9月23日，周、毛、朱、王致电苏区中央局并转临时中央，报告下一步行动方针说：出击必须有把握的胜利与消灭敌人一部，以便各个击破敌人，才是正确的策略，否则急于求战，而反遭不利，将造成更严重错误。
9月25日，苏区中央局致电周、毛、朱、王，对他们的行动方针提出不同意见，说：不同意你们分散兵力，先赤化南丰、安乐，逼近几个城市来变换敌情，求得有利条件来消灭敌人。并解释这为积极进攻策略的具体布置与精神，这实际上将要延缓作战时间一个月以上，而不能结合呼应鄂豫皖、湘鄂西，可以演成严重错误。
周、毛、朱、王立即致电中央局进行反驳，坚持原定作战计划。
毛泽东一次次做说服工作，周、朱、王当时也积极支持毛泽东的主张。
在这一矛盾过程中，周恩来强烈地感受到，毛泽东在独撑中央苏区局面时，在执行中央的许多并不符合实际情况的指示下，所运用的领导艺术。毛泽东要求主要负责人具有非凡的品格，有善于处理各种事务的能力，有对构成政权、战争、社会生活的巨大综合体以及感受全局的敏锐仔细的观察能力。
然而，中央苏区并没有对毛泽东这一正确主张完全理解，于9月26日，当即回电，回绝了周、毛、朱、王的建议，仍主张攻取一省或数省的既定目标。
前线面对这样的指示，周、毛、朱、王实在难以从命，他们只好按兵不动，用沉默对抗中央局的命令。
9月29日，苏区中央局又致电周、毛、朱、王：9月治训令收到，我们认为这完全是离开了原则，极危险的布置。中央局决定暂时停止行动，立即在前方开中央局全体会议。
毛泽东终于意识别，此时已是黑云压顶，远远地已听到滚滚的雷声了。
周恩来当然也明白这一切意味着什么，他清楚，如果弄不好自己和毛泽东有同时被革职的危险，如果他们两个人中能保留一个那是最好的结果。他力保毛泽东，所以他在会上发言说：毛泽东在前方对战争是有利的，他了解红军也了解地形，这都有利于军事指挥，为了保证国际路线的贯彻，可以有两种方式：第一，由我负责战争的全部责任，泽东仍留在前方助理。第二，就是由泽东同志全权指挥，我负责计划执行。
这次紧急会议是针对毛泽东而来的，周恩来这种提法显然不符合中央局的意愿，他刚一说完，马上遭到了强烈的反对。
此时的毛泽东比任何人都要清醒，他知道，这次会议就是冲着他来的，既然没有希望使现实得到改变，还不如顺其自然为好。在别人发言时，他一句话也没说，坐在角落里一支接一支地吸烟，烟雾在他周围弥漫。他下定决心后，把半截烟掐掉了，缓缓站起身说：既然中央局不信任我，我留在前方就不合适了。说到这他用眼角扫了一眼中央局的人，微微笑了一下道：我现在身体也不太好，如果是这样的话，我想向中央局请一个时期的病假，至于你们同不同意，请组织决定吧。
毛泽东说完这话，突然感到一种前所未有的无奈。眼前这种态势下激流勇退，也未必是件坏事，否则，后果也不一定会太好。说到这，他瞅了眼发呆的周恩来，他和周恩来的目光对视在一起时，他同样感受到了周恩来的无奈，那无奈中却是另一种忍耐。
毛泽东讲完话并没有坐下，他推开身后的椅子，冷然地又说：也许大家当着我的面有许多话不好讲，那么，我现在退席了……
不等别人有何反应，毛泽东摆动着宽大的衣袖向外面走去。周恩来望着毛泽东消瘦的背影，心里一时翻涌起不可名状的情绪。
中央局召开的宁都紧急会议，终于达到了预期目的：毛泽东被解除了军职，离开了他创建的红军。
那一刻，毛泽东推开椅子向门口走去，表面是平静的，其实内心是矛盾的、痛苦的，让他离开红军，这份失落感是无法诉说，也是无法形容的。
毛泽东一步步地向门外走去，他觉得双腿是那么沉重，时间是那么悠长，仿佛过了一个世纪，他才走完了那几步路。
据史料记载：
宁都会议之后，10月26日，中共临时中央任命周恩来兼任红一方面军总政治委员。
项英、顾作霖曾找周恩来谈话，批评他在与毛的斗争中是调和的，是模糊了已经开展的斗争战线。
周恩来明确表示，他不能同意这种批评。
11月12日周恩来与在后方的中央局成员分别致电临时中央，报告宁都会议经过与争论情况。
后方中央局成员认为：
这次会议是开展了中央局内部从未有过的两条战线斗争，打破了迁就和平状态。周恩来同志会前与前方其他同志的意见没有什么明显的不同，在报告中更没有提到积极进攻，以准备为中心的精神来解释中央指示，并且，不给毛泽东的错误以明确的批评，反而有些问题为他解释掩护，这不能说只是态度温和的问题。我们认为周恩来同志在斗争中不坚决，这是他个人中最大的弱点，他应该深刻了解此弱点并加以克服。
周恩来则在电中表示：
承认我在会议中对毛泽东同志的批评是采取了温和的态度，对他的组织观念错误批评得不足，另外却指正了后方同志对他的过分批评。认为未将这次斗争局面展开，是调和的，是模糊了斗争战线，我不能同意。后方同志主张召回毛泽东，事前并没商量好，致会议提出后，解决颇为困难。
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