这里虽然已不是全国统治中心了，但军事、政治上仍然占有重要地位。蒙古人要东山再起，这里是首先要觊觎的目标。元朝近百年来的统治在这里还留有很深的影响，怀恋故国的势力盘根错节，表面上俯首屏息，而暗中仍心怀不满。不是洪武初年在西直门瓮城门洞的墙壁上还有人在表达他故国之思吗 ？朱元璋改“大都”为“北平”，就是要镇压这里的“王气”。
早在元顺帝放弃大都，北退塞外时，就派驻守在太原的扩廓帖木儿率军北上，经保安(今涿鹿)反攻大都，结果明大将军徐达乘虚攻克太原，又击破扩廓回援之军。洪武二年二月，元丞相也速率军攻通州，扎营白河，再窥大都，为明守军击溃。六月也速乘明师进攻陕西之际，再攻通州，被常遇春回师击败。明师乘机进攻开平，元顺帝再北走，明军大胜，生擒其亲王庆生、平章鼎住，得将士万人、车万辆、马三万匹、牛五万头，蓟北悉平。明军挺进西北，偏将军李文忠率军行抵太原，正值元将脱列伯、孔兴奉元顺帝之命进攻大同，情势甚急。李文忠引军北上救援大同，大败元军。脱列被俘，其众万余人投降，孔兴遁走陕西，被部将所杀。这是元朝妄图恢复的最早两次企图，虽然都被明军击败，但元军所拥有的实力并未被消灭。
明军于洪武二年八月攻克庆阳，十二月扩廓帖木儿乘徐达还师，自甘肃袭击兰州 ，明军苦战，虽免于陷落，但西北已呈危急之势。同时，北方边塞要地朔州(今河北蔚县)、武州(今宣化)、云州(今大同)地区、野狐岭(今万全北)、大兴(今栾平北)等仍为元军所盘踞。在这种形势下，朱元璋派明军进行了一次又一次的北征：
洪武三年，以徐达为征虏大将军，李文忠、冯胜、邓愈、汤和等为副将军分道北征。徐达败扩廓帖木儿，擒无郯王、济王及国公平章以下文武所属一千八百六十五人，将校士卒八万四十五百余人，获马一万五千二百八十余匹，扩廓携其妻子从者数个北遁奔和林，李文忠乘元顺帝之丧，攻克应昌，俘获元宗室嫡子买的里八腊及后妃、宫人、诸王、将相等数百人，元嗣君爱猷识理达腊率数十骑遁去。李文忠回师途中又俘获元国公汪文清等，降其兵民五万余人，这次北征使元朝近塞势力遭到沉重打击。
一年多以后，元朝势力在近塞再趋活跃。明军在平定四川之后，于洪武五年，派徐达、李文忠、冯胜率师十五万，分三路再次北伐。这次北征，明军受挫，出师不利。中路徐达军为元所败，死者数万人，东路军李文忠杀伤相当，不得已旋师，仅西路冯胜略获小胜。
此后七年中，朱元璋敛兵自守，不再轻易北征，而元朝势力却屡有南侵，元主爱猷识理达腊任国政以扩廓帖木儿，图谋恢复，数为边患。洪武六年寇武、朔州(今句注山北)及宁夏河州(今甘肃临夏)等地。七年寇白登(今大同东)、兰州；八年寇兰东；九年以后，连年骚扰陕北，又西连吐番为边地之患。十一年，爱猷识理达腊死，其子脱古斯帖木儿继位，为患仍然不已。面对这种局势，明朝加紧练兵，严守边关，并送还洪武六年在应昌被李文忠所俘获的爱猷识理达腊之子买的里八腊，始北元降人以官爵卫士赏赐，加以拢络。这时明与北元之间差不多是相持的态势，北元虽南下为患，但无法造成对明的重大威胁，明师虽偶有出击，但也难于给北元造成致命的打击。
这就是朱棣就国时的北方边境的形势。
大概是朱元璋认为朱棣不够成熟吧，并没有让他立刻参加直接的军事行动。就在他就藩的这一年和第二年，朱元璋又发动了两次北征。第一次洪武十三年二月，朱元璋得知北元国公脱火赤、枢密知院爱足率众万余屯兵和林，恐为边患，便派西平侯沐英前往征讨，沐英至灵州(今宁夏灵武)，侦知脱火赤等已进兵亦集乃，便率兵渡黄河，经贺兰山，穿过沙漠，西进亦集乃，明军兵分四路合围脱火赤营帐，尽俘其部曲以归 。沐英又练兵西凉、进袭元柳城王，俘获柳城王及人口一千三百余，马匹三千余 。十四年正月，元平章乃儿不花入寇永平(河北卢龙），朱元璋再命徐达及左右副将汤和、傅友德北征，同时命沐英出古北口以为应援。明军出塞，袭灰山，明军再北上，元军北遁，傅友德追击，俘获平章别里不花、太史文通等，沐英出古北口，略公主山长塞，尽获全宁四部而还 。从这以后，明军每年春出冬归，对北元采取了以攻为守的策略。
其后，洪武二十年正月，朱元璋命宋国公冯胜为大将军，颍国公傅友德、永昌侯蓝玉为左右副将军率师二十万征北元纳哈出。纳哈出据有辽河流域，拥有部众十余万，是北元最后的重要军事力量之一。在明军的强大压力下，纳哈出被迫投降。北元失去了辽东，与朝鲜的联系也被割断，力量更加衰弱。洪武二十一年，朱元璋以永昌侯蓝玉为大将军，延平侯唐胜宗、武定侯郭英为左右副将军，率兵十五万“肃清沙漠”。明军至捕鱼儿海，袭元主脱古思帖木儿大营，杀其太尉蛮子，降其众，脱古斯帖木儿等仅以数十骑遁走。明军获其子地保奴等六十四人，故太子必里秃妃等五十九人，吴王朵儿只等两千九百九十四人。车士男女七万七千三十七口，得宝玺图书金印及驼马牛羊车辆无数。明军大胜而还。次年，脱古斯帖木儿被也速帖木儿所杀，坤帖木儿被立为元主，从此元室“部属奔散，元裔日微” ，不能复振。
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