与此同时，元裔本雅失里的势力却在兴起。本雅失里又名完者秃，流亡于帖木儿帝国，居撒马儿罕之地。蒙古兀良哈部来朝者向明廷报告说本雅失里欲率其卒合别失八里之众南掠。虽然别失八里远在西北，且据说本雅失里部属不过百人，但以其元裔的身份，必有相当的号召力，朱棣绝不能掉以轻心 。又有消息说蒙古将遣人“迎立之”。于是，他于永乐六年正月甲子派遣太监王安往别失八里，潜察其所向，同时敕令甘肃总兵官何福等遣人往哈密以买马为名而觇本雅失里动静。 三月辛酉，朱棣又遣使赍书谕本雅失里，劝其勿做非份之想。
鸿胪寺丞刘帖木儿不花等回，知尔自撒马儿罕脱身居别失八里，今鬼力赤等迎尔北行。以朕计之，鬼力赤与也孙台文结肺腑之亲，相依为固，今未必能■亲就疏矣，况乎握重兵！虽或其下有附尔者，亦安敢与之异志？今尔与鬼力赤势不两立矣！夫元运既讫，自顺帝之后传爱由识里达腊至坤帖木儿，六辈相代瞬息之间，且未闻一人遂善终者。此亦可以验天道。然则，尔之保身诚不易也。去就之道正宜详察善处。古之有天下者，皆于前代帝王子孙封以爵土，俾承宗祀，如周封舜之后胡公满于陈，封夏之后东楼公于杞，封商之后箕子于朝鲜，微子于宋。汉唐宋亦皆封前代之后。我皇考太祖高皇帝于元氏子孙存恤保金尤所加厚，有来归者皆令北还，如遣妥古思帖木儿还，后为可汗统率其众，承其宗祀，此南北之人所共知也。今朕之心即皇考与前古帝王之心，尔元氏宗嫡，当奉世祀，吉凶二途，宜审思之。如能幡然来归，加以封爵，厚以赐赍。俾于近塞择善地以居，惟尔所欲。若为下人所惑，图拥立之虚名，虽祸机在前有不暇顾，亦惟尔所欲。朕爱人之诚同于皦日，今再遣刘帖木儿不花等谕意，并赐织金文绮衣二袭，彩币四端，尔其审之。
朱棣的一纸诏书自然没能阻止本雅失里东来，权位的诱惑力是至为强大的。但有一点则被朱棣说中了，鬼力赤必与本雅失里势不两立，而首先受害的竟是鬼力赤。永乐六年十二月，传来蒙古迎立本雅失里戕杀鬼力赤的消息。 鬼力赤的被戕杀，也许不都因为他“非元种”，有传说“鬼力赤欲归附而未决” 是否与其被戕杀有关，亦未可知。
本雅失里雄心勃勃，甚至要恢复大元帝国。朱棣被迫接受了本雅失里被立为可汗这一现实。永乐七年三月，朱棣派都指挥金塔卜歹和给事中郭骥出使鞑靼，郭骥曾出使帖木儿汗国很可能与本雅失里相识 ，朱棣在信中说：
边将得尔部下完者贴木儿等二十二人来，其言众已推立尔为可汗，尔欲遣使南来通好，朕心甚喜。今遣都指挥金塔卜歹、给事中郭骥等赍书谕意。可汗诚能上顺天心，下察人事，使命往来，相与和好，朕主中国，可汗主沙漠，彼此永远相安於无事，岂不美哉！彩币大表里用致朕意，完者帖木儿等朕念其有父母妻子，均给赏赐令使臣送归，可体朕至意。
朱棣在诏书中表示无意臣服本雅失里，愿意与其平起平坐。他送还了边将所得之二十二人，对其臣阿鲁台等也都有赐赍，真可以说是至为诚恳了。
然而，事实并不像朱棣信中说的这样简单、美好。朱棣在争取通好本雅失里的同时，仍然在与蒙古瓦剌部频繁联络，朱棣于永乐六年十月丙子接待了瓦剌马哈木等的使节 ，并于七年五月封瓦剌马哈木为特进金紫光禄大夫顺宁主。太平为贤义王，把秃孛罗为安乐王 ，并给赐印诰。既然称本雅失里为可汗，又相约“可汗主沙漠”，为什么又封其臣马哈本等为王？且本雅失里既为元裔 ，自以乃祖乃兄继承者自居，其志焉得囿于沙漠？本雅失里心中十分清楚朱棣的诚意有多大。他绝不会接受朱棣为他划定的范围的。而且，迎立本雅失里的主要是鞑靼头目，瓦剌与之势不两立，朱棣封瓦剌头目为王，只能会给鞑靼头目带来反感。果然，本雅失里等拒绝了朱棣的要求，永乐七年六月辛未，百户李咬住及鞑靼伯兰等从漠北带来了给事中郭骥被杀的消息。其时，本雅失里阿鲁台为瓦剌所败，居于胪朐河，“欲驱败散之卒，掩袭兀良哈诸卫，遂袭边境”。朱棣无法忍受如此的侮辱，怒曰：“朕以至诚待之，遣使还其部属，乃执杀使臣，欲肆剽掠，敢肆志如是耶？逆命者必歼除之耳！” 他决心用武力铲除逆命之寇。
朱棣对蒙古的政策从此发生一大变化，从“去则不追”变为“逆命必杀”。从此，他为歼除“逆命”之寇耗尽了精力，一直到死于北征蒙古的归途。
从表面看来，朱棣是在一再忍让，求和不成才怒而决定用武的，实际上，朱棣对蒙古政策的变化还有更深刻的内在原因。首先，明朝国内的形势已远非朱棣即位时可比了，政治反抗已经大体平息，社会秩序已经稳定，另外安南的战争从永乐四年开始至永乐五年告一段落，明廷在安南设置了郡县，篡杀逆命的黎季犁、黎苍等已献俘京师。朱棣已经可以腾出力量把目光投向北方。朱棣说“逆命者必歼除之”的话是在永乐七年六月，而在这一年的三月朱棣已经从南京来到北京。难道朱棣此次北行只是为了巡幸他的龙飞之地吗？他是否对在北边用兵早有成算呢，且本和田清先生说：“在这期间，四月，所以派郭骥等出使蒙古，如果不是为了冀求万一侥幸诏抚收效，也只是为了获得出兵的借口。”是肯定朱棣早已有了出兵的决定的，但这方面的证据还不足。 然而，我们从朱棣的北巡、营山陵、封瓦剌马哈木等为王，以及赦免曾助其靖难的将士及北京人民之罪这些事来看，朱棣确已用更多的精力注意北边的工作，可以说，朱棣用兵蒙古从而使之臣服也是久有酝酿的。
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