在我国现行的立法和行政管理体制下，国家的一些法律法规是由相关行政部门起草提交立法机关和行政机关审议，大量的部门规章、宏观政策是由相关行政部门制定并贯彻执行的。不可否认，由相关行政部门起草法律法规草案和制定行政规章、宏观政策有合理性的一面，行政部门对于相关领域有着丰富的管理经验，对于问题的把握较为清楚，能够对国家法律法规、政策的制定提供很好的参考。但是，这种由相关行政部门负责起草法律法规草案和制定行政规章也有不可避免的潜在弊病，那就是国家政策部门化。
所谓国家政策部门化，主要是指个别行政部门利用法定职权和掌握的国家立法资源，在起草国家法律、行政法规时过于强调本部门的权力而弱化相应的责任;制定部门规章、编制行业规划、实施宏观政策时，偏离了整体的国家政策方针和公共利益，力图通过国家法律、法规、规章来巩固和扩大本部门的各种职权以及本部门、相关企业、相关个人的既得利益。
国家政策部门化的集中表现。近年来，一些行政部门在制定宏观经济政策时，运用行政职权设立不必要的市场准入壁垒，扩大审批权限，在审批上重复许可与多重许可并存;甚至于亲自指定行业经营主体、市场价格和经营范围，进而在人事、分配、经营等方面对某行业进行不同程度的干预，从而不利于竞争机制的引入。
这类政企不分的行为极大地破坏了市场秩序，妨碍了生产要素在社会中的合理流动和优化组合，还造成严重的权力寻租现象。政府部门是市场公共产品，不能广泛地介入具体的市场行为当中，更不能以行政代替市场。
公民、法人和其他组织能够自主解决的，市场竞争机制能够调节的，行业组织或者中介机构通过自律能够解决的事情，除非法律另有规定的，行政机关最好不要通过行政管理手段去解决。
还有的行政部门人为的追求部门权力最大化，部门利益最大化，并通过法律法规的起草、部门规章和国家政策的制定将部门权力的扩张法定化，将部门利益法定化，甚至与市场主体如公营性公司、政策性公司形成力量强大的行政垄断。例如政府专营、行政准入限制、计划配置资源、部门保护等。这些公司与政府相关部门通过制度性共谋来结成利益共同体或者既得利益集团的后果，会损害国计民生，对国家利益和社会公共利益造成严重挑战。而垄断行业也往往依托国家行政主管部门，在协调国家制定有关政策和法律草案时，千方百计为部门争权力，争利益，致使牵涉到这些部门的法规都有强烈的部门色彩，带有保护部门利益，扩大部门权力的倾向。
由于目前旧计划经济体制下的部门分割的痕迹依然存在，加上部门保护的出现，政府管理职能被分散于多个政府机构，容易出现责任混乱，从而导致多头管理或者无人负责的现象时有发生。现实中，有的行政主管部门往往把政策制定权、分配资源、行政管理、行业监管带集于一身，往往把精力主要集中于资源分配和行政审批上，而对行政事务管理所要求的成本控制、技术保障、安全标准、环境保护、能源节约、消费者权益等内容过问甚少。这样的部门职权不清、职能不明，根本不能适应日益复杂多变的现代社会要求和人民的期望，更不符合现代行政法治的要求。
国家政策部门化存在的严重弊端。
一是不利于社会主义市场经济的持续健康稳定发展。社会主义市场经济本质上要求一个规则统一、发展均衡、地域广大的市场，然而有些部门在参与国家法律、政策制定时过于考虑本部门的的权力，为了本部门利益人为地制定倾向于本部门的政策、设定许可、提高审批门褴，扩大部门权限等等，再加上广泛存在的地方保护主义，使得国家政策在这种“部门保护主义”(条条)与“地方保护主义”(块块)之间造成政策的条块分割，整体的国家政策被条条块块分割阻断，不能很好的贯彻执行;而且不同的部门都在强化自己的利益要求，扩张自己的隔阂，政策冲突甚至相互指责和推委，国家利益和社会利益在这种“条条”分化中被消解和吞噬。
国家政策部门化带来的必然是政府权力的部门化，这就造成了政府与市场关系的错综复杂，由于政出多门，不同的市场要素归不同的部门管理，使得市场的诸要素之间如人才、技术、劳动、资源、能源等等，由于部门政策的阻隔不能合理地按照市场规律流动，无形中增加了市场成本和造成制度性、政策性障碍。正如有人指出的：部门以法律在管，国家以政策在放，国家政策再好，也无法超越国家权力部门化、部门权力法制化、利益化的格局。
二是不符合社会主义法治国家建设的基本要求。社会主义法治国家建设要求法制的统一性和体系性、政府的有限性与有为性、以及行政的法治性与责任性。部门化立法或立法的部门化，往往导致部门立法的效力反而高于国家法律法规，或者通过部门规章将国家法律法规架空，使得国家法律法规成为一纸空文，从根本上无视法治国家、法治政府建设的规范化、一元化法律体系要求，破坏了法制的统一。由部门利益驱动的权力扩张和部门权力争执同时并存，将使原本膨胀的行政立法趋向混乱不堪的局面，造成法律与行政法规、法规与法规(不同部门参与制定的)、部门规章之间的冲突，破坏法律体系的等级有序、协调一致，损害法治的权威和尊严，背离法治精神。
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