为了防止为北元——鞑靼侵扰者所乘，明朝还限制军民到边界之外去耕牧，“故事，边界封界之外，军民不得擅出耕牧” 。这样，许多耕地草场，只好荒废。不仅如此，自永乐时期起，边外野草也不容其生长，每值秋冬，出塞烧荒，使鞑靼人不得近边放牧，以减少引起事端的机会。“太宗皇帝建都北京，镇压北虏，乘冬遣将出塞烧荒了哨” 。
永乐五年十二月癸己，敕镇守大同江阴侯吴高曰：“尔奏缘边草盛，欲焚之，最当。第虑旁近未知，或生疑怪，且巡徼军马，仓卒难避，屯堡房舍，将有所损。须预报之使备。”
这当是烧荒之始。后来则逐渐形成定制：
焚荒，每年冬十月初间，以草枯为始，本镇统领宫军出境焚烧野草，使鞑贼不能南牧。
每岁冬，镇守总兵会同赞理军务都御史，奉敕移文各路副总参游守备备御提调守堡等，尊照会行日期，各统所部军马出境，量地广狭，或分三路五路，首尾相应而行，预定夜不收分投哨探，放火烧沿边野草尽绝……近年兵马出境烧荒，俱至二百里外，顺风举火，草莽烧焚尽绝。贼闻兵马出境皆远遁，绝无踪迹。
本来，蒙古族建立了大元帝国之后，经过近百年的经营，长城以外广大草原地区曾经一度出现了经济繁荣的局面，所谓“屯田连络，监牧相属，宫室相望” 。但是由于明朝与北元政权之间的长期战争，由于蒙古族居民的北撤，靠近长城地区居民的南徙，以及限制缘边耕牧，秋冬烧荒等等措施，使这些地区变得一片荒凉：
永乐八年北征，次凌霄峰，登绝顶，望漠北，(朱棣)顾学士胡广等曰：“元盛时，此皆民居，今万里萧条，惟见风埃沙草耳。”
开平，旧有元之斡耳朵，犹华言宫殿也。今则荒台断础，零落于凄风澹月之间。
沙漠旷荡，马力未穷，惟近塞则多山川林木，及荒城废寺。如沿河十八屯者，其兵墟尚历历可数。极北则地平如掌，黄沙白草，弥望无垠。
出得胜口，……过抚州，惟荒城然。北入昌州，居民仅百家。
迁民、烧荒、限制耕牧，使蒙古人不得近边放牧，可能减少了一些事端。但大片的沃土草滩任其荒废，是对生产力的一种破坏，不利于边境地区的经济开发，固然不能资敌，但也不能资己之军国之用。从长远观点看，这种做法是失策的。另外，当明军出塞征讨时，既无耳目向导，也无居民协助。大军粮饷，徒靠内地人民驮角馈运，行动是很不方便的。洪武二十三年，燕王临塞谕诸将曰：“吾与诸将军受命提丘沙漠，扫清胡虏。今虏无城廓居止，其地空旷。千里行军，必有耳目，不得其所，难以成功。” 说的正是这种情况。朱棣即位后，数次北征，迄无成功，与此不无关系。
另外，由于蒙族人民与中原经济联系的切断，他们失掉了许多生活用品的生产手段和来源；又由于与明朝处于对立地位，贸易关系不能正常地发展，为了满足物质生活的需要，他们不得不南下抢掠。如果说永乐以前蒙古人尚有恢复中原的能力和企图的话，那么永乐以后，他们的南下主要是为了满足其经济需要，定期的抢掠成了他们经济生活的一部分。因而明朝的防守也带上了季节性的规律。每当“首春气和，坚冰渐薄，塞草将萌，胡马瘦而弓驰”，蒙古族人多在草原经营牧畜，明军则得以喘息：“解甲以候熏风，整雕鞍以待秋至。”秋天到来，百草结籽，马肥弓劲，正是蒙古入掠之时，此时明军则“控弦执矢，观衅而动”。这就是所谓“防秋” 。秋天正值内地收获，蒙古人多于此时南下因粮，但这时“农人收获，壁不可坚；禾稼棲亩，野不可清。虏或因粮于我遂深入，而秋高马肥，恒凭强以逞”。因而“防秋之兵，远地调集，主客相参，步军受陴，马军列营，视四时独加严焉” 。朱棣以及后来的君臣，在北部边防问题上尽管处心积虑，但似乎没找到问题的根源。问题在于，只要上述经济形势不改变，明朝的所谓“边患”就不能解除。朱棣的频年征讨，更加重了草原地区与中原的隔绝局面，想要制驭蒙古几乎完全不可能了。
八、从“来者不拒，去则不追”到“逆命必歼”的政策转变
虽然，在朱元璋的怀柔政策下，有不少蒙古官民归顺了明朝，甚至在官僚队伍中有鞑官，军队中有鞑军；虽然由于明军的打击，由于蒙古内部的纷争，蒙古势力有所削弱，但从整体上说，蒙古鞑靼、瓦剌、兀良哈三部并未正式置于明朝的统治之下。明人说：“成祖以武定天下，欲威制万方。” 对于不肯归顺的蒙古势力是不会置之不问的。但是，朱棣即位之初，百废待举，而处于纷争中的蒙古各部，一时也还难以给明朝构成威胁，因而，朱棣对蒙古的政策在永乐初期是以怀柔为主，以防守为主，即所谓“来者不拒，去则不追”。凡来归附的，均以礼接纳，不愿归或归而复叛者，也不强求。
洪武三十五年(建文四年，1402年)十二月“有边地降虜叛去者，宁夏总兵官左都督何福“请举兵追之”。朱棣说，“但今朝廷大体，当以诚待之。春秋驭夷之道，来者不拒，去则不追。盖彼之来，既无益于我，则其去也亦何足置意！况其同类颇众，其间必有相与为亲戚者，今若以兵讨叛，其未叛者亦将置疑。不若姑听其去，但严兵备、固疆圉，养威观衅，顺天行事。如造次轻举，后悔无及。”
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