上海解放后，帝国主义和国民党反动派不甘心他们的失败，不断派飞机来上海轰炸。1949年6月23日，美国指使国民党蒋介石公开宣布对上海口岸实行武装封锁，企图切断上海的海上交通运输线，破坏上海的经济建设。1950年2月6日，台湾国民党反动派对上海的发电厂和自来水厂等实施狂轰滥炸，给人民生命财产造成重大的损失。事件发生后，潘汉年立即陪同陈毅亲赴被炸现场视察，慰问工人和灾民，并动员组织各方面力量，全力抢救，恢复生产。
潘汉年在主持市政府日常工作期间，非常重视抓好上海的经济建设工作，他坚决贯彻党中央关于要使上海从消费性城市转变为生产性城市的方针，花大气力抓了上海的经济建设工作。1952年3月，潘汉年在一次干部会议上的讲话中指出，“改造旧上海为新上海，必须思想上明确以生产为中心，一切为生产服务”。
潘汉年还处处关心人民群众的生活和疾苦。他常对市政府工作的同志说，人民政府的工作千条万条，最重要的一条，就是为人民多办几件好事。1950年初，就决定建造工人新村，逐步改善人民群众的居住条件。为了贯彻落实这一方针，潘汉年领导督促主管部门，组织力量对工人的居住情况进行调查，并多次召开会议，讨论研究工人新村的修建规模、标准等问题，抓紧落实，使解放后第一个工人新村——曹杨新村很快建造完工，一大批工人劳模搬进了新房。曹杨新村的建立，开了上海建造新村工房的先例。
上海解放后，潘汉年除了协助陈毅同志主持市政府工作之外，还担任中共中央华东局统战部副部长兼上海市委统战部部长，主持日常工作。
当时，团结争取爱国的工商界人士，共同建设新上海是一项极其重要而迫切的任务。潘汉年曾经向统战部的同志指出，上海这个大工商业城市，如果工商界人士袖手旁观，隔山观望，光靠党、政府和工人阶级的力量，是不容易迅速把生产和市场搞好的，一定要争取他们站到我们这一边来。
但是，许多工商界人士对中国共产党的政策心存疑虑，解放前夕，纷纷把资金抽调到国外和香港，有的人虽然留在上海，但也是随时准备席卷而走。针对这种情况，陈毅和潘汉年等曾多次召集民主党派和各界爱国人士，特别是工商界人士开会，反复向他们阐述党的城市政策和工商经济政策。同时，潘汉年还充分利用在民主革命时期结识的工商界朋友，广泛深入地开展说服劝导工作，努力争取许多移居海外和港澳的工商界人士重返上海，为新中国的建设事业作贡献。并且动员留在上海的工商界人士从国外和香港调回资金和设备，重新开工生产。
潘汉年在统战工作中坚持实事求是，和党外人士推心置腹的做法，当时受到过一些人的批评，说他是右倾。但他坚信自己的做法是符合党的政策原则和利益的。因而毫不动摇，始终贯彻党的统战政策，和党外人士交朋友，在和谐友好的气氛中开展工作。
潘汉年还注意抓市政府机关内部的统战工作。1952年间，他根据1951年政务院秘书长会议精神，主持召开市政府机关内部统一战线工作组成立大会。潘汉年在会上作了《关于进一步加强市府机关内部统一战线工作的报告》，受到与会同志的热烈欢迎。后来，他又对机关统战工作作了批示：“政权中党委及党组应经常讨论本单位的统战情况，支部应将统战工作列入经常议事日程中。”并“要求政府首长综合本单位统战工作情况，将成绩、缺点，联系今后如何提高统战认识，向党外干部作报告”。他还主张把统战工作贯彻到各个部门，从政权部门到生产部门，都要做好这一工作。他说：凡是统战政策思想贯彻好的部门，工作就搞得好，反之就不会搞好。
上海解放初期，市委市政府的工作千头万绪，纷繁复杂，但潘汉年对党的统战工作始终倾注了满腔热情和大量精力。正如当年在他领导下工作过的同志所说的那样：“潘汉年同志在解放前地下斗争时期和掌握政权后，长期和民主人士相处。几十年来，这些民主人士虽历经风浪，但仍然坚持跟党走，他们中不少人后来还担任了很重要的领导工作，这是同潘汉年同志的努力工作分不开的。”
上海历来是国民党特务机关的一个重要活动基地。解放以后，在上海潜伏下来的特务有6000余人。此外，台湾国民党还不断派遣特务潜来上海，进行暗杀和破坏活动。潘汉年对上海的反特工作和治安保卫工作抓得很紧，经常听取公安部门的汇报，并及时给予具体指示，有时还亲临第一线指挥战斗。
为了保证上海的公安保卫工作顺利开展，潘汉年很重视公安干警队伍的思想建设和素质训练，他一再向公安战线的同志指出：要打倒敌人，必须熟悉敌人;要战胜敌人，必须学会敌人的长处。他还反复强调，做好公安保卫工作，一定要坚持广泛深入的调查研究工作，要把专业工作和发动群众有机地结合起来，认真贯彻执行专门机关和群众路线相结合的公安保卫方针，发动群众，依靠群众。
潘汉年不仅为保卫上海倾注了极大的精力，而且在改造上海的斗争中作出了突出贡献。近百年来，帝国主义统治上海，培植了一批为它服务的上海流氓势力。他们长期横行上海，给上海人民带来了深重的灾难。如何解决这一问题，是潘汉年长期考虑的问题。他凭借着长期在上海开展对敌斗争的经验，顺利清除了上海流氓势力。当时，上海人民对共产党能不能清除这势力心存疑虑，他们说，“共产党要是能把上海的流氓势力打倒了，才真正称得上翻身”。当他们看到这一要求变为现实时，无不拍手称快。
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