1995年，法轮功脱离了中国气功研究会，但从1996年4月，原法轮功研究会成员先后向中国全国人民代表大会民族事务委员会、中国佛教协会、中共中央统战部申请成立非宗教法轮功学术团体。中共中央统战部发出正式档批示“不同意”、“不支持”，并责令六名发起申请的法轮功学员所在单位的领导找发起者谈话，正式通知不支持决定。
1996年6月17日，中国官方媒体《光明日报》发表《反对伪科学要警钟长鸣》评论员文章，称法轮功宣扬迷信，是“伪科学”。官方媒体首次公开攻击法轮功。1996年7月24日，中共中央宣传部下属新闻出版署向全国各省市新闻出版局下发内部档，以“宣扬迷信”为由，禁止出版发行《转法轮》、《中国法轮功》等法轮功书籍。
1997年初，中国公安部在全国进行调查，搜集罪证欲定法轮功为“邪教”。全国各地公安局调查后均上报反映“尚未发现问题”，调查就此停止。
1997年11、12月，原法轮功研究会成员分别向民政部、公安部提交报告，表示服从中央决定，不再申请成立社团。
1998 年5月，中共政府领导两次批示，将气功和人体科学归口到国家体育总局统一管理。国家体总决定对在群众中影响最大的法轮大法(法轮功)进行全面、公正的调查了解。同年9月由医学专家组成的小组为配合此次调查，对广东省的广州、佛山、中山、肇庆、汕头、梅州、潮州、揭阳、清远、韶关等市约12553名法轮功学员进行表格抽样调查。
这次表格抽样调查学员12553人中，其中男性占27.9%，女性占72.1%，50岁以下的占48.4%，50 岁以上的占51.6%;其中患一种以上疾病的学员10475人，占调查总人数的83.4%，通过2-3个月至2-3年不同时间的修炼，患病学员的身体状况大为改观，祛病效果十分显著，痊愈和基本康复率为77.5%。加上好转者人数20.4%，祛病健身总数有效率高达97.9%。
同时 7170名学员填写了年节约医药费数字，共节约医药费1265万元/年，平均每人每年节约医药费1700多元，可见其经济效益也十分可观。特别是被调查者的心理状况和精神状况得到极大改善，有89.4%的学员认为通过修炼法轮大法后心性变好，道德回升，心理得到了彻底的自我调节和提高，只有129人填写 “没有变化”，仅占被调查物件中的1%。
这次调查再次表明，法轮功确实是一个对人民有益，对国家有益的功法。
在国家体总进行调查的同时，对法轮功的攻击却依然发生着。
1998 年5月，北京电视台《北京特快》栏目利用本台记者在北京玉渊潭法轮功炼功点采访炼功学员时的法轮功学员介绍炼法轮功的好处的镜头，来播放中国科学研究院院士何祚庥对法轮功的攻击，称法轮功为封建迷信。节目播出后北京及河北数百名法轮功学员以写信和直接到北京电视台讲真象，指出节目内容与事实不符。法轮功学员的真诚和善念使电视台相关人员了解到了自身的错误。6月2日，北京电视台在了解情况后，承认上次关于法轮功的节目是建台以来最严重的一次失误，重新播出了一个采访原当事人的正面报导作为更正。制作不实报导的一名责任人后被解聘。
同年6月20日至22日，在《齐鲁晚报》刊登攻击法轮功的文章后，济南上千名法轮功学员到报社反映法轮功的真实情况。
1998 年7月21日，中国公安部一局发出公政[1998]第555号《关于对法轮功开展调查的通知》，称法轮功为“x教”，公安部据此对法轮功实行了一系列“先定罪、后调查”的行动，包括对法轮功辅导员的电话、行踪进行监听和监视、取缔法轮功炼功点、强行驱散炼功群众、抄家、私闯民宅、没收财产等。上述行为造成了极为恶劣的影响。
1998年10月20日，中国国家体育总局在对广州的调查進行完后，又派人到长春和哈尔滨对法轮功进行了调查。调查后，调研组组长肯定了法轮功的健身效果及对社会稳定和精神文明的促进作用。
1999年3月4日，哈尔滨市法轮功辅导总站被哈尔滨市公安局评为拾金不昧先進单位。
在1999年4月之前，虽然中共内部的邪恶势力企图打垮法轮功，并制造了一些事端，但总体而言，中共对法轮功采取的是“不支持，不干预”的政策。法轮功依旧以着不可阻挡的洪势在国内外传播着。
“4.25”法轮功和平上访
就在法轮功洪传整个中国和世界之际，中共内部的邪恶势力并未善罢甘休。他们决定制造新的事端构陷法轮功，将事情闹大，从而达到镇压法轮功的目地。具体做法就是利用天津法轮功学员被捕事件，诱导法轮功学员去中南海上访，在上访之时实施新的构陷。而中共的最高党魁江因为个人强烈的嫉妒心和恐惧心，在“4.25” 法轮功和平上访后一意孤行决意镇压法轮功。
* 上访起因
1999年4月11日，罗干的连襟何祚庥在天津教育学院《青少年博览》杂志再次发表诬陷法轮功的文章，在文中又一次引述了其在1998年北京电视台发表的诽谤法轮功的言论。天津法轮功学员认为有必要澄清事实真象，以消除该文的恶劣影响。因此，4月18～24日，天津一些学员前往教育学院和相关机构反映实情。4月23、24两日，天津市公安局动用防暴员警殴打反映情况的学员，导致学员流血受伤，员警并抓捕45人。当学员请求放人时，天津市政府告知北京公安部介入了此事件，如果没有北
京授权，被逮捕的学员不会获释，并示意只有去北京才能解决问题。
* 上访过程
4月25日，知道天津抓捕事件的学员决定去府佑街国务院信访办上访，国务院信访办就在中南海的西门，邻近中共中央和国务院所在地。当时中国有近亿法轮功学员，去了上万人，后来总理朱熔基要求学员派代表进去反映情况，当时在场的学员自告奋勇去的。
据现在纽约一家环保公司工作的石采东说他当年曾自荐做为法轮功代表，被朱熔基领进中南海。他说：“4月25日早晨，我到达府佑街北口时，街道两边已经站了许多学员，既没有阻塞交通，也没有喧哗声。朱熔基走出中南海，让选代表进去反映情况。我自告奋勇说自己可以去。我们反映了通过修炼亲身受益的情况，并提出三点要求：1.天津公安放人;2.允许自由炼功;3.允许出版《转法轮》。”中午时分，法轮功研究会的几位学员，作为法轮功代表进入国务院反映情况，并再次申诉了法轮功学员的上述三点要求。 朱熔基总理问代表：我给你们的批示难道你们没有看到吗?代表们说：我们没有看到。
晚上九点多钟代表们出来表示：天津学员已被释放，问题得到了圆满解决。法轮功学员们随即清理了周围的环境，安静而迅速的离开了现场。
应该说，这一事件已经得到了完满的解决。许多国外的媒体都对中国政府的处理给予了高度评价。但是，让许多人始料未及的是：在上访的过程中，中共内部的邪恶势力早已设计好了圈套，采用卑劣的手段陷害法轮功。
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