耿精忠和尚可喜，在各自的控制地区里，也有类似的劣迹。如耿精忠“以税敛暴于闽”，尚可喜“令其部人私充盐商，据津口，立总店”，在广东大发横财，就是很明显的例子。
早在鳌拜专权时期，康熙帝已经注意到这个问题，等到清除鳌拜之后，康熙帝更是把这种危及国家安定的割据分裂势力视为心腹大患，密切注视着事态的发展，并在积极寻找解决“三藩”问题的有利时机。
到了一六七三年，一个撤藩的有利时机，终于来到了。这一年，尚可喜因年事已高，便上疏要求回辽东养老，并请求让他的儿子尚之信继承平南王爵位，仍留镇广东。年青的康熙帝抓住这一时机，只同意尚可喜回辽东养老，不同意尚之信留镇广东而决定撤藩。康熙帝决定撤藩的消息很快传到了云南和福建。吴三桂和耿精忠为了试探康熙帝的真意，先后都耍了表面上打报告请求撤藩，而暗地里却调兵遣将准备叛乱的花招。当康熙帝收到他们要求撤藩的报告后，群臣议论哗然，多数大臣担心撤藩会惹出大祸。康熙帝则断然指出：“吴逆蓄谋久，不早图之，养痈成患，何以善后了况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之”。于是下令同意吴三佳、耿精忠同时撤藩。吴三桂在摸清了康熙帝的真正意图后，便在一六七三年十一月率先举行叛乱，自称“天下都招讨兵马大元帅”，杀了清朝派驻云南的重要官员。一六七四年三月，耿精忠响应吴三桂，在福州起兵叛乱。一六七六年二月，尚之信也在广东起兵响应叛乱。再加上其他与吴三桂素有联系的汉族将领也纷纷叛乱。一时之间，战火几乎燃遍了半个中国。
当吴三桂在云南昆明发动军事叛乱的消息，十万火急地传到北京之时，满朝文武大臣为之震惊。其中，只有少数人坚决主张平叛，而大多数人或主张“以德服人”，不要动武，或主张恢复三藩的权力，杀掉同意撤藩的官员，向吴三桂让步。更有甚者，如西藏达赖喇嘛五世，竟向康熙帝提出了“裂土罢兵”，承认分裂割据的合法化。在这种复杂的形势下，康熙帝力排异议，断然决心武力平叛。尽管在“三藩”叛乱的战幕刚刚揭开之时，吴三桂依仗其雄厚的兵力东进贵州、湖南，北攻四川、陕西，在军事上取得了一时的优势。但是，康熙帝在平叛战斗中，表现了卓越的指挥才能：一是集中力量打击吴三桂。具体措施是处决吴三桂留在北京的长子和孙子，以表示平叛的决心，同时下令停撤平南、靖南二藩以孤立吴三桂。二是建立后方军事基地。具体措施是选定山东的兖州和山西的太原作为集结兵力的进击基地，妥善处理北京的奴仆起义，不使矛盾激化。三是阻止吴三桂的军队渡江，具休措施是调遣八旗劲旅守住湖北荆州。四是切断吴三桂与耿精忠的军事联系，具体措施是派兵进入江西，预防吴、耿两军在江西会师。五是千方百计稳定西北局势，具体措施是先以优势兵力击败陕西的王辅臣，然后恢复他的官爵，授予他靖寇将军的荣衔，仍让他的部队驻扎在陕西汉中地区。尽管王辅臣其人一再叛附不定，但最后还是将他争取了过来，从而消除了“三边动摇，势难猝定”的后顾之优。因此，当战争进行到公元一六七六年年终时，康熙帝便扭转了战机，稳定住西北局势，粉碎了吴三桂的湖南防线，并取得耿精忠、尚之信先后降清的一系列军事胜利。从此以后，吴三桂陷入了军事上的孤立。到了公元一六七八年(康熙十七年)，每况愈下的吴三桂孤注一掷，在湖南衡州(今衡阳市)称帝，几个月后死去。不久，他留下的部队便在清军的强大攻势下败退到昆明。清军从湖南、广西、四川进入云南并包围了昆明。吴三桂的孩子吴世璠进行顽抗，到了公元一六八一年(康熙二十年)底，清军将领赵良辅率部攻下了昆明城，吴世璠自杀。至此，前后历时达八年之久的“三藩”之乱，遂告平定。这一年，康熙帝方才二十八岁。白晋所写的《康熙帝传》在描写康熙帝平定三藩之乱期间的劳累情景时说：“他为掌握叛乱的全部情况，按照事情的轻重缓急，夜以继日地召开会议、发布谕令。”并说：“康熙皇帝以令人难以置信的勤奋处理政务，发布了一系列卓越的诏令”。
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