这一变动，使军事最高权力机构留在了瑞金。朱德和周恩来统领全国范围内的红军。博古和项英获得的是实实在在的对军事的最高领导权。
6月上旬，在第二次宁都会议上，临时中央同苏区中央局合并，称中共中央局。周恩来的苏区中央局书记的名义也不存在了。
毛泽东的政府主席没有动。政权在当时仅是个名分和形式，在政治的格斗场上算不上一个分量很重的砝码。
至此，党、军最高权力层的改组工作可以说告成了。
6月13日，由代主席项英签发的《对今后作战计划的指示》摆在了周恩来和朱德面前。指示指出：我们的主力集中于一个单独作战单位即方面军，这就不能从各个方面配合作战。正由于这种办法束缚了主力，才未能给北线敌人以有力的打击。目前蒋系军队在抚河流域重新集中，基本目的为着对付红军，广东方面的敌军目前对红军不会采取大的行动，而福建的十九路军对于目前形势居于举足轻重的地位。因此，实行分离作战成为必须。规定以红五军团为主编为东方军，入闽作战;方面军主力第一、第三军团等部，仍在抚河、赣江流域北线活动。作战任务分为三个阶段，第一阶段：东方军以宁化、清流为总方向，消灭敌人新编第二师及四十九、七十八师等;方面军主力应避免较大的行动，寻机消灭抚河、赣江问敌军旅团以下部队。第二阶段，东方军从清流、宁化区域向北进攻，以将乐为总方向，消灭敌人第五十六师等;方面军主力向抚河方向发展，威胁南丰、南城、宜黄、乐安，策应东方军作战。第三阶段，东方军回师江西，前出至金溪;方面军主力向东北前进，前出至崇仁，会合东方军，集中全力会攻抚州，进而进攻南昌，一师一师地消灭敌人，争取革命在江西省的首先胜利。这一计划是夏季行动总路线的大纲，决不可因在执行中可能遇到的某些具体困难而反对这一计划。你们要以正确的远见及全盘利害考虑来执行这个指示。
周恩来、朱德接到这份长电后大惊不已。若是有三十万、五十万红军，这样的处置或许还有些道理。红军尚不足十万，这不是一利敌之举吗?归其统一指挥。一、五军团依计划在北面地带，积极活动。
没等周恩来、朱德把电示琢磨透，第二份指示电又到了：为了切实进行这一作战计划，政令彭德怀、腾代远率三军团全部去做东方军的基干，并拨驻汀州之模范师，上杭附近之第十九军，宁化独七师、十九师、二十师及长汀以北闽赣边省地方部队等，兔，当是错误，但自东陂战斗后，每次转变阵势，确是有机可待。
周恩来、朱德于6月18日提出不同意见：鉴于敌人随时都可能进行第五次"围剿"，方面军主力一、三军团目前绝对不能分开。你们对我们的某些指责是不当的。如果我们待机是守株待五军团是远远不够的，彭德怀当年打赣州很卖力气，由他主持东方军，弄出两个前线的中心，才好控制这支部队。给周恩来和朱德发去一份措辞非常严厉的指示电，强令周、朱执半置在一地闲着，让另一小半去连续作战，这不是显而易见的待机待机，哪里有半丝进攻路线的味道?你周恩来在作第四次反"围剿"报告中振振有词说军队里没有罗明路线，这难道不是罗明路线吗?诱敌深入，待机歼敌，这些都是毛泽东的主张，必须从根本上加以改变分离作战，一个重要的目的就是分散前线的权力，使中央军委能更有效地指挥每一支部队，只分离出去个基于这些表层的和深层的考虑，6月22日，博古和项英又行。
6月23日，周恩来、朱德复电中共中央局：我们绝对服从你们的命令，并立即执行。同时，我们要求在部队调动中回瑞金一行，面陈不同意见，或改在宁都县开军委会或中局会，因许多问题非电文解释能详，许多批评完全不是我所愿意也。
博古、项英对后一个请求不予考虑。
7月1日，中央军委代主席项英下达命令：以红三军团和红十九师组成东方军，任命彭德怀兼司令员、滕代选兼政治委员、邓萍兼参谋长、袁国平兼政治部主任。东方军仍归红一方面军领导。
这时，东方军面对的作战对象是国民党第十九路军四个师及归其指挥的三个师又一个旅，总兵力为东方军总兵力的近因倍。
彭德怀、膝代选于7月4日就东方军入闽作战问题指出如下三种意见供红一方面军总部和中草军委择定：一，首先消灭泉上之敌，然后同时攻击嵩口、清流之敌。二、以主力攻击嵩口，以一部攻泉上。三，以三十四师钳制永安、连城一带之故，以红十九师进占归化，集中三军团攻泉上之敌;得胜后以主力进攻沙县，一部进逼延平，调动闽敌给以各个歼灭。报告电中陈述了三种方案的利弊，倾向于取第三种意见，因为以四次反"围剿"经验，这种打法最容易成功。
博古、项英坚决不赞成实行第三种方案。至于其他两案，下放权力请方面军酌定。周恩来、朱德只好选了"首取泉上，再下归化"的方案。
7月6日，东方军出征了。
7月10日，彭德怀的国城打援方法正在顺利进行之时，忽接到中央军委指示电：只留一团围攻泉上，把方面军主力立即移师至清流以南适当地点，截击清流撤退或连城增援之故。
真是莫名其妙!就现在可以查到的史料，也无法看出中央军委发这个命令的诱因。
彭德怀只好边斩边奏。10日下午，他在百忙中草拟一电：围攻泉上，巩固归化，留一团兵力万万不足，因泉上敌之兵力超过大连人，我主力南移，连城敌如不动，清流敌可北向解泉上围，我成隔岸观火，迂回过河须三天的行程，我入闽以来，粮食相当困难，许多部队每天只能吃两餐稀饭。
滕代远问："电报是不是给瑞金也发一份?"彭德怀答道："军委明令我隶属方面军，直接给军委去电或军委给我直接来电都不妥。此电只发给方面军。"11日，周恩来、朱德把彭德怀的电报转给中央军委后，又补一电：首先袭取泉上，尔后逼近清流，才易于打击援敌，这是早和你们商量好的方案。现在敌情没变化，你们却再三要求东方军主力过清流河向南猛进，是不妥的。如今东方军是在山地作战，正逢雨季，河水要涨，大兵团移动不很方便，你们今后在快定部队行动时，要考虑到这些因素。我们已复电东方军，令其依预定计划有步骤地争取胜利。
博古、项英在两处都碰了不软不便的钉子，并没立即发作。把军权彻底抓住，还需要一些时间，还需要一些机会。
十日后，彭德怀率领的东方军初战告捷，全歼泉上守敌，毙伤敌四百余，俘敌一干二百余。这时，东方军主力已使宁化、清流、归化、建宁连成一片，完成了博古、项英计划中的第一个阶段中的任务。
博古、项英一看东方军得手，也不再计较战斗中途周、朱、彭、滕抗令的事，又于7月24日令东方军南下了。
东方军竟像钢铸铁打一般打疯了。7月30日，攻占朋口。8月2日，进占连城。追击挺进队在李天佑、毛贲虎的带领下，一天一夜没吃饭，追击百里，竟能歼敌一个团!
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